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万見
- PDB-4d1p: Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d1p
タイトルStructure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain IN COMPLEX WITH 6-((((3S, 5R)-5-(((6-AMINO-4-METHYLPYRIDIN-2-YL)METHOXY) METHYL)PYRROLIDIN-3-YL)OXY) METHYL)-4-METHYLPYRIDIN-2-AMINE
要素NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of guanylate cyclase activity / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / aortic valve morphogenesis / arginine binding / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / actin monomer binding / negative regulation of platelet activation / endothelial cell migration / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / eNOS activation / arginine catabolic process / regulation of sodium ion transport / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / homeostasis of number of cells within a tissue / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / blood vessel diameter maintenance / removal of superoxide radicals / mitochondrion organization / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to hormone / cell redox homeostasis / caveola / establishment of localization in cell / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / lung development / potassium ion transport / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of angiogenesis / endocytic vesicle membrane / calcium ion transport / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to heat / scaffold protein binding / angiogenesis / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / calmodulin binding / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GADOLINIUM ATOM / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-Q16 / Nitric oxide synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.731 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of Human Constitutive Nitric Oxide Synthases
著者: Li, H. / Jamal, J. / Plaza, C. / Pineda, S.H. / Chreifi, G. / Jing, Q. / Cinelli, M.A. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,66720
ポリマ－98,6922
非ポリマー3,97618
水13,583754
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-137.2 kcal/mol
Surface area32750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.226, 110.378, 153.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL / CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII


分子量: 49345.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29474, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 9種, 772分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-Q16 / 6-((((3S, 5R)-5-(((6-amino-4-methylpyridin-2-yl)methoxy)methyl)pyrrolidin-3-yl)oxy)methyl)-4-methylpyridin-2-amine / 2β-[[(4-メチル-6-アミノピリジン-2-イルメチル)オキシ]メチル]-4α-(4-メチル-6-アミノピリジン-(以下略)


分子量: 357.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27N5O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: RPIM 0.671 CC ONE HALF 0.671
結晶化pH: 7.5
詳細: 10-12% PEG3350 0.1M BIS TRIS, PH7.5 0.3M MG ACETATE, 0.1M GDCL3, 5 MM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 109589 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.78 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NSE

1nse


解像度: 1.731→48.357 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 110-118 IN CHAIN A AND 107-118 IN CHAIN B ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 5493 5 %
Rwork0.1566 --
obs0.158 109491 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.731→48.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6409 0 253 754 7416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.199548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4772533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071983
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7305-1.75020.35051210.30992109X-RAY DIFFRACTION61
1.7502-1.77080.34642110.30283444X-RAY DIFFRACTION100
1.7708-1.79240.32192040.26683433X-RAY DIFFRACTION100
1.7924-1.81510.29121880.24673458X-RAY DIFFRACTION100
1.8151-1.8390.2751720.22863514X-RAY DIFFRACTION100
1.839-1.86420.26431690.20793478X-RAY DIFFRACTION100
1.8642-1.89080.23221880.19243491X-RAY DIFFRACTION100
1.8908-1.9190.23311880.19123453X-RAY DIFFRACTION100
1.919-1.9490.23342140.17843466X-RAY DIFFRACTION100
1.949-1.9810.2441830.16593447X-RAY DIFFRACTION100
1.981-2.01510.17291780.16273520X-RAY DIFFRACTION100
2.0151-2.05180.20581930.16023429X-RAY DIFFRACTION100
2.0518-2.09120.20251820.16093505X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.13390.1741800.15763484X-RAY DIFFRACTION100
2.1339-2.18030.20532060.15693472X-RAY DIFFRACTION100
2.1803-2.2310.1951770.15463514X-RAY DIFFRACTION100
2.231-2.28680.18581710.15113475X-RAY DIFFRACTION100
2.2868-2.34860.19241880.15033518X-RAY DIFFRACTION100
2.3486-2.41780.20631750.15263487X-RAY DIFFRACTION100
2.4178-2.49580.211760.15313548X-RAY DIFFRACTION100
2.4958-2.5850.17251770.15183522X-RAY DIFFRACTION100
2.585-2.68850.17991920.15283502X-RAY DIFFRACTION100
2.6885-2.81080.19621830.14983518X-RAY DIFFRACTION100
2.8108-2.9590.19441880.15583550X-RAY DIFFRACTION100
2.959-3.14440.18151550.15643559X-RAY DIFFRACTION100
3.1444-3.38710.17022040.15093497X-RAY DIFFRACTION100
3.3871-3.72780.18521750.14033590X-RAY DIFFRACTION100
3.7278-4.2670.14981840.12523589X-RAY DIFFRACTION100
4.267-5.37480.1281920.12353626X-RAY DIFFRACTION100
5.3748-48.37560.17431790.17723800X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10130.012-0.08510.4786-0.11460.64470.02180.00240.05510.1237-0.00360.0341-0.0606-0.0369-00.14350.00760.00410.1326-0.01360.130917.0059243.12532.192
20.12820.1392-0.10690.7934-0.20070.2954-0.0001-0.0009-0.0005-0.117-0.0575-0.05650.08250.0136-0.06040.0698-0.00470.01470.08170.01090.076830.0793215.80179.9356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 67:480)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 67:480)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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