PDB-4db4: Mss116p DEAD-box helicase domain 2 bound to a chimaeric RNA-DNA duplex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4db4

タイトル

Mss116p DEAD-box helicase domain 2 bound to a chimaeric RNA-DNA duplex

要素

5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

キーワード

RNA-BINDING PROTEIN/DNA / RNA / DEAD-box / RNA helicase / hydrolase / RNA-BINDING PROTEIN-DNA / RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.599 Å

データ登録者

Mallam, A.L. / Del Campo, M. / Gilman, B.D. / Sidote, D.J. / Lambowitz, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural basis for RNA-duplex recognition and unwinding by the DEAD-box helicase Mss116p.
著者: Mallam, A.L. / Del Campo, M. / Gilman, B. / Sidote, D.J. / Lambowitz, A.M.

履歴

登録	2012年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月19日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月10日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4db4.cif.gz	214.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4db4.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4db4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4db4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/4db4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4db2C 3i5xS 4dax PDB 未公開エントリ 4daz PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yuz-2 1p8j-5 1gw6-d 3rjl-5 3ks8-2 3u9w-d 3rjl-7 3rjl-3 3rjl-4 4l2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

B: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

D: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

E: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

75.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

D: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

E: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

D: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

E: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.696, 70.112, 214.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
3	2	E
4	2	F
1	3	C
2	3	D
3	3	E
4	3	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 341:596 ) and (not element H)	A
2	1	1	chain 'B' and (resseq 341:596 ) and (not element H)	B
1	1	2	chain 'C' and (resseq -1:6 ) and (not element H)	C
2	1	2	chain 'D' and (resseq 13:20 ) and (not element H)	D
3	1	2	chain 'E' and (resseq 13:20 ) and (not element H)	E
4	1	2	chain 'F' and (resseq -1:6 ) and (not element H)	F
1	1	3	chain 'C' and (resseq -6:-2 ) and (not element H)	C
2	1	3	chain 'D' and (resseq 8:12 ) and (not element H)	D
3	1	3	chain 'E' and (resseq 8:12 ) and (not element H)	E
4	1	3	chain 'F' and (resseq -6:-2 ) and (not element H)	F

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial / Mss116p 分子量: 29127.637 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain 2 (UNP residues 342-596) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MSS116, YDR194C, YD9346.05C / Organelle: mitochondrion / プラスミド: pMAL-c2t / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2 / 参照: UniProt: P15424, RNA helicase
#2: DNA/RNAハイブリッド	5'-R(GPGPGPCPGPGPG)-D(PCPCPCPGPCPCPC)-3' 分子量: 4395.755 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

#1: タンパク質

ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial / Mss116p

分子量: 29127.637 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain 2 (UNP residues 342-596) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MSS116, YDR194C, YD9346.05C / Organelle: mitochondrion / プラスミド: pMAL-c2t / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2 / 参照: UniProt: P15424, RNA helicase

#2: DNA/RNAハイブリッド

5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'

分子量: 4395.755 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 6% tacsimate, pH 5.0, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月7日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111), liquid N2 cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.599→50 Å / Num. obs: 8213 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 3.599→3.66 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I5X

3i5x

解像度: 3.599→42.818 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2801	828	10.08 %	RANDOM
R_work	0.2446	-	-	-
obs	0.2482	8213	90 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 14.054 Å² / k_sol: 0.27 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.8663 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.7655 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.1009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.599→42.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3609	1163	0	0	4772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963	7051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.761	1802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	875
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	715

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1757	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
1	2	B	1757	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
2	1	C	159	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
2	2	D	159	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
2	3	E	159	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
2	4	F	159	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
3	1	C	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
3	2	D	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
3	3	E	112	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
3	4	F	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.599-3.8247	0.3484	98	0.3179	882	X-RAY DIFFRACTION	40
3.8247-4.1198	0.3639	122	0.2854	1101	X-RAY DIFFRACTION	49
4.1198-4.534	0.278	130	0.2442	1171	X-RAY DIFFRACTION	53
4.534-5.1891	0.2668	135	0.2292	1209	X-RAY DIFFRACTION	55
5.1891-6.5339	0.324	138	0.2767	1256	X-RAY DIFFRACTION	56
6.5339-42.8209	0.2318	205	0.2113	1766	X-RAY DIFFRACTION	80

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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