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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4czy | ||||||
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タイトル | Complex of Neurospora crassa PAN2 (WD40-CS1) with PAN3 (pseudokinase and C-term) | ||||||
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![]() | GENE REGULATION / WD40 DOMAIN / PSEUDOKINASE / C-TERMINAL KNOB DOMAIN / DEADENYLATION / MRNA DECAY / PAN2-PAN3 COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() PAN complex / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / P-body / mRNA processing / nucleic acid binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jonas, S. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An Asymmetric Pan3 Dimer Recruits a Single Pan2 Exonuclease to Mediate Mrna Deadenylation and Decay. 著者: Jonas, S. / Christie, M. / Peter, D. / Bhandari, D. / Loh, B. / Huntzinger, E. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 300 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 237.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39520.059 Da / 分子数: 2 / 断片: WD40 DOMAIN AND CS1 REGION, RESIDUES 1-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49269.078 Da / 分子数: 2 / 断片: PSEUDOKINASE DOMAIN AND C-TERM, RESIDUES 234-656 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | 配列の詳細 | THE 3 N-TERMINAL RESIDUES OF CHAIN A AND C REMAIN FROM THE PURIFICATION TAG THE 6 N-TERMINAL ...THE 3 N-TERMINAL RESIDUES OF CHAIN A AND C REMAIN FROM THE PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 7% PEG 4000, 13% GLYCEROL, 0.1M MES/IMIDAZOLE (PH 6.5), 30MM SODIUM NITRATE, 30MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 30MM AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月16日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97859 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.39→48.74 Å / Num. obs: 33318 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 106.8 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.39→3.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.89 / % possible all: 94.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 4BWX AND 4CZX 解像度: 3.4→48.74 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: NCS TORSION RESTRAINTS WERE USED THAT RESTRAIN CHAIN A TO C AND CHAIN B TO D. PDB 4CZX CHAIN A WAS USED AS A REFERENCE MODEL FOR CHAINS A AND C. DENSITY FOR THE PAN2 CS1 RESIDUES 322-351 ...詳細: NCS TORSION RESTRAINTS WERE USED THAT RESTRAIN CHAIN A TO C AND CHAIN B TO D. PDB 4CZX CHAIN A WAS USED AS A REFERENCE MODEL FOR CHAINS A AND C. DENSITY FOR THE PAN2 CS1 RESIDUES 322-351 CHAINS A,C COULD NOT BE MODELLED. THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISORDERED, CHAIN B 369-374, 561-563, 646-656, CHAIN D 370-375, 558-560, 646- -656. THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB, CHAIN A 4, 161, 316, 318, 321, CHAIN B 234, 375, 557, 564, CHAIN C 316, 318, 321, CHAIN D 308, 376, 557, 561, 563, 564.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 140.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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