PDB-2bwp: 5-Aminolevulinate Synthase from Rhodobacter capsulatus in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bwp

タイトル

5-Aminolevulinate Synthase from Rhodobacter capsulatus in complex with glycine

要素

5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / TETRAPYRROLE BIOSYNTHESIS / HEME BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL PHOSPHATE DEPENDENT / ACYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Astner, I. / Schulze, J.O. / Van Den Heuvel, J.J. / Jahn, D. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of 5-Aminolevulinate Synthase, the First Enzyme of Heme Biosynthesis, and its Link to Xlsa in Humans.
著者: Astner, I. / Schulze, J.O. / Van Den Heuvel, J.J. / Jahn, D. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W.

履歴

登録	2005年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2bwp.ent.gz	251.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/2bwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/2bwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	2bwo-1 4mqp-d 4xjp-d 2bwo-2 4xjo-d 2bwn-1 1s0a-d 4xew-d 3tfu-d 4wye-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

B: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

D: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

E: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

B: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

E: 5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.998, 92.016, 248.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 18
2	1	1	4	B	3 - 18
3	1	1	4	D	3 - 18
4	1	1	4	E	3 - 18
1	2	1	2	A	19 - 87
2	2	1	2	B	19 - 87
3	2	1	2	D	19 - 87
4	2	1	2	E	19 - 87
1	3	1	4	A	88 - 103
2	3	1	4	B	88 - 103
3	3	1	4	D	88 - 103
4	3	1	4	E	88 - 103
1	4	1	2	A	104 - 258
2	4	1	2	B	104 - 258
3	4	1	2	D	104 - 258
4	4	1	2	E	104 - 258
1	5	1	4	A	259 - 273
2	5	1	4	B	259 - 273
3	5	1	4	D	259 - 273
4	5	1	4	E	259 - 273
1	6	1	2	A	274 - 315
2	6	1	2	B	274 - 315
3	6	1	2	D	274 - 315
4	6	1	2	E	274 - 315
1	7	1	2	A	316 - 327
2	7	1	2	B	316 - 327
3	7	1	2	D	316 - 327
4	7	1	2	E	316 - 327
1	8	1	2	A	328 - 380
2	8	1	2	B	328 - 380
3	8	1	2	D	328 - 380
4	8	1	2	E	328 - 380
1	9	1	4	A	381 - 399
2	9	1	4	B	381 - 399
3	9	1	4	D	381 - 399
4	9	1	4	E	381 - 399
1	1	2	4	B	3 - 18
2	1	2	4	A	3 - 18
3	1	2	4	D	3 - 18
4	1	2	4	E	3 - 18
1	2	2	2	B	19 - 87
2	2	2	2	A	19 - 87
3	2	2	2	D	19 - 87
4	2	2	2	E	19 - 87
1	3	2	4	B	88 - 103
2	3	2	4	A	88 - 103
3	3	2	4	D	88 - 103
4	3	2	4	E	88 - 103
1	4	2	2	B	104 - 258
2	4	2	2	A	104 - 258
3	4	2	2	D	104 - 258
4	4	2	2	E	104 - 258
1	5	2	4	B	259 - 273
2	5	2	4	A	259 - 273
3	5	2	4	D	259 - 273
4	5	2	4	E	259 - 273
1	6	2	2	B	274 - 315
2	6	2	2	A	274 - 315
3	6	2	2	D	274 - 315
4	6	2	2	E	274 - 315
1	7	2	2	B	316 - 327
2	7	2	2	A	316 - 327
3	7	2	2	D	316 - 327
4	7	2	2	E	316 - 327
1	8	2	2	B	328 - 343
2	8	2	2	A	328 - 343
3	8	2	2	D	328 - 343
4	8	2	2	E	328 - 343
1	9	2	2	B	357 - 380
2	9	2	2	A	357 - 380
3	9	2	2	D	357 - 380
4	9	2	2	E	357 - 380
1	10	2	4	B	381 - 399
2	10	2	4	A	381 - 399
3	10	2	4	D	381 - 399
4	10	2	4	E	381 - 399
1	1	3	4	D	3 - 18
2	1	3	4	A	3 - 18
3	1	3	4	B	3 - 18
4	1	3	4	E	3 - 18
1	2	3	2	D	19 - 87
2	2	3	2	A	19 - 87
3	2	3	2	B	19 - 87
4	2	3	2	E	19 - 87
1	3	3	4	D	88 - 103
2	3	3	4	A	88 - 103
3	3	3	4	B	88 - 103
4	3	3	4	E	88 - 103
1	4	3	2	D	104 - 258
2	4	3	2	A	104 - 258
3	4	3	2	B	104 - 258
4	4	3	2	E	104 - 258
1	5	3	4	D	259 - 273
2	5	3	4	A	259 - 273
3	5	3	4	B	259 - 273
4	5	3	4	E	259 - 273
1	6	3	2	D	274 - 315
2	6	3	2	A	274 - 315
3	6	3	2	B	274 - 315
4	6	3	2	E	274 - 315
1	7	3	2	D	316 - 327
2	7	3	2	A	316 - 327
3	7	3	2	B	316 - 327
4	7	3	2	E	316 - 327
1	8	3	2	D	328 - 380
2	8	3	2	A	328 - 380
3	8	3	2	B	328 - 380
4	8	3	2	E	328 - 380
1	9	3	4	D	381 - 399
2	9	3	4	A	381 - 399
3	9	3	4	B	381 - 399
4	9	3	4	E	381 - 399
1	1	4	4	E	3 - 18
2	1	4	4	A	3 - 18
3	1	4	4	B	3 - 18
4	1	4	4	D	3 - 18
1	2	4	2	E	19 - 87
2	2	4	2	A	19 - 87
3	2	4	2	B	19 - 87
4	2	4	2	D	19 - 87
1	3	4	4	E	88 - 103
2	3	4	4	A	88 - 103
3	3	4	4	B	88 - 103
4	3	4	4	D	88 - 103
1	4	4	2	E	104 - 258
2	4	4	2	A	104 - 258
3	4	4	2	B	104 - 258
4	4	4	2	D	104 - 258
1	5	4	4	E	259 - 273
2	5	4	4	A	259 - 273
3	5	4	4	B	259 - 273
4	5	4	4	D	259 - 273
1	6	4	2	E	274 - 315
2	6	4	2	A	274 - 315
3	6	4	2	B	274 - 315
4	6	4	2	D	274 - 315
1	7	4	2	E	316 - 327
2	7	4	2	A	316 - 327
3	7	4	2	B	316 - 327
4	7	4	2	D	316 - 327
1	8	4	2	E	328 - 380
2	8	4	2	A	328 - 380
3	8	4	2	B	328 - 380
4	8	4	2	D	328 - 380
1	9	4	4	E	381 - 399
2	9	4	4	A	381 - 399
3	9	4	4	B	381 - 399
4	9	4	4	D	381 - 399

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	5-AMINOLEVULINATE SYNTHASE / 5-AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE / DELTA- AMINOLEVULINATE SYNTHASE / DELTA-ALA SYNTHETASE 分子量: 43673.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア) 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) DSM 1710 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P18079, 5-aminolevulinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 306.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₇P
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	DIFFERENT STRAINS OF RHODOBACTER CAPSULATUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化	pH: 7.5 詳細: 100 MM HEPES PH 7.5, 200 MM NA ACETATE, 8% (V/V) ISOPROPANOL, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 42365 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 23.864 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	2057	4.9 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.169	40192	96.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12173	0	92	118	12383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	12540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.963	16991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.45	5	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.287	23.291	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.688	15	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.377	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	8567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.252	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.995	2	8101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.046	3	12605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.617	2	5017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.766	3	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1324	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	1324	tight positional	0.02	0.05
1	3	D	1324	tight positional	0.02	0.05
1	4	E	1324	tight positional	0.02	0.05
2	1	B	1272	tight positional	0.02	0.05
2	2	A	1272	tight positional	0.02	0.05
2	3	D	1272	tight positional	0.02	0.05
2	4	E	1272	tight positional	0.02	0.05
3	1	D	1324	tight positional	0.02	0.05
3	2	A	1324	tight positional	0.02	0.05
3	3	B	1324	tight positional	0.02	0.05
3	4	E	1324	tight positional	0.02	0.05
4	1	E	1324	tight positional	0.02	0.05
4	2	A	1324	tight positional	0.02	0.05
4	3	B	1324	tight positional	0.02	0.05
4	4	D	1324	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1689	medium positional	0.44	0.5
1	2	B	1689	medium positional	0.36	0.5
1	3	D	1689	medium positional	0.39	0.5
1	4	E	1689	medium positional	0.42	0.5
2	1	B	1645	medium positional	0.36	0.5
2	2	A	1645	medium positional	0.44	0.5
2	3	D	1645	medium positional	0.39	0.5
2	4	E	1645	medium positional	0.42	0.5
3	1	D	1689	medium positional	0.39	0.5
3	2	A	1689	medium positional	0.44	0.5
3	3	B	1689	medium positional	0.36	0.5
3	4	E	1689	medium positional	0.42	0.5
4	1	E	1689	medium positional	0.42	0.5
4	2	A	1689	medium positional	0.44	0.5
4	3	B	1689	medium positional	0.36	0.5
4	4	D	1689	medium positional	0.39	0.5
1	1	A	1324	tight thermal	0.03	0.5
1	2	B	1324	tight thermal	0.03	0.5
1	3	D	1324	tight thermal	0.03	0.5
1	4	E	1324	tight thermal	0.03	0.5
2	1	B	1272	tight thermal	0.03	0.5
2	2	A	1272	tight thermal	0.03	0.5
2	3	D	1272	tight thermal	0.03	0.5
2	4	E	1272	tight thermal	0.03	0.5
3	1	D	1324	tight thermal	0.03	0.5
3	2	A	1324	tight thermal	0.03	0.5
3	3	B	1324	tight thermal	0.03	0.5
3	4	E	1324	tight thermal	0.03	0.5
4	1	E	1324	tight thermal	0.03	0.5
4	2	A	1324	tight thermal	0.03	0.5
4	3	B	1324	tight thermal	0.03	0.5
4	4	D	1324	tight thermal	0.03	0.5
1	1	A	1689	medium thermal	0.38	2
1	2	B	1689	medium thermal	0.37	2
1	3	D	1689	medium thermal	0.42	2
1	4	E	1689	medium thermal	0.4	2
2	1	B	1645	medium thermal	0.38	2
2	2	A	1645	medium thermal	0.38	2
2	3	D	1645	medium thermal	0.42	2
2	4	E	1645	medium thermal	0.39	2
3	1	D	1689	medium thermal	0.42	2
3	2	A	1689	medium thermal	0.38	2
3	3	B	1689	medium thermal	0.37	2
3	4	E	1689	medium thermal	0.4	2
4	1	E	1689	medium thermal	0.4	2
4	2	A	1689	medium thermal	0.38	2
4	3	B	1689	medium thermal	0.37	2
4	4	D	1689	medium thermal	0.42	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	141	-
R_work	0.272	2830	-
obs	-	-	93.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4507	-0.2341	-0.1002	2.9299	-1.2543	4.4832	0.0286	0.1107	-0.0504	-0.0012	0.1403	-0.1927	0.2252	0.6809	-0.1689	-0.1051	0.0726	0.0137	0.3381	-0.0519	-0.0761	42.493	3.44	17.38
2	1.1599	0.4773	-0.6643	1.7578	0.9609	3.3858	0.0846	0.3798	0.2249	-0.1598	-0.0763	0.3303	-0.3937	-0.78	-0.0083	0.019	0.128	-0.0044	0.5093	0.1455	0.0625	15.686	11.338	10.376
3	2.3727	-1.0154	-0.1745	2.0671	1.1776	3.1884	0.0707	0.363	-0.0663	-0.3658	0.2438	-0.1121	0.105	0.3733	-0.3145	-0.0005	-0.0277	0.0176	0.4489	0.0086	-0.085	38.061	2.209	-0.659
4	2.7501	1.9301	0.734	2.7896	2.0106	3.9075	0.3058	0.154	0.5302	-0.2968	-0.2067	0.5825	-1.0598	-1.1757	-0.0992	0.4324	0.4029	0.169	0.6265	0.2409	0.2808	9.529	28.365	24.022
5	1.1776	0.0319	-1.0909	2.1854	-0.031	3.812	0.0768	-0.0573	0.1219	0.4787	0.1368	0.0586	-0.1087	0.1797	-0.2136	0.0878	0.0398	0.039	0.2417	0.0307	-0.0261	29.7	10.856	34.476
6	2.6292	-1.6656	-0.2541	4.1085	-0.2276	3.8763	0.3432	-0.1445	0.543	0.5227	0.0662	0.4647	-1.2094	-0.6085	-0.4095	0.7194	0.1849	0.3284	0.2756	0.0397	0.1009	16.504	32.612	41.133
7	2.8442	1.5015	-2.7725	3.1059	-0.6479	4.4564	0.1309	0.0301	-0.2908	0.8719	0.0592	-0.5507	0.4528	0.4218	-0.1901	0.1996	0.1	-0.1615	0.2782	-0.0699	-0.0574	10.648	-31.873	51.45
8	0.4522	0.3261	0.6554	2.5898	0.7473	2.3978	-0.1119	0.0479	0.0744	0.2696	-0.0937	0.3389	-0.3494	-0.1742	0.2056	0.1064	0.0774	0.0508	0.2784	-0.0303	-0.0261	-9.628	-12.496	45.065
9	2.1008	-0.1914	-0.4689	2.1201	0.792	2.8104	-0.0702	-0.3239	0.0475	1.3334	0.0883	-0.1938	0.3682	0.3139	-0.0181	0.6672	0.0824	-0.0988	0.2199	0.003	-0.1092	4.087	-21.643	65.702
10	1.014	-0.5179	0.3031	2.4281	-0.0322	2.2581	-0.0448	0.1906	-0.0271	-0.2583	-0.2467	0.2345	-0.2768	-0.483	0.2914	-0.0613	0.1315	-0.0466	0.4199	-0.0504	0.0266	-22.705	-20.644	28.58
11	0.9234	0.0397	0.1719	2.0749	0.693	2.0655	0.1087	0.2965	0.0211	0.016	0.0241	-0.0806	0.1008	0.3168	-0.1328	-0.0051	0.1045	0.007	0.3999	-0.0238	-0.0567	4.128	-31.089	29.692
12	3.1437	-0.3226	0.6992	0.6292	0.4359	2.2128	0.2752	0.5756	0.1621	-0.2246	-0.3611	0.3738	0.0058	-0.1621	0.0859	0.0437	0.1433	-0.0206	0.4938	-0.104	0.0297	-18.177	-33.692	15.746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 296
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	297 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	53 - 296
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	297 - 396
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	53 - 296
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	297 - 398
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 52
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	53 - 296
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	297 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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