PDB-4d1m: Tetramerization domain of zebrafish p53 (crystal form II)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d1m

タイトル

Tetramerization domain of zebrafish p53 (crystal form II)

要素

CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

キーワード

TRANSCRIPTION / P53 FAMILY / TUMOR SUPPRESSOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TETRAMER / PROTEIN EVOLUTION

機能・相同性

機能・相同性情報

epithelium development / anatomical structure morphogenesis / protein tetramerization / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / apoptotic process / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joerger, A.C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Tracing the Evolution of the P53 Tetramerization Domain
著者: Joerger, A.C. / Wilcken, R. / Andreeva, A.

履歴

登録	2014年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年5月22日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d1m.cif.gz	210.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d1m.ent.gz	175.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d1m_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d1m_full_validation.pdf.gz	498.4 KB	表示
XML形式データ	4d1m_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4d1m_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/4d1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/4d1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cz5C 4cz6C 4cz7C 4d1lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d1l-1 6vg2-2 4al6-d 2au5-d 3gat-d 3k8a-d 5xj5-d 1rqc-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (10) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (9) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (9) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (9)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (10)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (9)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (9)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (9)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (9)

登録構造単位

A: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

B: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

C: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

D: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

E: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

F: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

G: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

H: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

I: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

J: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

K: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

L: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

ヘテロ分子

67.2 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

F: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

G: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

H: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

B: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

C: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

D: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

J: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

K: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

L: CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.861, 74.507, 74.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53 / P53 分子量: 5585.328 Da / 分子数: 12 / 断片: TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 302-346 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: G1K2L5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ADDITIONAL GGS SEQUENCE AT THE N TERMINUS AS A RESULT OF CLONING STRATEGY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGREE C; PROTEIN SOLUTION: 12 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 7.5, 50 MM NACL, 5 MM DTT; CRYSTALLIZATION BUFFER: 160 MM ZINC ACETATE, 80 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6. ...詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGREE C; PROTEIN SOLUTION: 12 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 7.5, 50 MM NACL, 5 MM DTT; CRYSTALLIZATION BUFFER: 160 MM ZINC ACETATE, 80 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 12% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8,000 AND 19% (W/V) GLYCEROL

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGREE C; PROTEIN SOLUTION: 12 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 7.5, 50 MM NACL, 5 MM DTT; CRYSTALLIZATION BUFFER: 160 MM ZINC ACETATE, 80 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→28.9 Å / Num. obs: 34925 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→28.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 15.086 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27996	1744	5 %	RANDOM
R_work	0.2259	-	-	-
obs	0.22845	33164	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2 Å²	0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3964	0	2	59	4025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.999	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.777	3	9135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.824	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.097	23.881	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.22	15	815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.387	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.626	2.848	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.625	2.847	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.369	4.251	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.057	3.167	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	129	-
R_work	0.282	2398	-
obs	-	-	98.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8904	1.0746	-8.5699	3.3103	0.7983	30.2075	0.0475	-0.7133	-0.009	0.2988	-0.2382	-0.1372	-0.5372	0.8915	0.1907	0.3145	0.0131	-0.0307	0.1876	-0.0085	0.2695	22.359	44.78	-12.335
2	11.8252	11.8748	-18.1248	15.493	-18.8088	27.9017	0.2597	0.3088	-0.1044	-0.5817	-0.2622	0.6362	-0.2959	-0.4183	0.0025	0.2815	0.2281	-0.121	0.1982	-0.0551	0.1982	14.856	36.303	-16.947
3	12.5631	6.4624	7.189	17.496	0.8577	20.0311	0.1152	0.0629	-0.8491	0.0254	0.0561	0.5847	0.8598	-0.3633	-0.1713	0.054	-0.0086	-0.002	0.1677	0.0358	0.3293	4.326	21.595	-8.007
4	4.5663	0.8575	0.5003	22.7648	-22.6495	22.9445	-0.5499	-0.2625	0.2298	0.1355	0.5398	0.0722	-0.31	-0.6622	0.0101	0.3604	0.0605	-0.0253	0.2315	-0.1391	0.137	18.817	45.132	-15.529
5	14.1527	0.6721	-12.183	3.9353	0.3194	13.9542	0.2168	-0.4657	0.071	0.1528	-0.056	0.0224	-0.1909	0.4822	-0.1608	0.128	-0.0544	-0.0248	0.0814	-0.003	0.0725	27.297	36.744	-14.003
6	8.2122	4.532	-1.0087	24.1305	-3.8613	16.3456	0.4674	0.0171	-0.8608	-1.6948	-0.5749	-1.2845	1.0901	1.331	0.1075	0.4425	-0.0162	0.1408	0.3528	-0.0923	0.2506	42.822	28.74	-25.642
7	20.4226	-7.1773	11.1847	4.7968	-1.2471	9.5316	0.2989	-0.4276	-1.1996	0.1849	0.0836	0.4555	0.4079	-0.1381	-0.3825	0.2224	-0.1348	0.0195	0.2268	0.1103	0.4391	23.294	17.315	-18.01
8	25.2453	6.1887	9.3702	2.9246	3.8578	6.3009	0.1772	0.7601	-0.7885	-0.215	-0.0353	-0.0663	-0.0829	0.3457	-0.1419	0.1419	0.05	-0.0275	0.1609	-0.0369	0.1003	26.625	27.679	-22.872
9	11.7451	-4.8493	11.1938	11.6489	-13.9267	26.0309	-0.0644	0.2019	0.9208	0.3674	-0.2162	-0.4501	-1.4821	0.6394	0.2806	0.2685	-0.1397	0.0817	0.2329	-0.1043	0.2614	41.975	40.003	-18.401
10	30.4148	4.9865	23.0149	4.3684	-0.2743	22.148	0.0152	0.2001	-0.7601	-0.314	-0.102	-0.5138	0.3634	0.1918	0.0869	0.1586	-0.0235	0.0158	0.1887	-0.1587	0.489	23.011	18.429	-22.993
11	25.2841	0.0732	-3.5768	5.5874	0.7858	2.5454	-0.2049	-1.0037	-0.9691	0.2983	-0.1022	-0.1534	0.0898	0.0767	0.3071	0.1028	-0.047	-0.0218	0.1376	0.0695	0.1541	18.591	24.562	-13.641
12	12.6238	2.0679	7.2035	19.9814	5.4012	27.0134	-0.6704	-0.1371	0.8811	-0.5497	0.8377	1.7903	-1.4566	-0.57	-0.1673	0.1486	0.1275	0.035	0.3384	0.0768	0.6324	0.611	33.751	-11.018
13	19.8263	-1.248	-21.1463	2.6449	-1.187	25.876	0.0313	0.4601	0.1251	-0.2206	-0.4629	-0.4967	-0.3342	-0.0007	0.4316	0.4087	-0.1436	-0.0007	0.419	-0.0553	0.3418	28.666	21.048	6.58
14	4.0755	-10.4949	-7.2034	27.1658	18.9779	20.4129	-0.2189	-0.1271	0.0983	0.6099	0.1417	-0.1905	0.1522	0.9077	0.0772	0.0591	-0.1472	-0.0231	0.5344	-0.0086	0.1446	25.236	10.091	10.45
15	8.1149	-2.1715	-11.9111	19.2225	-2.4412	30.2763	-0.8539	-0.2716	-1.2099	0.7936	-0.0015	0.535	2.344	-1.2299	0.8554	0.3696	-0.1009	-0.117	0.409	0.0962	0.4465	23.107	-9.548	4.428
16	3.871	-3.2786	-8.302	16.6329	12.9517	31.0779	-0.0885	-0.4679	0.2369	0.1219	0.5009	-0.8929	0.1758	0.5606	-0.4124	0.0754	-0.1336	-0.0714	0.4399	-0.051	0.3426	29.835	18.751	10.348
17	17.9225	-12.6002	-11.3809	12.9655	8.3441	12.0043	0.6064	0.3911	0.5832	-0.926	-0.1719	-0.5985	-0.797	0.0492	-0.4345	0.2644	-0.1486	0.0601	0.1525	-0.0021	0.1224	19.296	19.452	4.477
18	5.5203	1.0678	1.4135	13.2652	3.0583	27.1319	0.4385	0.7377	0.1485	-0.4088	-0.4015	0.9213	-0.0709	-0.9188	-0.037	0.1834	0.065	0.0715	0.2234	-0.0054	0.2756	0.28	26.635	7.315
19	12.7977	-4.4311	3.0668	11.762	6.7867	13.0259	0.6715	0.3389	-0.2622	-0.837	-1.2627	2.0867	1.2491	-1.0608	0.5912	0.4878	-0.0264	-0.3181	0.2531	-0.1333	0.7546	6.067	3.719	5.076
20	4.5621	-8.3195	3.9968	25.0512	-15.9326	11.3562	-0.0428	-0.3345	-0.2276	0.8515	0.1987	0.5428	-0.718	-0.1853	-0.1559	0.0729	-0.0322	0.0075	0.2704	-0.0964	0.1633	10.235	13.423	10.792
21	0.2076	0.9027	-1.6242	13.7425	1.4363	20.4095	0.1286	-0.0701	0.011	0.4857	-0.1064	-0.1836	-1.1944	0.7257	-0.0222	0.2131	-0.0626	0.0154	0.2194	0.0068	0.336	11.678	32.159	3.677
22	6.0821	-8.0846	10.638	22.5535	-20.988	35.6645	0.0833	-0.5499	-0.141	0.819	-0.0589	1.2582	-0.8804	-0.5934	-0.0243	0.1018	-0.0617	0.0072	0.2426	-0.0455	0.3728	5.46	4.759	9.98
23	24.9973	-18.8922	7.5815	19.6576	-8.5088	8.1057	0.5347	0.2687	-0.7261	-0.9434	-0.439	0.7256	-0.145	0.3499	-0.0957	0.154	0.0007	-0.0936	0.187	-0.0206	0.1461	15.98	4.612	3.765
24	8.2025	1.8501	-6.8358	14.0682	-5.6347	31.2941	-0.0453	0.4204	0.1085	-0.1839	0.0405	-0.2685	0.0796	1.5057	0.0049	0.0503	0.0598	-0.0691	0.3211	0.0037	0.2195	35.073	-2.48	6.545
25	21.5967	-4.3704	-12.2151	7.3014	5.0964	12.7354	0.257	0.1741	1.6454	0.1224	-0.1571	-0.1907	-0.9292	-0.1952	-0.0999	0.3908	-0.0346	-0.1048	0.1248	0.0563	0.2816	12.765	7.286	-20.252
26	24.489	10.2642	-8.4229	5.193	-3.1627	5.0999	-0.3606	0.2179	0.6369	-0.2884	0.3194	0.2405	0.169	0.0015	0.0412	0.3022	0.0338	0.0196	0.101	0.0312	0.1001	8.57	-3.163	-24.438
27	15.515	-5.4775	-3.9935	25.2345	6.4749	8.8748	-0.0076	0.4702	-0.849	-0.2246	0.1252	0.397	0.5147	-0.2964	-0.1175	0.2304	-0.0426	0.0296	0.2241	0.062	0.1704	-6.28	-16.556	-19.937
28	29.2027	6.6847	-22.2569	6.1711	-5.4304	22.1261	-0.1987	0.3428	0.6852	-0.0254	0.0722	0.1362	0.1091	-0.1644	0.1264	0.2661	0.0049	-0.0789	0.0535	0.0397	0.2821	11.459	6.148	-24.135
29	24.3896	-1.3967	-1.0776	3.9945	0.5121	4.6149	-0.0354	-0.6247	0.2411	0.1998	-0.083	0.1831	-0.3297	0.3061	0.1183	0.3184	-0.0242	-0.0209	0.0865	0.007	0.1	16.674	0.045	-15.158
30	8.0628	1.4047	0.1739	21.6689	-7.1847	16.7841	-0.2722	0.2904	-1.2603	-0.5334	0.2177	-0.9228	1.0763	0.4556	0.0545	0.2494	0.1754	0.1117	0.4136	0.0144	0.4408	34.753	-8.647	-13.023
31	2.5317	-1.2627	6.9947	5.3865	0.234	27.3327	0.1076	-0.4398	-0.0111	0.2741	-0.0842	0.0794	0.3647	-0.5383	-0.0234	0.2644	-0.0194	0.0373	0.2733	0.0073	0.2499	14.412	-20.448	-13.911
32	16.9977	10.1501	16.3288	10.0649	13.8695	19.9931	-0.0861	0.5459	-0.4306	-0.1837	0.7426	-0.5412	-0.0326	1.052	-0.6565	0.5135	0.2118	0.1396	0.2	0.0439	0.0892	20.664	-11.501	-18.787
33	7.9112	5.3447	-9.6333	12.7147	-5.0536	15.9635	0.0967	-0.1178	0.7678	-0.5469	0.0264	-1.1136	-1.1021	0.1846	-0.1231	0.2416	0.0031	-0.1179	0.2148	-0.0009	0.6555	30.952	3.783	-9.832
34	4.9603	6.2792	11.1795	13.7207	19.1507	42.8295	-0.0207	0.0299	-0.4054	0.0297	-0.0981	-0.3576	0.0583	0.8057	0.1189	0.2106	0.0522	0.054	0.1617	0.0809	0.2094	17.265	-20.395	-17.671
35	18.3908	0.9824	14.5045	2.3136	0.0558	18.2894	0.1769	-0.5698	-0.1323	0.3609	-0.0848	0.0567	0.5791	-0.5284	-0.0921	0.322	0.0216	0.0734	0.0487	0.0371	0.0774	8.253	-12.716	-15.91
36	22.5735	-6.242	-9.929	8.4199	5.6095	24.6283	0.422	1.1173	1.2612	-1.5611	-0.6451	0.6739	-2.0118	-1.5751	0.2231	0.6678	0.1189	-0.1581	0.3667	0.1345	0.336	-7.345	-5.451	-27.594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	303 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	312 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	332 - 340
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	303 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	312 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	332 - 342
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	302 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	312 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	332 - 341
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	303 - 311
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	312 - 331
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	332 - 341
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	303 - 311
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	312 - 331
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	332 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	303 - 311
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	312 - 331
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	332 - 343
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	302 - 311
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	312 - 331
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	332 - 341
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	303 - 311
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	312 - 331
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	332 - 342
25	X-RAY DIFFRACTION	25	I	303 - 311
26	X-RAY DIFFRACTION	26	I	312 - 331
27	X-RAY DIFFRACTION	27	I	332 - 341
28	X-RAY DIFFRACTION	28	J	303 - 311
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	312 - 331
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	332 - 340
31	X-RAY DIFFRACTION	31	K	302 - 311
32	X-RAY DIFFRACTION	32	K	312 - 331
33	X-RAY DIFFRACTION	33	K	332 - 341
34	X-RAY DIFFRACTION	34	L	303 - 311
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	312 - 331
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	332 - 341

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)