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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d9e | ||||||
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タイトル | D-Cysteine desulfhydrase from Salmonella typhimurium complexed with L-cycloserine (LCS) | ||||||
要素 | D-Cysteine desulfhydrase | ||||||
キーワード | LYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / tryptophan synthase beta subunit like family / PLP dependent enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-cysteine desulfhydrase / D-amino acid metabolic process / D-cysteine desulfhydrase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Bharath, S.R. / Shveta, B. / Rajesh, K.H. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Structural and Mutational Studies on Substrate Specificity and Catalysis of Salmonella typhimurium D-Cysteine Desulfhydrase. 著者: Bharath, S.R. / Bisht, S. / Harijan, R.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d9e.cif.gz | 253.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d9e.ent.gz | 204.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4d9e_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4d9e_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4d9e_validation.xml.gz | 51.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4d9e_validation.cif.gz | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/4d9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/4d9e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36550.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: dcyD, STM1953 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q8ZNT7, D-cysteine desulfhydrase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-LCS / [ #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1.5M Ammonium sulphate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.1M HEPES, 0.2% Benzamidine, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月9日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→59.51 Å / Num. obs: 41742 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4058 / % possible all: 58.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4D8T 解像度: 2.47→58.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 11.07 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.176 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.47→58.08 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.466→2.53 Å / Total num. of bins used: 20
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