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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d96 | ||||||
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タイトル | D-Cysteine desulfhydrase from Salmonella typhimurium complexed with 1-amino-1-carboxycyclopropane (ACC) | ||||||
![]() | D-cysteine desulfhydrase | ||||||
![]() | LYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / tryptophan synthase beta subunit like family / PLP dependent enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-cysteine desulfhydrase / D-amino acid metabolic process / D-cysteine desulfhydrase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bharath, S.R. / Shveta, B. / Rajesh, K.H. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Mutational Studies on Substrate Specificity and Catalysis of Salmonella typhimurium D-Cysteine Desulfhydrase. 著者: Bharath, S.R. / Bisht, S. / Harijan, R.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 263 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36550.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dcyD, STM1953 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-5PA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1.5M Ammonium sulphate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.1M HEPES, 0.2% Benzamidine, 10mM Amino carboxy cyclopropane (ACC), pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→55.12 Å / Num. obs: 70270 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 9020 / % possible all: 78.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4D8T 解像度: 2.09→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 6.127 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.689 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→48.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
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