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- PDB-4d5t: Structure of N-terminally truncated A49 from Vaccinia Virus Weste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d5t
タイトルStructure of N-terminally truncated A49 from Vaccinia Virus Western Reserve
要素PROTEIN A49R
キーワードVIRAL PROTEIN / POX VIRUS / B CELL LYMPHOMA 2 (BCL-2) FAMILY / INNATE IMMUNE MODULATOR / NUCLEAR FACTOR KAPPA B (NF-KB)
機能・相同性Orthopoxvirus A49 / Orthopoxvirus A49R protein / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / host cell nucleus / Protein A49R
機能・相同性情報
生物種VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Neidel, S. / Maluquer de Motes, C. / Mansur, D.S. / Strnadova, P. / Smith, G.L. / Graham, S.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Vaccinia Virus Protein A49 is an Unexpected Member of the B-Cell Lymphoma (Bcl)-2 Protein Family
著者: Neidel, S. / Maluquer De Motes, C. / Mansur, D.S. / Strnadova, P. / Smith, G.L. / Graham, S.C.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN A49R
B: PROTEIN A49R
C: PROTEIN A49R
D: PROTEIN A49R
E: PROTEIN A49R
F: PROTEIN A49R
G: PROTEIN A49R
H: PROTEIN A49R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,60213
ポリマ－149,1218
非ポリマー4805
水16,105894
1
A: PROTEIN A49R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7362
ポリマ－18,6401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN A49R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6401
ポリマ－18,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTEIN A49R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7362
ポリマ－18,6401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PROTEIN A49R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7362
ポリマ－18,6401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PROTEIN A49R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6401
ポリマ－18,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PROTEIN A49R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7362
ポリマ－18,6401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: PROTEIN A49R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7362
ポリマ－18,6401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: PROTEIN A49R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6401
ポリマ－18,6401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.290, 45.630, 160.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN A49R / A49


分子量: 18640.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
株: WESTERN RESERVE / プラスミド: POPTNH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P31037
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 894 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL 12 AMINO ACIDS REMOVED TO PROMOTE CRYSTALLISATION, CARRIES C-TERMINAL GSKH6 PURIFICATION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K
詳細: PROTEIN (1 UL AT 25.0 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 20 C AGAINST 500 UL RESERVOIRS CONTAINING 0.1 M HEPES PH 7.5, 1.6 M AMMONIUM SULFATE AND 1.5% (VOL/VOL) ...詳細: PROTEIN (1 UL AT 25.0 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 20 C AGAINST 500 UL RESERVOIRS CONTAINING 0.1 M HEPES PH 7.5, 1.6 M AMMONIUM SULFATE AND 1.5% (VOL/VOL) PEG 400. CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY PASSAGE THROUGH 2 UL OF PERFLUOROPOLYETHER OIL (HAMPTON RESEARCH) THAT HAD BEEN OVERLAID ONTO THE MOTHER LIQUOR.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月2日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→45.7 Å / Num. obs: 112855 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D5R

4d5r


解像度: 1.84→45.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 8.18 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23888 5665 5 %RANDOM
Rwork0.20638 ---
obs0.20801 107126 97.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å20 Å20.82 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9714 0 25 894 10633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0210287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.029724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.96214047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.988322393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50951302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48226.415530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.285151876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8981539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.062.1435070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.062.1425069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8683.1996409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9982.4785217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 414 -
Rwork0.332 7671 -
obs--95.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8277-0.2316-0.01121.124-0.3311.29250.0185-0.0961-0.0210.16160.01180.1478-0.0477-0.0466-0.03030.14090.00960.01940.0656-0.05090.06783.3401-0.314938.6191
23.41970.3897-0.24231.50210.26771.0181-0.00930.09770.3887-0.21120.0903-0.1113-0.0714-0.0029-0.0810.14850.00390.01130.0920.05050.091236.376-20.53350.6253
32.12960.2749-0.43910.79450.3111.29230.0170.2270.0137-0.1304-0.0249-0.1107-0.0407-0.02270.00790.10960.00490.01310.05710.01580.021924.224820.004579.9381
44.48720.2323-0.45530.85580.29581.20830.08460.17980.5628-0.1786-0.0383-0.0569-0.1023-0.0438-0.04630.12130.03090.02710.0414-0.00180.123-15.982-23.083640.1091
53.12680.74330.01051.639-0.55081.7020.12530.1409-0.2603-0.1218-0.1274-0.10230.14250.05320.00210.1360.0291-0.03070.0404-0.02210.039249.17065.548141.8174
62.02920.694-0.38881.9985-1.12341.9942-0.06760.24780.0185-0.246-0.0333-0.10370.2406-0.04480.10090.1389-0.0191-0.03380.07520.0320.06139.33838.08122.3308
73.21681.4133-0.672.6323-0.74651.3140.1451-0.0891-0.1834-0.0548-0.2463-0.04220.11790.07280.10120.0909-0.0068-0.01930.07010.00130.0209-2.64552.428880.9496
82.7576-1.3323-0.6932.42360.8971.36430.0473-0.077-0.21660.1223-0.12110.03830.15750.01040.07380.14430.0433-0.05390.08090.01170.103630.4853-17.75237.8863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4D13 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5E13 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6F13 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7G13 - 162
8X-RAY DIFFRACTION8H13 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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