PDB-4d53: Outer surface protein BB0689 from Borrelia burgdorferi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d53

タイトル

Outer surface protein BB0689 from Borrelia burgdorferi

要素

BB0689

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / LIPOPROTEIN / CAP DOMAIN / LYME DISEASE

機能・相同性

Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein BB_0689

機能・相同性情報

生物種

BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Brangulis, K. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Tars, K.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Analysis of Bb0689 from Borrelia Burgdorferi, a Member of the Bacterial CAP Superfamily.
著者: Brangulis, K. / Jaudzems, K. / Petrovskis, I. / Akopjana, I. / Kazaks, A. / Tars, K.

履歴

登録	2014年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d53.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d53.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hs9-d 3h3i-2 2jrz-d 5d17-9 2zjd-1 5ru9-2 3h3i-3 3f9d-1 5d17-10 6hs8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BB0689

B: BB0689

31.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BB0689

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BB0689

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.210, 92.210, 96.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	BB0689 分子量: 15916.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア) 株: B31 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O51632
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日 / 詳細: RH-COATED TOROIDAL SI MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→33.3 Å / Num. obs: 39106 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→33.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.223 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21581	1966	5 %	RANDOM
R_work	0.17824	-	-	-
obs	0.18015	37122	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2160	0	0	144	2304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.974	1.966	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.01	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.629	24.314	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.8	15	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.488	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.77	2.506	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.742	2.501	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.466	3.727	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.479	3.732	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.745	3.111	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.743	3.115	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.928	4.423	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.459	20.824	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.49	20.649	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	123	-
R_work	0.242	2605	-
obs	-	-	95.12 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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