PDB-4d5t: Structure of N-terminally truncated A49 from Vaccinia Virus Weste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d5t

タイトル

Structure of N-terminally truncated A49 from Vaccinia Virus Western Reserve

要素

PROTEIN A49R

キーワード

VIRAL PROTEIN / POX VIRUS / B CELL LYMPHOMA 2 (BCL-2) FAMILY / INNATE IMMUNE MODULATOR / NUCLEAR FACTOR KAPPA B (NF-KB)

機能・相同性

Orthopoxvirus A49 / Orthopoxvirus A49R protein / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / host cell nucleus / Protein A49R

機能・相同性情報

生物種

VACCINIA VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Neidel, S. / Maluquer de Motes, C. / Mansur, D.S. / Strnadova, P. / Smith, G.L. / Graham, S.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Vaccinia Virus Protein A49 is an Unexpected Member of the B-Cell Lymphoma (Bcl)-2 Protein Family
著者: Neidel, S. / Maluquer De Motes, C. / Mansur, D.S. / Strnadova, P. / Smith, G.L. / Graham, S.C.

履歴

登録	2014年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d5t.cif.gz	520.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d5t.ent.gz	432.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d5rSC 4d5sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p9f-1 1nr4-3 2p2z-1 3g2t-2 2xuv-1 3g2s-2 7brn-d 4l1u-2 1sbq-1 2x4y-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN A49R

B: PROTEIN A49R

C: PROTEIN A49R

D: PROTEIN A49R

E: PROTEIN A49R

F: PROTEIN A49R

G: PROTEIN A49R

H: PROTEIN A49R

ヘテロ分子

150 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN A49R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PROTEIN A49R

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PROTEIN A49R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PROTEIN A49R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: PROTEIN A49R

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: PROTEIN A49R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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7

G: PROTEIN A49R

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: PROTEIN A49R

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.290, 45.630, 160.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PROTEIN A49R / A49 分子量: 18640.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ウイルス) / 株: WESTERN RESERVE / プラスミド: POPTNH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P31037
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 894 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL 12 AMINO ACIDS REMOVED TO PROMOTE CRYSTALLISATION, CARRIES C-TERMINAL GSKH6 PURIFICATION TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K 詳細: PROTEIN (1 UL AT 25.0 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 20 C AGAINST 500 UL RESERVOIRS CONTAINING 0.1 M HEPES PH 7.5, 1.6 M AMMONIUM SULFATE AND 1.5% (VOL/VOL) ...詳細: PROTEIN (1 UL AT 25.0 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 20 C AGAINST 500 UL RESERVOIRS CONTAINING 0.1 M HEPES PH 7.5, 1.6 M AMMONIUM SULFATE AND 1.5% (VOL/VOL) PEG 400. CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY PASSAGE THROUGH 2 UL OF PERFLUOROPOLYETHER OIL (HAMPTON RESEARCH) THAT HAD BEEN OVERLAID ONTO THE MOTHER LIQUOR.

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K
詳細: PROTEIN (1 UL AT 25.0 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION AND EQUILIBRATED AT 20 C AGAINST 500 UL RESERVOIRS CONTAINING 0.1 M HEPES PH 7.5, 1.6 M AMMONIUM SULFATE AND 1.5% (VOL/VOL) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月2日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→45.7 Å / Num. obs: 112855 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D5R

4d5r

解像度: 1.84→45.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 8.18 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23888	5665	5 %	RANDOM
R_work	0.20638	-	-	-
obs	0.20801	107126	97.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.12 Å²	0 Å²	0.82 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9714	0	25	894	10633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	10287
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.014	0.02	9724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.962	14047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.988	3	22393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.509	5	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.482	26.415	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.285	15	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.898	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	11984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.06	2.143	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.06	2.142	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.868	3.199	6409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.998	2.478	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	414	-
R_work	0.332	7671	-
obs	-	-	95.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8277	-0.2316	-0.0112	1.124	-0.331	1.2925	0.0185	-0.0961	-0.021	0.1616	0.0118	0.1478	-0.0477	-0.0466	-0.0303	0.1409	0.0096	0.0194	0.0656	-0.0509	0.0678	3.3401	-0.3149	38.6191
2	3.4197	0.3897	-0.2423	1.5021	0.2677	1.0181	-0.0093	0.0977	0.3887	-0.2112	0.0903	-0.1113	-0.0714	-0.0029	-0.081	0.1485	0.0039	0.0113	0.092	0.0505	0.0912	36.376	-20.5335	0.6253
3	2.1296	0.2749	-0.4391	0.7945	0.311	1.2923	0.017	0.227	0.0137	-0.1304	-0.0249	-0.1107	-0.0407	-0.0227	0.0079	0.1096	0.0049	0.0131	0.0571	0.0158	0.0219	24.2248	20.0045	79.9381
4	4.4872	0.2323	-0.4553	0.8558	0.2958	1.2083	0.0846	0.1798	0.5628	-0.1786	-0.0383	-0.0569	-0.1023	-0.0438	-0.0463	0.1213	0.0309	0.0271	0.0414	-0.0018	0.123	-15.982	-23.0836	40.1091
5	3.1268	0.7433	0.0105	1.639	-0.5508	1.702	0.1253	0.1409	-0.2603	-0.1218	-0.1274	-0.1023	0.1425	0.0532	0.0021	0.136	0.0291	-0.0307	0.0404	-0.0221	0.0392	49.1706	5.5481	41.8174
6	2.0292	0.694	-0.3888	1.9985	-1.1234	1.9942	-0.0676	0.2478	0.0185	-0.246	-0.0333	-0.1037	0.2406	-0.0448	0.1009	0.1389	-0.0191	-0.0338	0.0752	0.032	0.0613	9.3383	8.0812	2.3308
7	3.2168	1.4133	-0.67	2.6323	-0.7465	1.314	0.1451	-0.0891	-0.1834	-0.0548	-0.2463	-0.0422	0.1179	0.0728	0.1012	0.0909	-0.0068	-0.0193	0.0701	0.0013	0.0209	-2.6455	2.4288	80.9496
8	2.7576	-1.3323	-0.693	2.4236	0.897	1.3643	0.0473	-0.077	-0.2166	0.1223	-0.1211	0.0383	0.1575	0.0104	0.0738	0.1443	0.0433	-0.0539	0.0809	0.0117	0.1036	30.4853	-17.752	37.8863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 163
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	13 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	13 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	13 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	13 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	13 - 162
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	13 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	13 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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