PDB-4dbg: Crystal structure of HOIL-1L-UBL complexed with a HOIP-UBA derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dbg

タイトル

Crystal structure of HOIL-1L-UBL complexed with a HOIP-UBA derivative

要素

RING finger protein 31
RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

キーワード

LIGASE / Ubiquitin Fold / Ubiquitination

機能・相同性

機能・相同性情報

protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / RBR-type E3 ubiquitin transferase / CD40 signaling pathway / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Yagi, H. / Hiromoto, T. / Mizushima, T. / Kurimoto, E. / Kato, K.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2012
タイトル: A non-canonical UBA-UBL interaction forms the linear-ubiquitin-chain assembly complex
著者: Yagi, H. / Ishimoto, K. / Hiromoto, T. / Fujita, H. / Mizushima, T. / Uekusa, Y. / Yagi-Utsumi, M. / Kurimoto, E. / Noda, M. / Uchiyama, S. / Tokunaga, F. / Iwai, K. / Kato, K.

履歴

登録	2012年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Structure summary
改定 1.2	2012年5月16日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dbg.cif.gz	107.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dbg.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dbg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dbg_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dbg_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	4dbg_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4dbg_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4psf-d 1kvo-1 5msn-3 6pi4-1 1bp5-1 1l5t-2 1ayp-2 1kvo-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

B: RING finger protein 31

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.973, 64.973, 161.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X- ...HBV-associated factor 4 / Heme-oxidized IRP2 ubiquitin ligase 1 / HOIL-1 / Hepatitis B virus X-associated protein 4 / RING finger protein 54 / Ubiquitin-conjugating enzyme 7-interacting protein 3 分子量: 11972.618 Da / 分子数: 1 / 断片: Ub-like domain, residues 37-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBCK1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) 参照: UniProt: Q9BYM8, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質	RING finger protein 31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin-associated domain protein 分子量: 18255.342 Da / 分子数: 1 / 断片: Ub-associated domain, residues 480-636 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31 / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) 参照: UniProt: Q96EP0, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.17 % 解説: Bijvoet pairs were collected separately in the native data set. The averaged reflections were used for structure refinement. Mosaicity: 1.14 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15%(w/v) PEG6000, 0.1M KCl, 0.1M HEPES-Na buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	0.9
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	2	0.9791, 0.9794, 0.9642

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
Bruker DIP-6040	1	CCD	2009年2月16日	Horizontal focusing mirror
Bruker DIP-6040	2	CCD	2011年1月22日	HORIZONTAL FOCUSING MIRROR

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double-crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	0.9791	1
3	0.9794	1
4	0.9642	1

Reflection

冗長度: 13.9 % / Av σ(I) over netI: 27.33 / 数: 99095 / R_merge(I) obs: 0.137 / Χ²: 12.18 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 7141 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.67	50	87.2	1	0.115	46.666	9.7
6.89	8.67	100	1	0.098	21.805	13.2
6.02	6.89	100	1	0.125	19.331	13.6
5.47	6.02	100	1	0.143	17.994	13.9
5.08	5.47	99.4	1	0.138	14.645	14
4.78	5.08	99.7	1	0.121	12.145	14
4.54	4.78	100	1	0.109	9.768	13.8
4.34	4.54	100	1	0.107	8.601	13.9
4.18	4.34	100	1	0.122	8.063	14.1
4.03	4.18	99.5	1	0.124	6.744	14.2
3.91	4.03	100	1	0.131	6.869	14.3
3.79	3.91	100	1	0.151	6.187	14.3
3.69	3.79	100	1	0.151	6.805	14.2
3.6	3.69	99.7	1	0.189	6.98	14.5
3.52	3.6	100	1	0.205	7.176	14.3
3.45	3.52	100	1	0.251	6.572	14.3
3.38	3.45	100	1	0.297	5.985	14.6
3.31	3.38	100	1	0.321	14.366	14.2
3.26	3.31	100	1	0.368	13.68	14.3
3.2	3.26	100	1	0.395	14.33	14.5

反射

解像度: 2.7→300 Å / Num. obs: 20666 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 54 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 2.308 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	5.7	0.332	2072	1.432	1	100
2.8-2.91	5.8	0.269	2041	1.55	1	100
2.91-3.04	5.7	0.227	2066	1.655	1	100
3.04-3.2	5.8	0.177	2060	1.823	1	100
3.2-3.4	5.7	0.137	2099	2.16	1	100
3.4-3.66	5.7	0.117	2013	2.639	1	100
3.66-4.03	5.6	0.097	2116	3.03	1	100
4.03-4.62	5.5	0.083	2066	3.139	1	100
4.62-5.82	5.6	0.077	2057	2.923	1	99.9
5.82-300	5.4	0.071	2076	2.847	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.71→56.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.269 / WR_factor R_work: 0.2361 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7971 / SU B: 27.035 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.4528 / SU R_free: 0.2899 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2525	539	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2182	-	-	-
obs	0.2199	10718	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.34 Å² / B_iso mean: 50.68 Å² / B_iso min: 26.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.96 Å²	1.98 Å²	0 Å²
2-	-	3.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→56.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1827	0	0	32	1859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.785	1.953	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.865	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.063	23.636	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.14	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.327	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	1.5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.163	2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.931	3	734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.431	4.5	715

LS精密化シェル

解像度: 2.709→2.779 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	34	-
R_work	0.26	723	-
all	-	757	-
obs	-	723	96.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.101	-2.0319	-0.5998	8.743	-2.4996	5.5157	-0.1926	0.0555	0.2244	0.2321	0.1706	-0.1702	-0.2016	-0.186	0.022	0.0302	0.0376	-0.0294	0.1059	-0.0152	0.0413	42.5568	-15.3891	-23.2611
2	1.5563	-0.7144	-1.0284	1.4072	-0.0203	5.8102	0.1378	0.0234	0.1079	0.0982	-0.0162	-0.0511	-0.3505	-0.0675	-0.1216	0.1355	-0.0309	0.0551	0.1214	0.0297	0.2502	36.6691	-18.2678	4.2382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	482 - 528
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	529 - 627

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)