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万見
- PDB-4da8: Crystal structure of the hexameric purine nucleoside phosphorylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4da8
タイトルCrystal structure of the hexameric purine nucleoside phosphorylase from Bacillus subtilis in complex with 8-bromoguanosine
要素Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
キーワードTRANSFERASE / Phosphorylase/hydrolase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-bromoguanosine / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Martins, N.H. / Giuseppe, P.O. / Meza, A.N. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Insights into phosphate cooperativity and influence of substrate modifications on binding and catalysis of hexameric purine nucleoside phosphorylases.
著者: de Giuseppe, P.O. / Martins, N.H. / Meza, A.N. / Dos Santos, C.R. / Pereira, H.D. / Murakami, M.T.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9242
ポリマ－27,5621
非ポリマー3621
水70339
1
A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,54612
ポリマ－165,3736
非ポリマー2,1736
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area21040 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area45410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.752, 135.752, 57.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase deoD-type / PNP / Purine nucleoside phosphorylase II / PU-NPase II


分子量: 27562.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU19630, deoD, punB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O34925, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-BG2 / 8-bromoguanosine / 8-ブロモグアノシン


分子量: 362.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12BrN5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THIS IS A CLONING ARTIFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 3.2 M sodium chloride, 5%(v/v) glycerol, pH 4.6, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 9985 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.694.90.537196.1
2.69-2.870.415199.7
2.8-2.938.30.335199.9
2.93-3.088.50.2231100
3.08-3.288.50.1641100
3.28-3.538.50.1141100
3.53-3.888.40.0871100
3.88-4.458.40.0771100
4.45-5.68.10.075199.8
5.6-507.60.058199.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→44.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.168 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.5021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26046 474 4.8 %RANDOM
Rwork0.20255 ---
obs0.2051 9436 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 21 39 1821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9752466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4355232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.94424.93577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.17215311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.702158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.51143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43121844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9993675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4994.5621
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 33 -
Rwork0.333 646 -
obs--95.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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