PDB-4dcy: X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dcy

タイトル

X-ray structure of NikA in complex with Fe(1S,2S)-N,N-kappa-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N-kappa-methyl-1,2-cyclohexanediamine

要素

Nickel-binding periplasmic protein

キーワード

METAL TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / Protein-bound iron complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cherrier, M.V. / Girgenti, E. / Amara, P. / Iannello, M. / Marchi-Delapierre, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Menage, S. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: The structure of the periplasmic nickel-binding protein NikA provides insights for artificial metalloenzyme design.
著者: Cherrier, M.V. / Girgenti, E. / Amara, P. / Iannello, M. / Marchi-Delapierre, C. / Fontecilla-Camps, J.C. / Menage, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2012年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dcy.cif.gz	439.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dcy.ent.gz	358.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dcxC 1zlqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dcx-2 4dcx-1 4i8c-1 3qim-1 3mvw-1 5on9-1 4i9d-1 4qfk-6 4qfk-7 3mvy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nickel-binding periplasmic protein

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.880, 95.190, 125.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nickel-binding periplasmic protein 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3476, JW3441, nikA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: P33590

-
非ポリマー , 6種, 1017分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-L2M / {(R)-N-[(1S,2S)-2-{methyl[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}cyclohexyl]-N-[(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]glycinato-kappa~2~N,O}iron(2+) 分子量: 423.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇FeN₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 70762 / Num. obs: 70698 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.1 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.23 / Num. unique all: 9513 / R_sym value: 0.321 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZLQ

1zlq

解像度: 2→41.742 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1958	3535	5 %	RANDOM
R_work	0.1461	-	-	-
obs	0.1486	70693	99.92 %	-
all	-	70762	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.655 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6245 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.9857 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.6101 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.742 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7906	0	256	973	9135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.055	11705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.265	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0274	0.2214	139	0.1711	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0274-2.0563	0.2534	140	0.1749	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0563-2.087	0.2606	141	0.166	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.087-2.1197	0.2028	140	0.152	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1197-2.1544	0.2143	139	0.1502	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1915	0.2472	139	0.1538	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1915-2.2314	0.2379	140	0.1729	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2314-2.2743	0.2711	141	0.1763	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2743-2.3207	0.2703	139	0.1743	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3207-2.3712	0.2053	139	0.1539	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4263	0.204	142	0.1448	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4263-2.487	0.2258	140	0.1584	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.487-2.5542	0.2167	140	0.1534	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5542-2.6294	0.2333	141	0.1542	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6294-2.7143	0.2149	142	0.1585	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.8112	0.2473	141	0.1596	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8112-2.9238	0.231	139	0.1629	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9238-3.0568	0.2023	142	0.1488	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0568-3.2179	0.1875	143	0.1474	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2179-3.4194	0.1796	141	0.1421	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4194-3.6833	0.1834	143	0.1329	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6833-4.0537	0.1484	142	0.1213	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0537-4.6396	0.13	144	0.1047	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6396-5.8429	0.1711	147	0.128	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8429-41.7509	0.1823	151	0.1691	2863	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3542	0.3369	0.0251	0.7315	0.0388	0.3786	-0.0182	-0.0485	0.0429	-0.1828	-0.0412	0.1357	0.0532	-0.0454	0.0189	0.1294	0.0076	-0.0136	0.1081	-0.033	0.1468	-14.4757	-11.4597	-41.2891
2	0.2849	0.2405	0.2848	1.3334	0.4962	0.3405	-0.0308	0.0629	-0.0191	-0.3578	0.1094	0.0441	-0.1266	0.0099	-0.0138	0.2358	-0.0438	-0.0123	0.1567	-0.013	0.1518	-9.0486	9.2068	-50.9541
3	0.1229	-0.0299	-0.0526	0.1464	0.0246	0.0243	0.001	-0.0355	0.0187	0.0473	0.0047	-0.0081	-0.0829	0.037	-0.0081	0.1224	-0.0205	0.0128	0.0951	-0.013	0.0809	-1.5286	12.293	-23.9954
4	0.4412	0.1057	0.5322	0.1299	0.1664	0.8934	-0.0187	-0.0228	0.0231	0.0162	0.0483	-0.0779	-0.0414	0.2186	-0.0346	0.1457	-0.0112	-0.0387	0.2292	-0.0199	0.1203	18.5834	9.1915	-8.3851
5	0.5177	0.1394	-0.119	0.0956	-0.0874	0.3673	-0.0304	0.0119	-0.1598	-0.0175	0.0199	-0.0774	0.0483	0.051	0.0135	0.1399	-0.0023	0.0142	0.0995	-0.0261	0.1165	2.6229	-1.1196	-21.3526
6	0.1425	0.1253	0.0041	0.7859	0.0293	0.1132	0.0412	0.0432	-0.0587	-0.0201	0.0225	0.0176	0.034	-0.0047	-0.0389	0.1735	0.019	-0.0481	0.1592	-0.0351	0.202	-15.6933	12.0515	-41.0701
7	0.7052	0.144	0.128	0.3197	0.0083	0.3048	-0.1095	0.3356	-0.1721	-0.172	0.2047	0.2292	0.1112	-0.2622	-0.0281	0.0591	-0.2052	-0.1318	0.4486	0.0754	0.3225	-43.4699	10.5905	-29.5335
8	0.1251	-0.0292	-0.0451	0.1795	-0.0861	0.2702	0.0262	-0.0406	-0.0094	0.0952	-0.0154	0.0645	-0.0053	-0.0227	-0.0013	0.1854	-0.01	0.0433	0.1351	0.0231	0.1242	-24.0531	15.042	-10.9338
9	0.2244	0.1766	-0.0401	0.3499	-0.009	1.9366	0.0427	-0.1177	-0.0969	0.0194	-0.0701	-0.0824	-0.1522	0.0668	0.0255	0.1038	-0.0104	0.0074	0.1373	0.0094	0.1139	-13.522	22.5814	-17.1181
10	0.7193	0.2427	-0.5598	0.4291	-0.4035	0.7959	0.1372	-0.1509	0.0772	0.1452	0.0089	0.0307	-0.1841	0.0289	-0.0518	0.2341	-0.0709	0.0629	0.1843	-0.0119	0.1386	-19.9549	38.0205	-6.6612
11	0.4551	-0.267	-0.2041	0.5074	0.0864	0.2071	0.0933	0.137	0.0199	-0.1311	-0.023	0.0699	-0.1374	-0.1849	-0.0134	0.1493	0.0425	0.0257	0.1738	0.0281	0.1227	-26.4609	31.0117	-27.5722
12	0.1883	-0.4759	0.2576	1.3728	-0.8466	0.5819	-0.0065	-0.047	-0.1224	0.0334	0.0454	0.2866	0.0476	-0.0716	-0.063	0.1681	-0.0307	0.0138	0.1356	0.0148	0.2047	-27.2575	1.404	-17.3076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:170)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 171:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:308)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 309:343)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 344:471)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 472:500)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 4:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 187:275)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 276:309)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 310:385)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 386:471)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 472:500)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)