PDB-4d2v: Structure of MELK in complex with inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d2v

タイトル

Structure of MELK in complex with inhibitors

要素

MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

キーワード

TRANSFERASE / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN

機能・相同性

機能・相同性情報

neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, ...

履歴

登録	2014年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月18日	Group: Refinement description / Structure summary
改定 2.0	2018年4月4日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _diffrn_source.type
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d2v.cif.gz	543.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d2v.ent.gz	451.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d2pC 4d2tC 4d2wC 4umpC 4umqC 4umrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d2p-2 4d2w-2 4d2w-1 4d2p-1 5dx0-2 4ump-2 5twu-d 1h0m-2 3o8n-1 5dxa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.650, 75.860, 79.070
Angle α, β, γ (deg.)	86.08, 69.45, 89.87
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE ...HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / MELK 分子量: 40876.273 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CLONE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-45R / 7-{[2-methoxy-4-(1H-pyrazol-4-yl)benzoyl]amino}-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepinium 分子量: 363.433 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HIS TAG ADDED AND C-TERMINAL RESIDUES NOT INCLUDED (304)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→48 Å / Num. obs: 53154 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0.75 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 64.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.45→48.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9082 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8576 / SU R Cruickshank DPI: 0.971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.885 / SU R_free Blow DPI: 0.405 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.415

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.357	2512	5 %	RANDOM
R_work	0.2913	-	-	-
obs	0.2945	50274	94.58 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.136 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2381 Å²	-2.2724 Å²	-4.4884 Å²
2-	-	-2.1992 Å²	0.2321 Å²
3-	-	-	-2.0389 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.628 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10280	0	108	544	10932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.011	10742	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.17	14604	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3762	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		252	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1554	HARMONIC	16
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10742	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	6.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.12
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1334	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11927	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3273	170	4.67 %
R_work	0.2562	3471	-
all	0.2594	3641	-
obs	-	-	94.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3262	1.3504	-1.3899	0.6813	1.2912	5.2418	-0.1696	0.2519	0.1952	-0.1073	0.3522	0.1653	-0.3818	0.0133	-0.1827	-0.2336	0.1561	0.0555	-0.1088	0.1192	0.0855	9.0083	-0.7111	-12.5086
2	7.183	-2.2834	-2.4141	3.0367	1.0905	3.4009	0.0164	-0.4778	0.5333	0.3585	0.1933	0.0168	-0.0512	-0.102	-0.2097	-0.1845	0.1478	0.1282	-0.2948	0.0331	-0.0273	-11.0895	3.9523	6.046
3	1.4599	-2.9015	1.2339	5.7048	0.2827	5.3661	0.1585	-0.1461	0.0338	0.1634	-0.0917	-0.0955	0.3459	0.261	-0.0668	-0.2811	0.1964	0.121	-0.1449	0.1157	0.185	20.1245	-11.4997	-0.5546
4	4.294	1.1904	-3.4364	2.0341	-1.9689	5.6816	-0.2494	0.6167	-0.4102	-0.3608	0.4058	-0.4543	-0.1456	0.1775	-0.1564	-0.2818	-0.1182	0.0848	-0.0125	-0.0606	-0.0125	-3.0428	-34.3351	-20.8177
5	3.1891	0.2607	-1.102	2.143	-0.1868	3.2824	-0.0423	-0.0979	0.0106	0.3075	0.0898	0.418	-0.1238	-0.0992	-0.0475	-0.2586	0.0777	0.0809	-0.2834	-0.0048	0.1193	-23.2331	-35.432	-2.4881
6	2.3726	-0.1293	2.6514	1.5343	0.748	-0.4443	-0.0532	-0.0571	-0.1144	0.1469	-0.081	-0.1244	0.0554	0.3337	0.1342	-0.3314	-0.0965	0.0698	0.2334	0.2002	0.2565	10.945	-39.665	-8.3394
7	5.6421	0.0797	-2.4754	1.4699	-1.3733	5.5092	-0.134	-0.2525	0.1865	-0.0404	0.127	0.2244	-0.2865	0.0376	0.007	-0.3031	-0.0791	0.0104	-0.1825	-0.051	0.1006	-26.9928	-38.7794	-30.9976
8	8.1018	3.108	-1.3537	5.1036	-0.1468	2.7241	-0.2247	0.5745	0.3247	-0.5319	0.2224	-0.191	-0.0316	0.0117	0.0022	-0.2853	-0.0485	0.0813	-0.3071	0.0038	-0.0056	-7.3146	-32.9395	-49.3133
9	2.4617	3.9524	3.6856	4.4161	1.6896	2.6444	0.054	0.1267	0.0363	-0.0572	0.0371	0.133	0.1592	-0.3593	-0.0911	-0.3493	-0.1971	0.0228	-0.0285	-0.0809	0.1341	-38.1105	-48.984	-42.8862
10	4.6124	-1.473	-2.5783	2.5638	1.6426	6.5294	-0.2714	-0.477	-0.2483	0.4351	0.3764	0.3683	-0.2326	0.0069	-0.1051	-0.2804	0.1069	0.0843	-0.036	0.0286	-0.0192	-14.707	3.7417	-22.6969
11	4.0024	0.1083	-1.5814	2.6915	-0.132	3.7824	0.0906	-0.1423	0.2641	-0.1877	0.0106	-0.2064	-0.2901	0.2332	-0.1012	-0.2967	-0.0142	0.0818	-0.2103	-0.0311	0.0858	5.2714	2.9936	-41.0111
12	3.2143	3.5751	1.7392	0.5632	0.7102	-0.9977	-0.0819	0.1893	-0.092	-0.2715	0.0262	0.1678	-0.0377	-0.2907	0.0557	-0.3424	0.0671	0.0572	0.1616	-0.1683	0.2767	-28.9464	-1.7334	-34.6652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESIDUES 0 TO 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESIDUES 92 TO 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESIDUES 275 TO 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESIDUES 2 TO 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESIDUES 275 TO 333
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESIDUES 275 TO 333
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND RESIDUES 1 TO 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND RESIDUES 92 TO 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND RESIDUES 275 TO 333
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND RESIDUES 3 TO 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND RESIDUES 92 TO 274
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND RESIDUES 275 TO 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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