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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4das | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bullfrog M ferritin | ||||||
![]() | Ferritin, middle subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / iron storage protein / 24-subunit maxiferritin / four-helix bundle subunit / ferroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rana catesbeiana (カエル) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bertini, I. / Lalli, D. / Mangani, S. / Pozzi, C. / Rosa, C. / Turano, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the ferroxidase site of ferritins from higher eukaryotes. 著者: Bertini, I. / Lalli, D. / Mangani, S. / Pozzi, C. / Rosa, C. / Theil, E.C. / Turano, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 841.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 706.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 616.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 683.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 157.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 215.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20623.182 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana catesbeiana (カエル) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PGE / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0 M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 / 詳細: Toroidal Mirror |
放射 | モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→100.5 Å / Num. all: 259578 / Num. obs: 259578 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 42.386 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 37996 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1MFR 解像度: 2.56→79.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.278 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.184 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→79.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.56→2.626 Å / Total num. of bins used: 20
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