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- PDB-4d5i: Hypocrea jecorina cellobiohydrolase Cel7A E212Q soaked with xylot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d5i
タイトルHypocrea jecorina cellobiohydrolase Cel7A E212Q soaked with xylotriose.
要素CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / CELLOBIOHYDROLASE / CELLULASE. INHIBITION / XYLOOLIGOSACCHARIDES
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylotriose / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHODERMA REESEI QM9414 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Momeni, M.H. / Ubhayasekera, W. / Stahlberg, J. / Hansson, H.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into the Inhibition of Cellobiohydrolase Cel7A by Xylooligosaccharides.
著者: Haddad Momeni, M. / Ubhayasekera, W. / Sandgren, M. / Stahlberg, J. / Hansson, H.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0337
ポリマ－46,0681
非ポリマー9666
水10,971609
1
A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
ヘテロ分子

A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,06714
ポリマ－92,1362
非ポリマー1,93112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
Buried area5810 Å2
ΔGint-43.3 kcal/mol
Surface area30420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.447, 83.094, 110.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1437-

CO

21A-2087-

HOH

31A-2211-

HOH

41A-2212-

HOH

51A-2238-

HOH

61A-2389-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE / CELLOBIOHYDROLASE I / 1 / 4-BETA-CELLOBIOHYDROLASE / CBHI / CELLOBIOHYDROLASE CEL7A


分子量: 46067.754 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 18-451 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPLEX WITH XYLOTRIOSE LIGAND BOUND AT SUBSITES -6 TO -3 IN THE SUBSTRATE BINDING TUNNEL OF THE ENZYME
由来: (組換発現) TRICHODERMA REESEI QM9414 (菌類)
解説: HYPOCREA JECORINA WAS PREVIOUSLY KNOWN AS TRICHODERMA REESEI.
Variant: VTT-D-93201 / プラスミド: PEM-F5 / 発現宿主: TRICHODERMA REESEI QM9414 (菌類) / Variant (発現宿主): VTT-D-93201
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (reducing end)

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 613分子

#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細COBALT (II) ION (CO): 10 MM COBALT CHLORIDE WAS PRESENT IN CRYSTALLISATION SOLUTION PYROGLUTAMIC ...COBALT (II) ION (CO): 10 MM COBALT CHLORIDE WAS PRESENT IN CRYSTALLISATION SOLUTION PYROGLUTAMIC ACID (PCA): MODIFIED N-TERMINAL GLN SIDECHAIN N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): N-GLYCOSYLATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M NA-MES (PH 6.0), 20% MONOMETHYL ETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, 12.5% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.041
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.041 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→29.44 Å / Num. obs: 70007 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CEL

3cel


解像度: 1.42→66.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.388 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A XYLOTRIOSE LIGAND MOLECULE WAS FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT, BOUND AT SUBSTRATE BINDING SITE OF THE ENZYME.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23017 3524 5.1 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1984 66258 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20 Å2
2--2.12 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→66.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 58 609 3891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.9514795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2465475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1225.921152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.52615509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.372157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.741.3761785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1862.0642243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0281.4681709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.424→1.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.726 254 -
Rwork0.737 4089 -
obs--82.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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