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- PDB-4d2m: Vaccinia Virus F1L bound to Bim BH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d2m
タイトルVaccinia Virus F1L bound to Bim BH3
要素
  • BCL-2-LIKE PROTEIN 11
  • PROTEIN F1
キーワードAPOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / host cell mitochondrial outer membrane / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / host cell mitochondrial outer membrane / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / ear development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / mammary gland development / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / tube formation / cellular response to glucocorticoid stimulus / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NRAGE signals death through JNK / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / thymocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / B cell homeostasis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / microtubule binding / regulation of apoptotic process / spermatogenesis / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like ...Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Apoptosis regulator OPG045
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS ANKARA (ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural Insight Into Bh3-Domain Binding of Vaccinia Virus Anti-Apoptotic F1L.
著者: Campbell, S. / Thibault, J. / Mehta, N. / Colman, P.M. / Barry, M. / Kvansakul, M.
履歴
登録2014年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Atomic model
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN F1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
C: PROTEIN F1
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9429
ポリマ－49,6824
非ポリマー2605
水2,216123
1
A: PROTEIN F1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
C: PROTEIN F1
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
ヘテロ分子

A: PROTEIN F1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
C: PROTEIN F1
D: BCL-2-LIKE PROTEIN 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,88418
ポリマ－99,3648
非ポリマー52010
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area24260 Å2
ΔGint-285.7 kcal/mol
Surface area25780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.503, 56.503, 232.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1189-

CL

21C-1188-

CL

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN F1


分子量: 21566.379 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 18-186 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS ANKARA (ウイルス) / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYZS / 参照: UniProt: O57173
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2-LIKE PROTEIN 11 / BCL2-L-11 / BCL2-INTERACTING MEDIATOR OF CELL DEATH


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 141-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYZS / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2
詳細: 0.2M KCL, 15 % PEG400, 1.44 % MPD AND 0.1M AMMONIUM CITRATE PH 6.2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.54 Å / Num. obs: 23011 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 35.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VTY

2vty


解像度: 2.1→37.788 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUE C156 HARBOURS A COVALENT MODIFICATION THAT WAS INTERPRETED AS BME.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1181 5.1 %
Rwork0.2148 --
obs0.2168 23008 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2621 0 12 123 2756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6263607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8751007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.19560.32291460.24652618X-RAY DIFFRACTION100
2.1956-2.31130.28641560.2392641X-RAY DIFFRACTION100
2.3113-2.45610.2731370.22132727X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.64570.26861620.2252654X-RAY DIFFRACTION100
2.6457-2.91190.22641560.2082702X-RAY DIFFRACTION100
2.9119-3.3330.2661360.22042754X-RAY DIFFRACTION100
3.333-4.19840.24671440.1992772X-RAY DIFFRACTION100
4.1984-37.79360.2411440.2142959X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.679-0.8081-0.39451.87980.49382.0212-0.0104-0.150.2064-0.4171-0.08810.26420.0251-0.24530.17080.4404-0.0665-0.09460.26890.00030.24555.271615.6293-16.6723
22.3834-0.33060.33462.8322-0.11962.91290.05390.0916-0.3169-0.2235-0.0566-0.08860.28280.01360.02920.4086-0.03250.07470.2404-0.03520.261921.5845-0.1327-13.2535
34.2844-0.37932.50091.6320.08233.60980.35180.2276-1.4053-0.3263-0.5054-0.76021.41250.53260.63590.79930.04410.03440.29050.03370.785423.8839-12.1752-12.9796
45.1036-1.1320.23361.6172-0.57691.9379-0.0288-0.72840.4486-0.0507-0.1105-0.0615-0.54120.13190.12470.5705-0.10560.0550.3242-0.0450.301320.965310.8431-16.7805
52.2848-0.6808-0.51752.8043-0.0532.59790.02890.08760.3242-0.2473-0.00090.011-0.2823-0.0155-0.04170.4316-0.0491-0.03910.29670.01320.31614.760926.6355-13.127
62.3265-0.6401-0.41191.8178-0.85663.07450.1760.22950.8271-0.2804-0.4853-0.1974-0.9456-0.38550.29120.90290.1218-0.02220.34330.00090.70752.875638.8158-12.4239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 81 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 82 THROUGH 186 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 53 THROUGH 74 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'C' AND (RESID 51 THROUGH 81 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'C' AND (RESID 82 THROUGH 186 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'D' AND (RESID 53 THROUGH 73 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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