[日本語] English
万見
- PDB-4d2h: Crystal structure of the tetramerisation domain of human CtIP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d2h
タイトルCrystal structure of the tetramerisation domain of human CtIP
要素RBBP8
キーワードGENE REGULATION / CTIP/RBBP8 / DOUBLE-STRAND DNA BREAK REPAIR / DNA-END RESECTION / GENE CONVERSION / HOMOLOGOUS RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / BRCA1-C complex / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA strand resection involved in replication fork processing / blastocyst hatching / homologous recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / mitotic G2/M transition checkpoint / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange ...DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / BRCA1-C complex / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / DNA strand resection involved in replication fork processing / blastocyst hatching / homologous recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / mitotic G2/M transition checkpoint / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Transcriptional Regulation by E2F6 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / transcription repressor complex / meiotic cell cycle / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G1/S transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cell division / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA endonuclease Ctp1, N-terminal / DNA endonuclease RBBP8-like / Tumour-suppressor protein CtIP N-terminal domain / DNA endonuclease activator Ctp1, C-terminal / DNA endonuclease activator SAE2/CtIP C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA endonuclease RBBP8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Davies, O.R. / Sun, M. / Pellegrini, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Ctip Tetramer Assembly is Required for DNA-End Resection and Repair.
著者: Davies, O.R. / Forment, J.V. / Sun, M. / Belotserkovskaya, R. / Coates, J. / Galanty, Y. / Demir, M. / Morton, C.R. / Rzechorzek, N.J. / Jackson, S.P. / Pellegrini, L.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RBBP8
B: RBBP8
C: RBBP8
D: RBBP8
E: RBBP8
F: RBBP8
G: RBBP8
H: RBBP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,44322
ポリマ－36,0988
非ポリマー1,34514
水2,468137
1
E: RBBP8
F: RBBP8
G: RBBP8
H: RBBP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,81712
ポリマ－18,0494
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-152.3 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
A: RBBP8
B: RBBP8
C: RBBP8
D: RBBP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,62510
ポリマ－18,0494
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-147.2 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.970, 37.910, 97.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
RBBP8 / CTBP-INTERACTING PROTEIN / CTIP / RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 8 / RBBP-8 / RETINOBLASTOMA- ...CTBP-INTERACTING PROTEIN / CTIP / RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 8 / RBBP-8 / RETINOBLASTOMA-INTERACTING PROTEIN AND MYOSIN-LIKE / RIM / SPORULATION IN THE ABSENCE OF SPO11 PROTEIN 2 HOMOLOG / SAE2


分子量: 4512.235 Da / 分子数: 8 / 断片: TETRAMERISATION DOMAIN, RESIDUES 18-52 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMAT11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q99708, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM LITHIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 3.6, 32% (V/V) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0397
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0397 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.98 Å / Num. obs: 20994 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9349 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.492 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 1079 5.15 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2144 20969 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1078 Å20 Å20.4275 Å2
2---5.4139 Å20 Å2
3---5.5217 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 70 137 2474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014703HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.888552HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1107SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes623HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4703HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion279SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4747SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 136 4.9 %
Rwork0.2164 2642 -
all0.217 2778 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7067-0.3173-0.47090.8468-3.006313.8012-0.07510.4117-0.1381-0.29850.1932-0.23350.3318-0.1157-0.1180.2053-0.07480.08480.08-0.0325-0.22363.4807-1.72889.7623
22.37030.31132.02362.4515-0.15827.6394-0.0575-0.13920.09910.5208-0.0601-0.43780.04890.19260.1176-0.05240.0318-0.1298-0.1508-0.0527-0.21775.07932.016236.9078
30.38070.2005-1.30831.55-1.58644.8291-0.022-0.0844-0.0734-0.08950.03740.05170.4498-0.2257-0.0154-0.0693-0.0292-0.03330.12110.0077-0.1857-4.089-5.460341.6799
40.9232-0.21962.16180.6906-1.05869.52470.04-0.0652-0.0229-0.24710.03260.1167-0.2366-0.4973-0.07270.08950.0779-0.07490.0776-0.001-0.1379-4.98764.880611.0018
51.6474-0.6549-0.90860.76890.20428.6547-0.0217-0.3968-0.00150.01930.1747-0.0077-0.46010.4258-0.1530.00460.0335-0.06340.06970.0056-0.268822.6118-16.138135.4284
60.90940.2972-0.5990.44460.07191.95230.07130.2117-0.0411-0.08420.0028-0.11210.13870.2058-0.0740.12870.1529-0.09840.1191-0.0597-0.257523.4812-20.851411.8281
70.55440.301-0.35660.8686-0.9316.8575-0.13630.1916-0.0542-0.47090.14060.1061-0.3138-0.6478-0.00420.24360.0312-0.13490.119-0.0483-0.223314.3363-13.49188.7485
80.4081-0.1870.28240.8057-0.4944.41010.0036-0.0944-0.1149-0.2434-0.09860.1430.0797-0.450.095-0.02890.0304-0.11820.0574-0.0535-0.180713.6081-23.562133.8882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る