ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MAR345dtb | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.7_650)精密化 | MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→22.895 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2231 | 862 | 5.04 % | random |
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Rwork | 0.1815 | - | - | - |
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obs | 0.1837 | 25608 | 98.46 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.783 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5164 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.617 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 5.9268 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -3.3098 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.895 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1462 | 0 | 0 | 153 | 1615 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1587 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.951 | 2181 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.761 | 601 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.064 | 251 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 298 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8-1.9128 | 0.2491 | 149 | 0.1969 | 2611 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 1.9128-2.0604 | 0.2471 | 147 | 0.1785 | 2665 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.0604-2.2675 | 0.2021 | 126 | 0.1625 | 2706 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.2675-2.5953 | 0.2059 | 144 | 0.1703 | 2728 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5953-3.2682 | 0.2483 | 148 | 0.1858 | 2772 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2682-22.8968 | 0.2139 | 148 | 0.1869 | 2770 | X-RAY DIFFRACTION | 96 |
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