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- PDB-4d0o: AKAP13 (AKAP-Lbc) DH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0o
タイトルAKAP13 (AKAP-Lbc) DH domain
要素A-KINASE ANCHOR PROTEIN 13
キーワードCELL CYCLE / AKAP-LBC / GEF / RHOGEF / PH DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sarcomere organization / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / MAP-kinase scaffold activity / cardiac muscle cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / protein kinase A binding / RHOB GTPase cycle / positive regulation of Rho protein signal transduction / adrenergic receptor signaling pathway ...regulation of sarcomere organization / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / MAP-kinase scaffold activity / cardiac muscle cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / protein kinase A binding / RHOB GTPase cycle / positive regulation of Rho protein signal transduction / adrenergic receptor signaling pathway / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / bone development / small GTPase binding / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton / heart development / cell cortex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / molecular adaptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RII binding domain / RII binding domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...RII binding domain / RII binding domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
A-kinase anchor protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Abdul Azeez, K.R. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Klussmann, E. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of the Rhoa : Akap-Lbc Dh-Ph Domain Complex.
著者: Abdul Azeez, K.R. / Knapp, S. / Fernandes, J.M.P. / Klussmann, E. / Elkins, J.M.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22014年11月26日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-KINASE ANCHOR PROTEIN 13
B: A-KINASE ANCHOR PROTEIN 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5232
ポリマ－57,5232
非ポリマー00
水00
1
A: A-KINASE ANCHOR PROTEIN 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7611
ポリマ－28,7611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: A-KINASE ANCHOR PROTEIN 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7611
ポリマ－28,7611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.130, 94.840, 109.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.34059, -0.03735, -0.93947), (0.03377, -0.99905, 0.02748), (-0.9396, -0.02237, 0.34153)
ベクター: -8.62884, -8.85407, -5.95361)

-
要素

#1: タンパク質 A-KINASE ANCHOR PROTEIN 13 / AKAP-13 / AKAP-LBC / BREAST CANCER NUCLEAR RECEPTOR-BINDING AUXILIARY PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE ...AKAP-13 / AKAP-LBC / BREAST CANCER NUCLEAR RECEPTOR-BINDING AUXILIARY PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR LBC / HUMAN THYROID-ANCHORING PROTEIN 31 / LYMPHOID BLAST CRISIS ONCOGENE / LBC ONCOGENE / NON-ONCOGENIC RHO GTPASE-SPECIFIC GTP EXCHANGE FACTOR / PROTEIN KINASE A-ANCHORING PROTEIN 13 / PRKA13 / P47 / AKAP13


分子量: 28761.432 Da / 分子数: 2 / 断片: RHOGEF DOMAIN, RESIDUES 1972-2207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12802

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 25% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→42.13 Å / Num. obs: 14660 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→71.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 41.167 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.445 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30849 711 4.9 %RANDOM
Rwork0.23641 ---
obs0.23969 13897 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→71.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 0 0 3692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8871.9535059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77438138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.145471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31624.699166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11715673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.641517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6582.371893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6582.3691892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1933.5522361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5672.3831858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.822 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 53 -
Rwork0.324 984 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88650.0859-0.7733.0310.48592.2042-0.1450.07560.066-0.00350.2397-0.2322-0.35030.1363-0.09470.4108-0.0715-0.02870.1142-0.04840.2142-15.0046.82521.221
22.8588-0.6233-1.15222.05190.56632.6531-0.0301-0.16530.14130.1376-0.02620.1846-0.2157-0.10970.05630.27460.0016-0.03370.0272-0.03230.1476-23.41-15.71615.143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1960 - 2211
2X-RAY DIFFRACTION2B1960 - 2211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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