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- PDB-3k8a: Neisseria gonorrhoeae PriB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8a
タイトルNeisseria gonorrhoeae PriB
要素Putative primosomal replication protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / beta-barrel / OB-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / ATPase activator activity / single-stranded DNA binding / ATPase binding / double-stranded DNA binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Primosomal replication protein PriB / Another single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Primosome protein PriB
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lopper, M.E. / Dong, J. / George, N.P. / Duckett, K.L. / DeBeer, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of Neisseria gonorrhoeae PriB reveals mechanistic differences among bacterial DNA replication restart pathways
著者: Dong, J. / George, N.P. / Duckett, K.L. / DeBeer, M.A. / Lopper, M.E.
履歴
登録2009年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative primosomal replication protein
B: Putative primosomal replication protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4812
ポリマ－23,4812
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.240, 74.240, 140.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Putative primosomal replication protein


分子量: 11740.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)
株: FA1090 / 遺伝子: NGO0582, prib / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F924
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 4% (w/v) PEG 4000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 10124 / Num. obs: 9741 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 68.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 354 / Rsym value: 0.22 / Χ2: 1.136 / % possible all: 65.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.07 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å26.26 Å
Translation2.7 Å26.26 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1V1Q

1v1q


解像度: 2.7→26.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.357 / WRfactor Rwork: 0.294 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.855 / SU B: 32.3 / SU ML: 0.293 / SU R Cruickshank DPI: 0.534 / SU Rfree: 0.342 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.341
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 456 4.7 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.245 10439 --
obs0.245 9682 92.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.7 Å2 / Biso mean: 56.509 Å2 / Biso min: 13.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1626 0 0 8 1634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9682234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9145201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52424.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.80215308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6871514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5621.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04721619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2623649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.144.5615
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 27 -
Rwork0.388 495 -
all-522 -
obs--66.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1598-0.655-0.15353.89270.12821.86550.0131-0.1258-0.29630.2978-0.0340.01880.08950.09460.02090.0278-0.0013-0.00430.01030.01290.028323.2831-24.72326.0801
24.1983-0.8714-0.22273.20990.47862.1712-0.03130.09960.038-0.11670.04650.269-0.0454-0.1062-0.01520.0056-0.0019-0.01080.00970.00980.02712.735-13.6851-3.8196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1A101 - 107
3X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 100
4X-RAY DIFFRACTION2B101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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