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万見
- PDB-4d05: Structure and activity of a minimal-type ATP-dependent DNA ligase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d05
タイトルStructure and activity of a minimal-type ATP-dependent DNA ligase from a psychrotolerant bacterium
要素ATP-DEPENDENT DNA LIGASE
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Atp-dependent dna ligase
類似検索 - 構成要素
生物種PSYCHROMONAS SP. SP041 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Williamson, A. / Rothweiler, U. / Leiros, H.-K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Enzyme-Adenylate Structure of a Bacterial ATP-Dependent DNA Ligase with a Minimized DNA-Binding Surface
著者: Williamson, A. / Rothweiler, U. / Leiros, H.-K.S.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 2.02017年6月28日Group: Atomic model / Refinement description / カテゴリ: atom_site / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _software.name
改定 2.12019年6月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info ...exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT DNA LIGASE
B: ATP-DEPENDENT DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,18514
ポリマ－59,6022
非ポリマー1,58312
水11,746652
1
A: ATP-DEPENDENT DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6287
ポリマ－29,8011
非ポリマー8286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP-DEPENDENT DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5577
ポリマ－29,8011
非ポリマー7566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.427, 43.976, 89.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT DNA LIGASE


分子量: 29800.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LINK BETWEEN AMP AND LYS173
由来: (組換発現) PSYCHROMONAS SP. SP041 (バクテリア)
解説: PSYCHROMONAS SP. STRAIN SP041 (GENBANK ACCESSION NO. ERP003516)
プラスミド: PHMGWA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: A0A0A6YVN6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細(GENBANK ACCESSION NO. ERP003516)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.75 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM HEPES PH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→44 Å / Num. obs: 80785 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 14.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→24.61 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1924 2419 3 %
Rwork0.1454 --
obs0.1468 80747 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 90 652 4822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4395910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5451626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.68370.2831400.21494529X-RAY DIFFRACTION98
1.6837-1.72030.24511440.19364518X-RAY DIFFRACTION99
1.7203-1.76030.23381390.17794574X-RAY DIFFRACTION99
1.7603-1.80430.21271450.1664544X-RAY DIFFRACTION100
1.8043-1.85310.2181380.15664552X-RAY DIFFRACTION99
1.8531-1.90760.19531620.14884593X-RAY DIFFRACTION100
1.9076-1.96910.21441260.15244568X-RAY DIFFRACTION100
1.9691-2.03950.20931510.13634596X-RAY DIFFRACTION100
2.0395-2.12110.15991260.12424618X-RAY DIFFRACTION100
2.1211-2.21750.17931490.12554608X-RAY DIFFRACTION100
2.2175-2.33440.17621330.12944588X-RAY DIFFRACTION100
2.3344-2.48050.17321390.13054628X-RAY DIFFRACTION100
2.4805-2.67180.18781610.13864588X-RAY DIFFRACTION100
2.6718-2.94030.18431460.14154662X-RAY DIFFRACTION100
2.9403-3.36480.21511480.14544653X-RAY DIFFRACTION100
3.3648-4.23580.18661390.13444679X-RAY DIFFRACTION100
4.2358-24.61240.16281330.15924830X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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