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- PDB-4db4: Mss116p DEAD-box helicase domain 2 bound to a chimaeric RNA-DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4db4
タイトルMss116p DEAD-box helicase domain 2 bound to a chimaeric RNA-DNA duplex
要素
  • 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
  • ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
キーワードRNA-BINDING PROTEIN/DNA / RNA / DEAD-box / RNA helicase / hydrolase / RNA-BINDING PROTEIN-DNA / RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding ...Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding / mRNA processing / regulation of translation / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mitochondrial matrix / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.599 Å
データ登録者Mallam, A.L. / Del Campo, M. / Gilman, B.D. / Sidote, D.J. / Lambowitz, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural basis for RNA-duplex recognition and unwinding by the DEAD-box helicase Mss116p.
著者: Mallam, A.L. / Del Campo, M. / Gilman, B. / Sidote, D.J. / Lambowitz, A.M.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年10月10日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
B: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8386
ポリマ－75,8386
非ポリマー00
水00
1
A: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7115
ポリマ－46,7115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

C: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7115
ポリマ－46,7115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.696, 70.112, 214.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
32E
42F
13C
23D
33E
43F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 341:596 ) and (not element H)A0
211chain 'B' and (resseq 341:596 ) and (not element H)B0
112chain 'C' and (resseq -1:6 ) and (not element H)C0
212chain 'D' and (resseq 13:20 ) and (not element H)D0
312chain 'E' and (resseq 13:20 ) and (not element H)E0
412chain 'F' and (resseq -1:6 ) and (not element H)F0
113chain 'C' and (resseq -6:-2 ) and (not element H)C0
213chain 'D' and (resseq 8:12 ) and (not element H)D0
313chain 'E' and (resseq 8:12 ) and (not element H)E0
413chain 'F' and (resseq -6:-2 ) and (not element H)F0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial / Mss116p


分子量: 29127.637 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain 2 (UNP residues 342-596) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MSS116, YDR194C, YD9346.05C / Organelle: mitochondrion / プラスミド: pMAL-c2t / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2 / 参照: UniProt: P15424, RNA helicase
#2: DNA/RNAハイブリッド
5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 4395.755 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 6% tacsimate, pH 5.0, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月7日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111), liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.599→50 Å / Num. obs: 8213 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.599→3.66 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I5X

3i5x


解像度: 3.599→42.818 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 828 10.08 %RANDOM
Rwork0.2446 ---
obs0.2482 8213 90 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.054 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8663 Å20 Å20 Å2
2--6.7655 Å2-0 Å2
3---1.1009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.599→42.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3609 1163 0 0 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9637051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7611802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005715
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1757X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
12B1757X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
21C159X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
22D159X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
23E159X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
24F159X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
31C112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
32D112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
33E112X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
34F111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.599-3.82470.3484980.3179882X-RAY DIFFRACTION40
3.8247-4.11980.36391220.28541101X-RAY DIFFRACTION49
4.1198-4.5340.2781300.24421171X-RAY DIFFRACTION53
4.534-5.18910.26681350.22921209X-RAY DIFFRACTION55
5.1891-6.53390.3241380.27671256X-RAY DIFFRACTION56
6.5339-42.82090.23182050.21131766X-RAY DIFFRACTION80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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