PDB-4d00: Haemagglutinin of H10N8 Influenza Virus Isolated from Humans in C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d00

タイトル

Haemagglutinin of H10N8 Influenza Virus Isolated from Humans in Complex with Human Receptor Analogue 6'SLN

要素

(HAEMAGGLUTININ ...) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / H10N8 / INFLUENZA / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / AVIAN FLU / SIALYLLACTOSAMINE / LSTA

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA VIRUS A/JIANGXI- DONGHU/346/2013

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Xiong, X. / Haire, L.F. / Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Martin, S.R. / Zhang, Y. / McCauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Receptor Binding by H10 Influenza Viruses.
著者: Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Martin, S.R. / Haire, L.F. / Zhang, Y. / Mccauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

履歴

登録	2014年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d00.cif.gz	586.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d00.ent.gz	487.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cyvC 4cywC 4cyzC 4cz0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xqu-d 5th1-d 6ty1-1 4cz0-d 6twv-2 4n63-2 4xqo-d 6idb-1 4n61-2 6tvs-d 5y2m-1 6tjy-2 5t6s-1 4dj8-d 6d7u-d 4kon-1 4qy1-1 4lkg-1 5xl9-d 4qy1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HAEMAGGLUTININ HA1

B: HAEMAGGLUTININ HA1

C: HAEMAGGLUTININ HA1

D: HAEMAGGLUTININ HA1

E: HAEMAGGLUTININ HA1

F: HAEMAGGLUTININ HA1

ヘテロ分子

175 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.601, 183.169, 192.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質	HAEMAGGLUTININ HA1 分子量: 35682.258 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES -2-323 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS A/JIANGXI- DONGHU/346/2013 (H10N8) (インフルエンザウイルス) 解説: CHINA CDC / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q0A448*PLUS
#2: タンパク質	HAEMAGGLUTININ HA1 分子量: 20921.969 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 1-183 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS A/JIANGXI- DONGHU/346/2013 (H10N8) (インフルエンザウイルス) 解説: CHINA CDC / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P12581*PLUS

#1: タンパク質

HAEMAGGLUTININ HA1

分子量: 35682.258 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES -2-323 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

INFLUENZA VIRUS A/JIANGXI- DONGHU/346/2013 (H10N8) (インフルエンザウイルス)
解説: CHINA CDC / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q0A448*PLUS

#2: タンパク質

HAEMAGGLUTININ HA1

分子量: 20921.969 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 1-183 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

INFLUENZA VIRUS A/JIANGXI- DONGHU/346/2013 (H10N8) (インフルエンザウイルス)
解説: CHINA CDC / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12581*PLUS

-
糖 , 3種, 12分子

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 706分子

#6: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THE GLOBAL INITIATIVE ON SHARING ALL INFLUENZA DATA (GISAID)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD AND 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU R-AXIS IV
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 390165 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.21
反射シェル	解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→132.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 15.829 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23474	5013	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20852	-	-	-
obs	0.20978	98018	92.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→132.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11564	0	309	703	12576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	12136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	11117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.102	1.959	16461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3	25517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.421	5	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.954	24.643	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.037	15	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.429	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.784	2.005	5926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.784	2.005	5925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.408	3.004	7397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.285	2.289	6210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	377	-
R_work	0.308	6830	-
obs	-	-	88.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1611	0.2684	0.5116	0.4972	0.752	1.8822	-0.035	-0.0417	0.0153	-0.0245	-0.0445	0.0278	-0.1743	-0.1606	0.0795	0.047	0.0384	-0.0011	0.1849	-0.0295	0.0328	-13.4209	17.504	55.9462
2	0.3683	0.2577	0.2992	1.2205	-0.11	0.9313	0.0042	-0.1288	-0.0664	0.0391	-0.0856	-0.057	-0.1244	-0.0727	0.0813	0.1136	0.0067	-0.0288	0.1265	0.0071	0.048	4.7412	25.906	88.0078
3	0.1354	0.0244	0.1771	0.5722	1.2009	2.6505	-0.0567	-0.055	-0.0092	-0.0523	0.0017	0.0312	-0.1404	-0.0814	0.055	0.1153	0.0211	-0.0288	0.1796	-0.0361	0.0313	-15.1281	15.5396	47.5527
4	1.243	0.4672	1.1012	0.7378	0.704	2.1677	0.1012	-0.1319	0.1276	0.0075	-0.1925	0.0119	0.0718	-0.2411	0.0913	0.0378	-0.0004	-0.0063	0.1775	-0.0348	0.0346	-26.227	-0.2471	23.979
5	0.3302	0.1595	0.3491	0.0777	0.1658	0.6071	0.0058	0.0223	0.0157	-0.0009	0.0045	0.0129	-0.0201	-0.0053	-0.0103	0.1339	0.0015	-0.0095	0.1439	-0.04	0.0521	-5.5448	11.4002	41.688
6	1.3476	-0.267	0.3499	0.262	0.5231	1.9218	0.0342	-0.0828	0.0473	-0.0176	-0.0043	0.0132	0.0191	-0.1391	-0.0299	0.0975	-0.0461	-0.0317	0.1498	0.0036	0.0882	-31.9926	-14.1133	5.5579
7	0.4544	0.7114	0.7741	1.3497	1.4527	1.58	-0.0336	0.1332	-0.0554	-0.1299	0.1705	-0.1261	-0.1807	0.2218	-0.1369	0.158	-0.0852	0.0222	0.1352	-0.0049	0.016	15.0681	21.8595	32.5601
8	0.0638	-0.0535	-0.0952	0.4664	0.3926	1.0164	-0.0617	0.0497	0.0132	-0.0199	0.063	-0.0613	-0.1587	0.014	-0.0014	0.1433	-0.0507	-0.0318	0.0844	-0.0088	0.0646	21.051	40.1477	62.2405
9	0.6742	0.4997	0.6937	1.5581	2.2803	3.4185	-0.0147	0.0416	0.0538	-0.0292	0.0531	-0.0317	-0.0327	0.1866	-0.0384	0.0928	-0.038	0.0279	0.1804	-0.0046	0.0474	10.8428	9.3261	29.0968
10	0.1768	-0.1878	0.1835	0.5961	0.5649	2.2066	-0.0762	0.0329	0.0062	-0.0279	0.0301	-0.037	-0.1664	0.0291	0.0462	0.1168	-0.0223	0.0211	0.1396	0.0019	0.0487	-1.9076	3.3548	8.7281
11	0.3312	0.3884	0.7525	0.482	0.911	1.7477	0.0239	0.0282	-0.0136	0.0087	-0.0153	-0.0162	0.0346	-0.0026	-0.0086	0.0983	-0.0208	-0.0063	0.1508	-0.0309	0.0634	6.4449	8.9588	36.6889
12	0.8829	1.0301	0.2587	1.4095	-0.2426	1.5478	0.001	0.0678	0.0345	-0.0184	0.076	0.0722	-0.0254	0.0482	-0.077	0.1137	0.0134	-0.0143	0.1561	-0	0.0289	-16.1787	-8.7274	-7.0008
13	1.4053	0.6814	1.5131	0.3515	0.8111	2.0696	0.1715	-0.0905	-0.0659	0.123	-0.0438	-0.0615	0.3209	-0.0657	-0.1277	0.1571	0.0316	-0.0796	0.0437	0.0047	0.0641	10.7418	-9.3774	52.9813
14	0.4613	0.1196	0.4071	0.3484	0.1023	0.5462	0.0879	-0.0004	-0.0081	-0.0039	-0.0401	-0.0706	0.0348	0.0824	-0.0478	0.0828	0.0112	-0.022	0.137	0.0016	0.0579	29.8767	11.1787	74.5999
15	2.8421	1.9899	3.109	1.5497	2.0694	3.5449	0.1007	-0.1107	-0.0791	0.1727	-0.0573	-0.1099	0.1293	-0.1765	-0.0434	0.1735	-0.0325	-0.0259	0.0901	0.0163	0.033	-0.5367	-8.3064	45.6379
16	0.5778	1.0652	0.5376	2.2444	1.4815	1.5298	0.1472	0.0315	-0.0483	0.2211	0.0921	-0.1745	0.2211	0.1077	-0.2393	0.1813	0.0128	-0.0493	0.078	-0.0166	0.0466	-5.6641	-20.5391	24.7763
17	0.1532	0.1087	0.2532	0.2173	0.3099	0.5398	0.0524	-0.0257	-0.0237	0.0513	-0.016	-0.0124	0.0965	-0.0329	-0.0364	0.159	-0.0227	-0.0076	0.1383	-0.0021	0.0379	-4.8911	-10.9276	28.4799
18	12.6611	-8.3905	-0.6376	7.0169	3.6508	7.1896	0.7031	0.8405	-0.4381	-0.6157	-0.7014	0.2786	-0.3482	-0.3486	-0.0017	0.1814	0.0457	-0.0084	0.1049	-0.034	0.0539	-22.8429	-27.6556	-4.2948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	257 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	61 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	121 - 175
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	88 - 285
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	286 - 318
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	61 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	121 - 176
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	0 - 87
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	88 - 285
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	286 - 318
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	1 - 60
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	61 - 163
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	164 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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