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万見
- PDB-4d53: Outer surface protein BB0689 from Borrelia burgdorferi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d53
タイトルOuter surface protein BB0689 from Borrelia burgdorferi
要素BB0689
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / LIPOPROTEIN / CAP DOMAIN / LYME DISEASE
機能・相同性Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein BB_0689
機能・相同性情報
生物種BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Brangulis, K. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Tars, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Analysis of Bb0689 from Borrelia Burgdorferi, a Member of the Bacterial CAP Superfamily.
著者: Brangulis, K. / Jaudzems, K. / Petrovskis, I. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Tars, K.
履歴
登録2014年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BB0689
B: BB0689


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8332
ポリマ－31,8332
非ポリマー00
水2,594144
1
A: BB0689


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9161
ポリマ－15,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BB0689


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9161
ポリマ－15,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.210, 92.210, 96.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 BB0689


分子量: 15916.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
株: B31 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O51632
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日 / 詳細: RH-COATED TOROIDAL SI MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.3 Å / Num. obs: 39106 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→33.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.223 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21581 1966 5 %RANDOM
Rwork0.17824 ---
obs0.18015 37122 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 0 144 2304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9741.9662944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96935062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.015264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62924.314102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.815444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4881516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.772.5061062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7422.5011061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4663.7271324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4793.7321325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7453.1111128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7433.1151129
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9284.4231621
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.45920.8242541
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.4920.6492481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 123 -
Rwork0.242 2605 -
obs--95.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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