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- PDB-4d10: Crystal structure of the COP9 signalosome -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4d10
タイトルCrystal structure of the COP9 signalosome
要素(COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT ...) x 8
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / COP9 signalosome / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / inner cell mass cell proliferation / skeletal muscle cell differentiation / response to light stimulus / JNK cascade / translation initiation factor activity / post-translational protein modification / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / neuron differentiation / metallopeptidase activity / transcription corepressor activity / cell junction / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / translation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / COP9 signalosome complex subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7a / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Lingaraju, G.M. / Thoma, N.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Human Cop9 Signalosome
著者: Lingaraju, G.M. / Bunker, R.D. / Cavadini, S. / Hess, D. / Hassiepen, U. / Renatus, M. / Fischer, E.S. / Thoma, N.H.
履歴
登録2014年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月20日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年3月27日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
B: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
C: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
D: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
E: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
F: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
G: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
H: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
I: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
J: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
K: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
L: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
M: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
N: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
O: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
P: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)646,20318
ポリマ－646,07216
非ポリマー1312
水00
1
I: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
J: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
K: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
L: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
M: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
N: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
O: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
P: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,1029
ポリマ－323,0368
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37150 Å2
ΔGint-248.8 kcal/mol
Surface area114490 Å2
手法PISA
2
A: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1
B: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2
C: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3
D: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4
E: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5
F: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6
G: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A
H: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,1029
ポリマ－323,0368
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37050 Å2
ΔGint-252 kcal/mol
Surface area122820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.615, 151.615, 343.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11I
21A
12J
22B
13K
23C
14L
24D
15M
25E
16N
26F
17O
27G
18P
28H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPROPROII77 - 50530 - 458
21VALVALPROPROAA77 - 50530 - 458
12VALVALALAALAJJ30 - 44334 - 447
22VALVALALAALABB30 - 44334 - 447
13SERSERPHEPHEKK3 - 4033 - 403
23SERSERPHEPHECC3 - 4033 - 403
14GLNGLNALAALALL182 - 405186 - 409
24GLNGLNALAALADD182 - 405186 - 409
15SERSERILEILEMM24 - 33324 - 333
25SERSERILEILEEE24 - 33324 - 333
16SERSERGLNGLNNN29 - 31633 - 320
26SERSERGLNGLNFF29 - 31633 - 320
17THRTHRASNASNOO8 - 21512 - 219
27THRTHRASNASNGG8 - 21512 - 219
18PHEPHEASNASNPP11 - 20914 - 212
28PHEPHEASNASNHH11 - 20914 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

-
要素

-
COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT ... , 8種, 16分子 AIBJCKDLEMFNGOHP

#1: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 1 / SGN1 / SIGNALOSOME SUBUNIT 1 / G PROTEIN PATHWAY SUPPRESSOR 1 / GPS-1 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME ...SGN1 / SIGNALOSOME SUBUNIT 1 / G PROTEIN PATHWAY SUPPRESSOR 1 / GPS-1 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 1 / PROTEIN MFH


分子量: 54222.805 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 52-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13098
#2: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 2 / SGN2 / SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / ALIEN HOMOLOG / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / THYROID ...SGN2 / SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / ALIEN HOMOLOG / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 2 / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 15 / TR- INTERACTING PROTEIN 15 / TRIP-15


分子量: 51992.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61201
#3: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 3 / SGN3 / SIGNALOSOME SUBUNIT 3 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 3


分子量: 47924.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UNS2
#4: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4 / SGN4 / SIGNALOSOME SUBUNIT 4 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 4


分子量: 46651.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BT78
#5: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 5 / SGN5 / SIGNALOSOME SUBUNIT 5 / JUN ACTIVATION DOMAIN-BINDING PROTEIN 1


分子量: 37621.742 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#6: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 6 / SGN6 / SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / MOV34 HOMOLOG / VPR- ...SGN6 / SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 6 / MOV34 HOMOLOG / VPR-INTERACTING PROTEIN / HVIP


分子量: 36531.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7L5N1
#7: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 7A / SGN7A / SIGNALOSOME SUBUNIT 7A / DERMAL PAPILLA-DERIVED PROTEIN 10 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 7A


分子量: 24649.197 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UBW8
#8: タンパク質 COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 8 / SGN8 / SIGNALOSOME SUBUNIT 8 / COP9 HOMOLOG / HCOP9 / JAB1-CONT AINING SIGNALOSOME SUBUNIT 8 / SGN8 ...SGN8 / SIGNALOSOME SUBUNIT 8 / COP9 HOMOLOG / HCOP9 / JAB1-CONT AINING SIGNALOSOME SUBUNIT 8 / SGN8 / SIGNALOSOME SUBUNIT 8 / COP9 HO MOLOG / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 8


分子量: 23442.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q99627

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

配列の詳細CHAINS A AND I MAPS TO UNIPROT Q13098 ISOFORM 4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 9.3 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM EQUALLY WITH 12% PEG 6000, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.4, 0.1 M LI2SO4, 10 MM UREA.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.636
11K, H, -L20.364
反射解像度: 3.8→52 Å / Num. obs: 86875 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.8→3.81 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
XDSAIMLESSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.8→50.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 45.893 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 1656 1.9 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.19993 85161 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 189.557 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→50.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39974 0 2 0 39976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01940705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0239458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0951.96454972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.826390737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.71654967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.7624.7331927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.297157505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9715228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.26207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0245822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.029282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.54415.25219958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.54315.25219957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75422.87224895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.75422.87224896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13515.31820747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.13515.31820747
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.08922.94230077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.593161331
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.593161331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11I251670.04
12A251670.04
21J251510.04
22B251510.04
31K238740.04
32C238740.04
41L129310.09
42D129310.09
51M173230.05
52E173230.05
61N155190.05
62F155190.05
71O123220.05
72G123220.05
81P100900.04
82H100900.04
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 121 -
Rwork0.29 6253 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25410.302-0.03460.4516-0.04960.060.1486-0.0965-0.06510.2225-0.0849-0.03670.01430.1589-0.06360.6667-0.105-0.11720.5066-0.12590.119930.846853.520854.306
20.3732-0.4603-0.00650.7450.02940.0632-0.108-0.0137-0.0273-0.066-0.01210.2186-0.08210.03210.12010.41410.0745-0.31480.3957-0.28340.6183-7.358698.802925.6237
32.6849-0.85660.39380.2861-0.1370.1106-0.06640.16540.16170.03010.0268-0.09140.0141-0.0490.03960.1144-0.01970.0160.5972-0.1320.5508-40.082170.600815.327
40.35270.24320.1750.8240.48270.49380.24210.0374-0.01220.2321-0.031-0.10050.02440.1996-0.2110.5642-0.29370.04080.564-0.21450.16453.399287.633149.7854
51.62040.52120.04870.5362-0.17240.1665-0.07830.1564-0.25280.00120.1805-0.04340.1092-0.0393-0.10220.7073-0.2286-0.0130.5583-0.04530.1381-17.81424.941922.389
60.9452-0.0266-0.37510.85740.33210.31450.1842-0.2018-0.07090.2513-0.1808-0.00560.07270.101-0.00340.8976-0.32210.01680.4092-0.06090.02452.597933.84967.2814
71.0745-0.6378-0.28762.2061-0.39090.27450.06740.1457-0.21270.0935-0.1483-0.05790.05780.00910.08080.58240.1082-0.12360.341-0.28160.332730.124214.595927.6211
82.78851.51872.02371.42161.13722.49260.08880.0088-0.1281-0.0398-0.0528-0.21780.29270.3198-0.0360.2340.0703-0.09920.5925-0.15730.266759.563568.290825.3496
90.0229-0.05390.00050.7042-0.12850.24750.08430.00280.0044-0.10950.00410.1549-0.02830.3294-0.08840.50940.02640.02490.595-0.16790.14944.245242.1244-39.6411
100.34630.39650.1011.15790.05880.0592-0.09490.0922-0.13330.10140.22350.22630.02730.0707-0.12860.5558-0.06380.08470.3535-0.18780.43585.6307-5.1091-12.2322
112.52230.6948-0.32220.2103-0.06560.18510.035-0.0136-0.097-0.0453-0.0098-0.022-0.072-0.1297-0.02520.25420.0235-0.16440.6772-0.13190.3096-27.424823.0842-1.8652
120.5957-0.008-0.47160.67510.0960.60380.171-0.03970.043-0.0764-0.0248-0.19580.14220.2183-0.14610.47860.395-0.13790.6936-0.2680.168167.33358.2848-35.8154
130.3295-0.0636-0.04560.126-0.1831.0273-0.077-0.183-0.18570.0230.24650.0253-0.5148-0.1395-0.16950.71740.03520.0430.5503-0.02960.263210.297272.0627-12.643
140.3440.27810.3530.86680.27410.480.04240.06530.0055-0.1885-0.07950.0456-0.23420.07050.03710.81110.0417-0.08590.402-0.01710.011416.005161.7447-52.7057
151.39820.4759-0.11290.4997-0.27910.1910.2292-0.31510.11720.1798-0.3119-0.0372-0.11730.12150.08270.631-0.22720.02190.5175-0.22950.224441.92479.8666-11.4149
160.62740.1981-0.65281.3165-0.37041.00070.2172-0.0134-0.00580.2106-0.2679-0.095-0.31530.46730.05070.14-0.0432-0.1020.9597-0.21710.253272.506926.7756-10.5396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A464 - 505
2X-RAY DIFFRACTION1B412 - 443
3X-RAY DIFFRACTION1C346 - 403
4X-RAY DIFFRACTION1D367 - 406
5X-RAY DIFFRACTION1E250 - 333
6X-RAY DIFFRACTION1F208 - 316
7X-RAY DIFFRACTION1G166 - 216
8X-RAY DIFFRACTION1H194 - 208
9X-RAY DIFFRACTION2A77 - 463
10X-RAY DIFFRACTION3B30 - 411
11X-RAY DIFFRACTION4C3 - 345
12X-RAY DIFFRACTION5D1 - 366
13X-RAY DIFFRACTION6E24 - 249
14X-RAY DIFFRACTION6F29 - 207
15X-RAY DIFFRACTION7G8 - 165
16X-RAY DIFFRACTION8H12 - 167
17X-RAY DIFFRACTION9I464 - 505
18X-RAY DIFFRACTION9J412 - 443
19X-RAY DIFFRACTION9K346 - 403
20X-RAY DIFFRACTION9L367 - 406
21X-RAY DIFFRACTION9M250 - 333
22X-RAY DIFFRACTION9N208 - 316
23X-RAY DIFFRACTION9O166 - 216
24X-RAY DIFFRACTION9P194 - 208
25X-RAY DIFFRACTION10I77 - 463
26X-RAY DIFFRACTION11J30 - 411
27X-RAY DIFFRACTION12K3 - 345
28X-RAY DIFFRACTION13L78 - 366
29X-RAY DIFFRACTION14M24 - 249
30X-RAY DIFFRACTION14N29 - 207
31X-RAY DIFFRACTION15O8 - 165
32X-RAY DIFFRACTION16P12 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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