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- PDB-4bwx: Structure of Neurospora crassa PAN3 pseudokinase mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwx
タイトルStructure of Neurospora crassa PAN3 pseudokinase mutant
要素PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN-3
キーワードGENE REGULATION / DEADENYLASE / PAN2 / MIRNA / MRNA DECAY
機能・相同性
機能・相同性情報


PAN complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / P-body / mRNA processing / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5160 / Helix Hairpins - #3700 / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 C-terminal knob domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5160 / Helix Hairpins - #3700 / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 C-terminal knob domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit pan3
類似検索 - 構成要素
生物種NEUROSPORA CRASSA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Christie, M. / Boland, A. / Huntzinger, E. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of the Pan3 Pseudokinase Reveals the Basis for Interactions with the Pan2 Deadenylase and the Gw182 Proteins
著者: Christie, M. / Boland, A. / Huntzinger, E. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN-3
B: PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8566
ポリマ－98,7612
非ポリマー1,0954
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-74.7 kcal/mol
Surface area37460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.312, 90.312, 230.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.993, 0.085, 0.081), (0.113, 0.866, 0.487), (-0.029, 0.493, -0.87)
ベクター: -67.59572, 2.26756, 14.07221)

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要素

#1: タンパク質 PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN-3 / PAB1P-DEPENDENT POLY(A)-NUCLEASE / PAB-DEPENDENT POLYA-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN-3


分子量: 49380.316 Da / 分子数: 2
断片: PSEUDOKINASE DOMAIN, COILED COIL, CTERMINAL KNOB DOMAIN, RESIDUES 234-656
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEUROSPORA CRASSA (菌類) / プラスミド: PNEA-NPM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SDP4
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 15% PEG MONOMETHYL ETHER 5000 MME, 0.1 M POTASSIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.41 Å / Num. obs: 24793 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 65.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BWK

4bwk


解像度: 2.85→45.156 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 1257 5.1 %
Rwork0.211 --
obs0.2126 24707 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6460 0 64 0 6524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4019041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2092464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1451002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.96410.31041470.29332584X-RAY DIFFRACTION99
2.9641-3.0990.35931530.28572589X-RAY DIFFRACTION99
3.099-3.26230.30971340.26262590X-RAY DIFFRACTION100
3.2623-3.46670.33881190.23492632X-RAY DIFFRACTION100
3.4667-3.73420.23311380.2092607X-RAY DIFFRACTION100
3.7342-4.10980.23661330.19682615X-RAY DIFFRACTION100
4.1098-4.70390.21541540.18842580X-RAY DIFFRACTION100
4.7039-5.92440.231450.19722614X-RAY DIFFRACTION100
5.9244-45.16160.20061340.19612639X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68370.4565-0.41091.08020.44641.0465-0.0655-0.118-0.04740.0006-0.13360.09850.22220.3715-0.02950.2836-0.01790.05270.38070.05980.387-24.844130.83026.4487
20.2130.11-0.28041.4744-0.11010.1850.0335-0.1048-0.07780.1824-0.0902-0.00450.0180.1257-00.5838-0.02250.05770.34180.02820.4118-40.188328.927924.2848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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