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万見
- PDB-4d70: Structural, biophysical and biochemical analyses of a Clostridium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d70
タイトルStructural, biophysical and biochemical analyses of a Clostridium perfringens Sortase D5 transpeptidase
要素SORTASE FAMILY PROTEIN
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Sortase D, type 2 / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sortase family protein / Class D sortase
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Suryadinata, R. / Seabrook, S. / Adams, T.E. / Nuttall, S.D. / Peat, T.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Analyses of a Clostridium Perfringens Sortase D Transpeptidase
著者: Suryadinata, R. / Seabrook, S.A. / Adams, T.E. / Nuttall, S.D. / Peat, T.S.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORTASE FAMILY PROTEIN
B: SORTASE FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8832
ポリマ－41,8832
非ポリマー00
水1,71195
1
A: SORTASE FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9421
ポリマ－20,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SORTASE FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9421
ポリマ－20,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.776, 65.582, 68.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A27 - 186
2010B27 - 186

-
要素

#1: タンパク質 SORTASE FAMILY PROTEIN / SORTASE


分子量: 20941.508 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 23-187 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST 22 AMINO ACIDS WERE REMOVED AND A HIS-TAG WAS ENGINEERED AT THE N-TERMINAL DOMAIN TO AID IN PURIFICATION.
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0TUL5, UniProt: Q8XNW0*PLUS, sortase A
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST 22 AMINO ACIDS WERE REMOVED AND REPLACED WITH A N-TERMINAL HIS-TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: THE PROTEIN CONCENTRATION WAS 20 MG/ML AND THE RESERVOIR CONDITIONS WERE 0.2M AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS CHLORIDE AT PH 5.5 AND INCUBATED AT 8C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9191
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.2 Å / Num. obs: 23533 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.99→2.09 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G66

3g66


解像度: 1.99→67.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 8.059 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21335 1214 5.2 %RANDOM
Rwork0.17569 ---
obs0.17769 22304 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20.4 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→67.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 0 0 95 2621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.9563556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22735860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7455334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.91726.842133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05315509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.386158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5263.8561318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5273.8551317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4746.4551658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4746.4561659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.164.671312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1584.671313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4377.5061899
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.3316.41611291
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.32216.411249
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9552 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.986→2.037 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 83 -
Rwork0.245 1568 -
obs--94.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8071-0.06730.35830.678-0.03791.1391-0.04280.20690.0271-0.05820.12660.00240.07080.0043-0.08380.0258-0.0344-0.00580.09180.01520.012715.9715.7717.5421
21.0044-0.31230.28510.7304-0.12330.37090.0442-0.1391-0.02090.0563-0.02940.0418-0.0261-0.0046-0.01480.0192-0.01260.01870.04060.01190.044335.100313.229938.0139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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