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- PDB-4d9y: The crystal structure of Chelerythrine bound to DNA d(CGTACG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9y
タイトルThe crystal structure of Chelerythrine bound to DNA d(CGTACG)
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / DRUG-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX
機能・相同性Chem-CTI / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Bilia, A.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of Chelerythrine bound to DNA d(CGTACG)
著者: Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Bilia, A.R.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Refinement description
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6256
ポリマ－7,2374
非ポリマー3882
水19811
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0074
ポリマ－3,6182
非ポリマー3882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2720 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6182
ポリマ－3,6182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area2640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.231, 30.231, 119.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#2: 化合物 ChemComp-CTI / 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium / chelerythrine / ケレリトリン


分子量: 348.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18NO4 / コメント: 阻害剤, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MgCl2, NaCl, KCL, spermine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PILATUS 2M / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月13日
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 4087 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 46.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.39
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.230.2265.34197.8
2.23-2.380.1877.62199.7
2.38-2.570.11712.23198.9
2.57-2.810.11114.29199
2.81-3.140.09216.98199.4
3.14-3.630.08918.84199.3
3.63-4.430.08519.33199.5
4.43-6.230.07818.79199.3
6.23-300.08317.57197.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å26.17 Å
Translation3.5 Å26.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NP6

3np6


解像度: 2.1→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Crystal was merohedrally twinned with a fraction of 0.46 and twin law -h, -k, l
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 209 -Reflections were chosen in thin resolution shells
Rwork0.2196 ---
obs-4087 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.1262 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 450 27 11 488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å /
Rfactor%反射
Rwork0.373 -
obs-85.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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