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万見
- PDB-4d9b: Pyridoxamine 5' phosphate (PMP) bound form of Salmonella typhimur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9b
タイトルPyridoxamine 5' phosphate (PMP) bound form of Salmonella typhimurium D-Cysteine desulfhydrase obtained after co-crystallization with D-cycloserine
要素D-cysteine desulfhydrase
キーワードLYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme or tryptophan synthase beta subunit like family / PLP dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


D-cysteine desulfhydrase / D-amino acid metabolic process / D-cysteine desulfhydrase activity
類似検索 - 分子機能
D-cysteine desulphhydrase, bacterial / D-cysteine desulfhydrase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / D-cysteine desulfhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Bharath, S.R. / Shveta, B. / Rajesh, K.H. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural and Mutational Studies on Substrate Specificity and Catalysis of Salmonella typhimurium D-Cysteine Desulfhydrase.
著者: Bharath, S.R. / Bisht, S. / Harijan, R.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-cysteine desulfhydrase
B: D-cysteine desulfhydrase
C: D-cysteine desulfhydrase
D: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,92817
ポリマ－146,2034
非ポリマー1,72613
水15,979887
1
A: D-cysteine desulfhydrase
B: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9669
ポリマ－73,1012
非ポリマー8657
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
2
C: D-cysteine desulfhydrase
D: D-cysteine desulfhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9628
ポリマ－73,1012
非ポリマー8616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.318, 164.926, 68.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-cysteine desulfhydrase


分子量: 36550.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: dcyD, STM1953 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: Q8ZNT7, D-cysteine desulfhydrase
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 1.5M Ammonium sulphate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.1M HEPES, 0.2% Benzamidine, 10mM D-Cycloserine, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月19日 / 詳細: bent collimating mirror and torroid
放射モノクロメーター: Si(III) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 143652 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 33.94
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D8T

4d8t


解像度: 1.67→39.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.037 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20593 7191 5 %RANDOM
Rwork0.17054 ---
obs0.17231 136354 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9685 0 115 887 10687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02210088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2311.98913763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51651328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04624.552391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.644151567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0941547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.21620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3991.56534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.183210455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37633554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1324.53297
LS精密化 シェル解像度: 1.673→1.717 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 522 -
Rwork0.251 9765 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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