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- PDB-4cxq: Mycobaterium tuberculosis transaminase BioA complexed with substr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cxq
タイトルMycobaterium tuberculosis transaminase BioA complexed with substrate KAPA
要素ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / TRANSAMINASE / TUBERCULOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dai, R. / Wilson, D.J. / Geders, T.W. / Aldrich, C.C. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Inhibition of Mycobacterium Tuberculosis Transaminase Bioa by Aryl Hydrazines and Hydrazides.
著者: Dai, R. / Wilson, D.J. / Geders, T.W. / Aldrich, C.C. / Finzel, B.C.
履歴
登録2014年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2014年4月23日ID: 4MQN
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
B: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,34011
ポリマ－97,0732
非ポリマー1,2679
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13110 Å2
ΔGint-72.7 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.553, 66.149, 205.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE / 7 / 8-DIAMINO-PELARGONIC ACID AMINOTRANSFERASE / DAPA AT / DAPA AMINOTRANSFERASE / 7 / 8- ...7 / 8-DIAMINO-PELARGONIC ACID AMINOTRANSFERASE / DAPA AT / DAPA AMINOTRANSFERASE / 7 / 8-DIAMINONONANOATE SYNTHASE / DANS / DIAMINOPEL ARGONIC ACID SYNTHASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS BIOA


分子量: 48536.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P0A4X6, UniProt: P9WQ81*PLUS, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase

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非ポリマー , 5種, 535分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-KAP / 7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID / (S)-7-オキソ-8-アミノノナン酸


分子量: 187.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP PROTEIN: 25 MM HEPES, 50 MM NACL, 0.1 MM TCEP RESERVOIR:10% PEG 8000, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES CRYO: 15% PEG 400 IN RESERVOIR SOLUTION, VAPOR ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP PROTEIN: 25 MM HEPES, 50 MM NACL, 0.1 MM TCEP RESERVOIR:10% PEG 8000, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES CRYO: 15% PEG 400 IN RESERVOIR SOLUTION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→98.9 Å / Num. obs: 79062 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.81 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TFT

3tft


解像度: 1.8→40.55 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 3956 5 %
Rwork0.1549 --
obs0.1569 79008 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6379 0 82 526 6987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1049362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3442433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8220.25711280.18992644X-RAY DIFFRACTION98
1.822-1.8450.2461340.1892625X-RAY DIFFRACTION98
1.845-1.86930.22011360.17832609X-RAY DIFFRACTION98
1.8693-1.89490.22831410.17432678X-RAY DIFFRACTION98
1.8949-1.9220.20231360.17052574X-RAY DIFFRACTION98
1.922-1.95070.25251130.16652702X-RAY DIFFRACTION98
1.9507-1.98110.22561720.1692587X-RAY DIFFRACTION98
1.9811-2.01360.21831370.16582655X-RAY DIFFRACTION99
2.0136-2.04830.21351460.16522600X-RAY DIFFRACTION99
2.0483-2.08560.23861250.16872690X-RAY DIFFRACTION99
2.0856-2.12570.21931460.1682624X-RAY DIFFRACTION99
2.1257-2.16910.20381400.16442677X-RAY DIFFRACTION99
2.1691-2.21620.21881430.1592661X-RAY DIFFRACTION99
2.2162-2.26780.18821490.15722633X-RAY DIFFRACTION99
2.2678-2.32450.19391520.15282662X-RAY DIFFRACTION99
2.3245-2.38730.2081500.15792649X-RAY DIFFRACTION99
2.3873-2.45760.221270.15942683X-RAY DIFFRACTION99
2.4576-2.53690.20651420.16592688X-RAY DIFFRACTION99
2.5369-2.62750.2231380.16632687X-RAY DIFFRACTION99
2.6275-2.73270.20471560.16022672X-RAY DIFFRACTION99
2.7327-2.85710.19431520.16712674X-RAY DIFFRACTION99
2.8571-3.00770.18981380.16152720X-RAY DIFFRACTION99
3.0077-3.1960.20311420.16512686X-RAY DIFFRACTION100
3.196-3.44270.18631230.15892755X-RAY DIFFRACTION99
3.4427-3.78890.18831530.14862733X-RAY DIFFRACTION100
3.7889-4.33660.1591500.12472745X-RAY DIFFRACTION99
4.3366-5.46160.161370.12112802X-RAY DIFFRACTION100
5.4616-40.55990.1581500.15082937X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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