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- PDB-4czg: C. crescentus MreB, single filament, ADP, A22 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4czg
タイトルC. crescentus MreB, single filament, ADP, A22 inhibitor
要素ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL ACTIN / BACTERIAL CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis / regulation of cell shape / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell shape determining protein MreB / MreB/Mbl protein / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 3,4-dichlorobenzyl carbamimidothioate / Cell shape-determining protein MreB / Cell shape-determining protein MreB
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lowe, J. / van den Ent, F.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Bacterial Actin Mreb Forms Antiparallel Double Filaments.
著者: Van Den Ent, F. / Izore, T. / Bharat, T.A. / Johnson, C.M. / Lowe, J.
履歴
登録2014年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5524
ポリマ－36,8651
非ポリマー6873
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.674, 73.678, 54.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB


分子量: 36865.496 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 9-347 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: M-I9-CCMREB(F102S, V103G)-A347-GSHHHHHH
由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: B8H609, UniProt: A0A0H3C7V4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-QH3 / 3,4-dichlorobenzyl carbamimidothioate / A-22


分子量: 235.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8Cl2N2S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細A22, S-(3,4-DICHLOROBENZYL)ISOTHIOUREA HYDROCHLORIDE (A2S): SML0471 SIGMA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 52173 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JCE

1jce


解像度: 1.5→20.397 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 5297 5 %
Rwork0.1638 --
obs0.1666 106001 86.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.873 Å2 / ksol: 0.459 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5757 Å20 Å20.6529 Å2
2--2.5786 Å20 Å2
3---0.9971 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2370 0 41 434 2845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3853300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.002924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.3221450.28072756X-RAY DIFFRACTION71
1.517-1.53490.34691460.27252831X-RAY DIFFRACTION72
1.5349-1.55360.32511550.24342924X-RAY DIFFRACTION76
1.5536-1.57330.28261460.22613039X-RAY DIFFRACTION77
1.5733-1.59390.29041600.21993063X-RAY DIFFRACTION79
1.5939-1.61580.3441480.19863071X-RAY DIFFRACTION80
1.6158-1.63880.23561700.19083228X-RAY DIFFRACTION81
1.6388-1.66330.26851710.19313157X-RAY DIFFRACTION84
1.6633-1.68930.27422000.17983300X-RAY DIFFRACTION84
1.6893-1.7170.27681850.17373218X-RAY DIFFRACTION86
1.717-1.74650.26211930.16953351X-RAY DIFFRACTION85
1.7465-1.77830.26531560.16873376X-RAY DIFFRACTION88
1.7783-1.81250.25271600.17433420X-RAY DIFFRACTION87
1.8125-1.84940.24661870.19873407X-RAY DIFFRACTION89
1.8494-1.88960.37711530.23523164X-RAY DIFFRACTION81
1.8896-1.93360.28841720.20723462X-RAY DIFFRACTION88
1.9336-1.98190.23391550.16953502X-RAY DIFFRACTION90
1.9819-2.03540.19022090.14323553X-RAY DIFFRACTION91
2.0354-2.09520.18911920.14843593X-RAY DIFFRACTION92
2.0952-2.16280.18062000.1533573X-RAY DIFFRACTION93
2.1628-2.240.22641440.16643559X-RAY DIFFRACTION91
2.24-2.32960.26722070.16243489X-RAY DIFFRACTION91
2.3296-2.43540.20952070.13733674X-RAY DIFFRACTION94
2.4354-2.56360.19261610.143721X-RAY DIFFRACTION95
2.5636-2.72390.18442120.13953699X-RAY DIFFRACTION96
2.7239-2.93360.18162040.13553719X-RAY DIFFRACTION96
2.9336-3.22780.19042030.14073735X-RAY DIFFRACTION96
3.2278-3.69250.20162120.16093666X-RAY DIFFRACTION95
3.6925-4.64310.19621880.15133450X-RAY DIFFRACTION89
4.6431-20.39870.21461560.20013004X-RAY DIFFRACTION77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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