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万見
- PDB-4cyu: Staphylococcus aureus 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin- pyrophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cyu
タイトルStaphylococcus aureus 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin- pyrophosphokinase in complex with AMPCPP
要素(7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN- ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / S.AUREUS / FOLATE / STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN
機能・相同性7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / :
機能・相同性情報
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dennis, M.L. / Swarbrick, J.D. / Peat, T.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-Based Design and Development of Functionalized Mercaptoguanine Derivatives as Inhibitors of the Folate Biosynthesis Pathway Enzyme 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin ...タイトル: Structure-Based Design and Development of Functionalized Mercaptoguanine Derivatives as Inhibitors of the Folate Biosynthesis Pathway Enzyme 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase from Staphylococcus Aureus.
著者: Dennis, M.L. / Chhabra, S. / Wang, Z. / Debono, A. / Dolezal, O. / Newman, J. / Pitcher, N.P. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Barlow, N. / Hattarki, M. / Graham, B. / Peat, T.S. / Baell, J.B. / Swarbrick, J.D.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
B: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
C: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
D: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,67518
ポリマ－73,2154
非ポリマー2,46014
水23413
1
A: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9795
ポリマ－18,3031
非ポリマー6764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9805
ポリマ－18,3041
非ポリマー6764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8584
ポリマ－18,3041
非ポリマー5543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8584
ポリマ－18,3041
非ポリマー5543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.002, 94.263, 62.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN- ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE / HPPK


分子量: 18303.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C8MLE4, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: タンパク質 7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE / HPPK


分子量: 18304.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C8MLE4, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase

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非ポリマー , 4種, 27分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細HEXAHISTIDINE-TAG WITH THROMBIN CLEAVAGE AT THE N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 % / 解説: NONE
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PROTEIN 6.9 MG/ML 1 MM AMPCPP, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE 0.119 M, PEG8000 12.6% W/V, TRIS CHLORIDE 0.12 M, SITTING DROP, 281 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.008
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.53 Å / Num. obs: 18506 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AD6

4ad6


解像度: 2.7→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY RESIDUES OF LOOP 2 ARE NOT MODELLED IN CHAINS A (RESIDUES 45-48) AND B (RESIDUES 46-48) DUE TO POOR DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24223 838 4.5 %RANDOM
Rwork0.19217 ---
obs0.19433 17651 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å22.65 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4999 0 148 13 5160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4932.047224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.437311796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3045619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79124.807233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63515943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6551536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 55 -
Rwork0.319 1303 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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