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万見
- PDB-4dcn: Crystal Structure Analysis of the Arfaptin2 BAR domain in Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dcn
タイトルCrystal Structure Analysis of the Arfaptin2 BAR domain in Complex with ARL1
要素
  • ADP-ribosylation factor-like protein 1
  • Arfaptin-2
キーワードPROTEIN BINDING/SIGNALING PROTEIN / Small GTPase Effector Complex / BAR domain / Membrane deformation / PROTEIN BINDING-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase D activator activity / membrane curvature sensor activity / toxin metabolic process / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / GTP-dependent protein binding / protein localization to Golgi apparatus / protein localization to phagophore assembly site / ruffle organization / retrograde transport, endosome to Golgi ...phospholipase D activator activity / membrane curvature sensor activity / toxin metabolic process / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / GTP-dependent protein binding / protein localization to Golgi apparatus / protein localization to phagophore assembly site / ruffle organization / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / Golgi organization / mitophagy / vesicle-mediated transport / ruffle / enzyme activator activity / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / phospholipid binding / small GTPase binding / cell cortex / actin cytoskeleton organization / cadherin binding / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / nucleolus / Golgi apparatus / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type ...Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / AH/BAR domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / ADP-ribosylation factor-like protein 1 / Arfaptin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Nakamura, K. / Xie, Y. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for membrane binding specificity of the Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) domain of Arfaptin-2 determined by Arl1 GTPase
著者: Nakamura, K. / Man, Z. / Xie, Y. / Hanai, A. / Makyio, H. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Shin, H.-W. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2012年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 1
B: ADP-ribosylation factor-like protein 1
C: Arfaptin-2
D: Arfaptin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6498
ポリマ－82,5564
非ポリマー1,0934
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area35930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.764, 111.125, 119.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 1 / Arl1


分子量: 18729.568 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminus truncated Arl1, residues 14-179 / 変異: Q71L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARL1 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40616
#2: タンパク質 Arfaptin-2 / ADP-ribosylation factor-interacting protein 2 / Partner of RAC1 / Protein POR1


分子量: 22548.592 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal BAR domain, residues 118-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARFIP2 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53365
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, 200mM Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 17135 / Num. obs: 16567 / % possible obs: 96.68 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.777 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.661 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.333 834 5 %RANDOM
Rwork0.2642 ---
all-17135 --
obs-16567 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.42 Å2 / Biso mean: 51.5695 Å2 / Biso min: 16.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---4.41 Å20 Å2
3---4.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5735 0 66 4 5805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.9877954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7625715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.32524.382267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.424151106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3091540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3411.53559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64625720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.68132328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2134.52234
LS精密化 シェル解像度: 3.015→3.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 53 -
Rwork0.322 1003 -
all-1056 -
obs--85.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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