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- PDB-4d7r: Crystal structure of a chimeric protein with the Sec7 domain of R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7r
タイトルCrystal structure of a chimeric protein with the Sec7 domain of Rickettsia prowazekii RalF and the capping domain of Legionella pneumophila RalF
要素PROLINE/BETAINE TRANSPORTER, RALF
キーワードSIGNALING PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / BACTERIAL PATHOGENS / CHIMERIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity
類似検索 - 分子機能
sec7 domains / RalF, C-terminal domain superfamily / RalF, C-terminal Sec-7 capping domain / RalF C-terminal Sec-7 capping domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily ...sec7 domains / RalF, C-terminal domain superfamily / RalF, C-terminal Sec-7 capping domain / RalF C-terminal Sec-7 capping domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RalF / PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC7 (Sec7)
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia prowazekii str. Madrid E (発疹チフスリケッチア)
Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Folly-Klan, M. / Sancerne, B. / Alix, E. / Roy, C.R. / Cherfils, J. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: On the Use of Legionella/Rickettsia Chimeras to Investigate the Structure and Regulation of Rickettsia Effector Ralf.
著者: Folly-Klan, M. / Sancerne, B. / Alix, E. / Roy, C.R. / Cherfils, J. / Campanacci, V.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLINE/BETAINE TRANSPORTER, RALF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0031
ポリマ－46,0031
非ポリマー00
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.690, 94.840, 47.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROLINE/BETAINE TRANSPORTER, RALF


分子量: 46002.805 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-195,195-374 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii str. Madrid E (発疹チフスリケッチア), (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: M9TGB4, UniProt: Q8RT31, UniProt: Q9ZDF5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A CHIMERIC PROTEIN CONTAINING RESIDUES 2 TO 195 FROM RICKETTSIA PROWAZEKII RALF (M9TGB4) ...THIS IS A CHIMERIC PROTEIN CONTAINING RESIDUES 2 TO 195 FROM RICKETTSIA PROWAZEKII RALF (M9TGB4) AND RESIDUES 198 TO 374 FROM LEGIONELLA PNEUMOPHILA RALF (Q8RT31). THE N- TERMINAL SEQUENCE MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGLENLYFQG CORRESPONDS TO THE 6-HISTIDINE TAG AND TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.79 Å / Num. obs: 33357 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 22.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XSZ

1xsz


解像度: 1.8→24.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9522 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9225 / SU R Cruickshank DPI: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.128
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 1678 5.07 %RANDOM
Rwork0.1784 ---
obs0.1806 33125 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8597 Å20 Å22.117 Å2
2--2.2558 Å20 Å2
3----4.1155 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.238 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2870 0 0 418 3288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012985HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024036HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1073SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes93HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2985HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion397SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3874SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 143 5.17 %
Rwork0.2008 2623 -
all0.2018 2766 -
obs--95.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5607 Å / Origin y: -0.283 Å / Origin z: 4.4119 Å
111213212223313233
T-0.0411 Å2-0.0043 Å2-0.0373 Å2--0.0728 Å20.0096 Å2---0.0373 Å2
L0.393 °20.0164 °20.0724 °2-1.1146 °20.3482 °2--0.688 °2
S0.0128 Å °-0.0083 Å °0.0183 Å °-0.0444 Å °-0.0391 Å °0.0185 Å °-0.0705 Å °-0.0599 Å °0.0263 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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