PDB-4dbc: Substrate Activation in Aspartate Aminotransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dbc

タイトル

Substrate Activation in Aspartate Aminotransferase

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Toney, M.D. / Fisher, A.J. / Griswold, W.R.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Ground-state electronic destabilization via hyperconjugation in aspartate aminotransferase.
著者: Griswold, W.R. / Castro, J.N. / Fisher, A.J. / Toney, M.D.

履歴

登録	2012年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dbc.cif.gz	177.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dbc.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dbc_validation.pdf.gz	875.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dbc_full_validation.pdf.gz	878.1 KB	表示
XML形式データ	4dbc_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	4dbc_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4dbc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tok-d 1toi-1 1arg-d 1czc-1 2d65-1 1tas-d 1ahg-d 1qir-1 1x2a-d 1yoo-1 1ari-d 1map-1 1asa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.290, 155.250, 77.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-649- HOH
2	1	A-800- HOH
3	1	A-945- HOH
4	1	A-1033- HOH

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 43561.109 Da / 分子数: 1 / 変異: K258A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-3QP / (E)-N-{2-hydroxy-3-methyl-6-[(phosphonooxy)methyl]benzylidene}-L-aspartic acid タイプ: peptide-like / 分子量: 361.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆NO₉P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 uL of protein solution(15-20 mg/ml, 50 mM TEA, pH 7.5, 100 mM KCL, 2 mM DTT, 10 mM deaza-PLP, 50 mM L-aspartate) mixed with 2 uL reservoir buffer (53-60% saturated ammonium sulfate and 50 ...詳細: 2 uL of protein solution(15-20 mg/ml, 50 mM TEA, pH 7.5, 100 mM KCL, 2 mM DTT, 10 mM deaza-PLP, 50 mM L-aspartate) mixed with 2 uL reservoir buffer (53-60% saturated ammonium sulfate and 50 mM TEA), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.98 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 uL of protein solution(15-20 mg/ml, 50 mM TEA, pH 7.5, 100 mM KCL, 2 mM DTT, 10 mM deaza-PLP, 50 mM L-aspartate) mixed with 2 uL reservoir buffer (53-60% saturated ammonium sulfate and 50 ...

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.033
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→28.617 Å / Num. all: 81931 / Num. obs: 80890 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.24 % / R_merge(I) obs: 0.038 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.73 % / R_merge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / R_sym value: 0.543 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→28.617 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	4061	5.02 %
R_work	0.1692	-	-
obs	0.1704	80854	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.448 Å² / k_sol: 0.361 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3233 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.8079 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.5153 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3065	0	48	447	3560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.607	4343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.866	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.115	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	570

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5177	0.363	111	0.368	2464	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5177-1.5362	0.3203	114	0.3231	2510	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5362-1.5556	0.2939	118	0.2975	2568	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5556-1.5761	0.286	147	0.265	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5761-1.5977	0.291	156	0.2551	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5977-1.6205	0.3078	134	0.2426	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6205-1.6447	0.2549	146	0.2353	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6447-1.6704	0.2164	147	0.2078	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6704-1.6978	0.2482	140	0.2079	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6978-1.727	0.248	145	0.2094	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.727-1.7584	0.2256	141	0.1984	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7584-1.7922	0.2448	135	0.1887	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7922-1.8288	0.2253	126	0.1842	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8288-1.8686	0.2454	151	0.1847	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8686-1.912	0.1841	132	0.1779	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
1.912-1.9598	0.1949	158	0.1743	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9598-2.0128	0.2301	148	0.1733	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0128-2.072	0.2069	150	0.1671	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.072-2.1389	0.2156	147	0.1587	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1389-2.2153	0.173	137	0.162	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2153-2.304	0.194	130	0.1581	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.304-2.4088	0.203	136	0.1632	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4088-2.5357	0.1816	143	0.165	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5357-2.6945	0.2064	183	0.1667	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6945-2.9023	0.1787	141	0.1671	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9023-3.194	0.1848	137	0.1629	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.194-3.6554	0.1764	138	0.1561	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6554-4.6023	0.1562	133	0.1361	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6023-28.6218	0.1724	137	0.1692	2734	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0286	0.0425	0.0569	0.0385	0.073	0.101	0.1188	0.2159	-0.081	-0.1071	0.0476	-0.026	0.1871	0.3423	0.0014	0.2614	0.0068	-0.0729	0.3133	0.015	0.2865	-20.6656	25.5643	-14.5209
2	0.6669	0.0305	0.1676	0.5977	0.0817	0.7433	-0.0024	-0.1512	-0.0047	0.0444	-0.0054	0.047	-0.0255	-0.0885	-0	0.1437	0.0108	0.0039	0.1679	0.0097	0.148	-46.182	26.0212	-4.2125
3	0.2745	-0.0821	-0.1144	0.357	0.3394	0.2984	0.0887	-0.1544	-0.1315	0.2226	0.0514	-0.1958	0.0724	0.1135	0.007	0.26	-0.0164	-0.0727	0.2408	0.0509	0.2414	-25.1845	17.4154	5.5927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 13:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 44:312)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 313:408)

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