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- PDB-4d6p: RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d6p
タイトルRADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO AMPPNP
要素DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
キーワードHYDROLASE / RECOMBINASE / ATPASE / AMPPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.482 Å
データ登録者Marsh, M.E. / Ehebauer, M.T. / Scott, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2016
タイトル: ATP Half-Sites in Rada and Rad51 Recombinases Bind Nucleotides
著者: Marsh, M.E. / Scott, D.E. / Ehebauer, M.T. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年1月14日ID: 4A74
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
B: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2658
ポリマ－51,0202
非ポリマー1,2456
水10,773598
1
A: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1334
ポリマ－25,5101
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1334
ポリマ－25,5101
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.454, 87.420, 62.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA / RADA


分子量: 25510.150 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, UNP RESIDUES 108-349 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O74036
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DELETION OF RESIDUES 1-107 AND REPLACEMENT OF RESIDUES 288- 300 WITH AN ASPARAGINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.8 / 詳細: 60 MM NA2HPO4 PH 6.0, 15% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→43.71 Å / Num. obs: 126096 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.92 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.76
反射 シェル解像度: 1.48→1.57 Å / 冗長度: 1.92 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A6P

4a6p


解像度: 1.482→40.441 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 3332 5 %
Rwork0.1903 --
obs0.1926 67222 93.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.482→40.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 76 598 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2135038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6861398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005645
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4823-1.50350.33791300.27332660X-RAY DIFFRACTION94
1.5035-1.52590.26521520.20082803X-RAY DIFFRACTION100
1.5259-1.54980.24021610.18292829X-RAY DIFFRACTION100
1.5498-1.57520.22571440.17162797X-RAY DIFFRACTION100
1.5752-1.60240.2161360.17112855X-RAY DIFFRACTION100
1.6024-1.63150.24051610.16962837X-RAY DIFFRACTION100
1.6315-1.66290.23551290.16732793X-RAY DIFFRACTION100
1.6629-1.69680.21941700.16162799X-RAY DIFFRACTION100
1.6968-1.73370.21761380.15652843X-RAY DIFFRACTION100
1.7337-1.7740.23141390.15772854X-RAY DIFFRACTION100
1.774-1.81840.23891270.16162858X-RAY DIFFRACTION100
1.8184-1.86760.23141630.182794X-RAY DIFFRACTION100
1.8676-1.92250.3671770.29971456X-RAY DIFFRACTION51
1.9225-1.98460.3224970.2571880X-RAY DIFFRACTION67
1.9846-2.05550.2211620.16842818X-RAY DIFFRACTION100
2.0555-2.13780.21261600.172851X-RAY DIFFRACTION100
2.1378-2.23510.24561060.20252261X-RAY DIFFRACTION80
2.2351-2.35290.3641070.37211999X-RAY DIFFRACTION72
2.3529-2.50030.23391540.18772861X-RAY DIFFRACTION100
2.5003-2.69330.22891300.18872855X-RAY DIFFRACTION100
2.6933-2.96430.24551560.18312826X-RAY DIFFRACTION100
2.9643-3.3930.2071570.16642838X-RAY DIFFRACTION100
3.393-4.27410.24871270.17282642X-RAY DIFFRACTION92
4.2741-40.45590.18991490.15682881X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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