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- PDB-4cvx: COMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 9MER CHICKEN P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cvx
タイトルCOMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 9MER CHICKEN PEPTIDE
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
  • SELF-PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / intracellular protein transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I alpha chain 2 / Beta-2-microglobulin / Vacuolar protein sorting 45 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chappell, P.E. / Roversi, P. / Harrison, M.C. / Mears, L.E. / Kaufman, J.F. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Expression levels of MHC class I molecules are inversely correlated with promiscuity of peptide binding.
著者: Chappell, P. / Meziane, e.l..K. / Harrison, M. / Magiera, L. / Hermann, C. / Mears, L. / Wrobel, A.G. / Durant, C. / Nielsen, L.L. / Buus, S. / Ternette, N. / Mwangi, W. / Butter, C. / Nair, ...著者: Chappell, P. / Meziane, e.l..K. / Harrison, M. / Magiera, L. / Hermann, C. / Mears, L. / Wrobel, A.G. / Durant, C. / Nielsen, L.L. / Buus, S. / Ternette, N. / Mwangi, W. / Butter, C. / Nair, V. / Ahyee, T. / Duggleby, R. / Madrigal, A. / Roversi, P. / Lea, S.M. / Kaufman, J.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: SELF-PEPTIDE
D: MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: SELF-PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8976
ポリマ－94,8976
非ポリマー00
水1448
1
D: MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: SELF-PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4493
ポリマ－47,4493
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
2
A: MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: SELF-PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4493
ポリマ－47,4493
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-25.1 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.850, 173.850, 87.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROAA1 - 2721 - 272
21GLUGLUPROPRODD1 - 2721 - 272
12LEULEUGLUGLUBB2 - 972 - 97
22LEULEUGLUGLUEE2 - 972 - 97

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.60889, -0.79323, 0.00685), (-0.79324, -0.60891, -0.00084), (0.00484, -0.00492, -0.99998)-0.279, -0.63289, 33.15112
2given(0.60869, -0.79333, 0.01137), (-0.79339, -0.60871, 0.00208), (0.00528, -0.01029, -0.99993)-0.40067, -0.78775, 32.8933

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2 / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLO TYPE B2


分子量: 35349.094 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 22-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 解説: B2 HAPLOTYPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS ROSETTA CELLS / 参照: UniProt: O46789
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 22-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS ROSETTA CELLS / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド SELF-PEPTIDE


分子量: 1037.166 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 314-322 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 9-MER PEPTIDE / 由来: (合成) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZJG4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1M MMT BUFFER, PH 7.0, 25% W/V PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.615
11K, H, -L20.385
反射解像度: 3.3→75.66 Å / Num. obs: 22882 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSTHROUGH XIA2データ削減
AimlessTHROUGH XIA2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YF6

2yf6
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.3→75.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 24.155 / SU ML: 0.389 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26168 1150 5 %RANDOM
Rwork0.23681 ---
obs0.23804 21707 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.13 Å20 Å20 Å2
2--30.13 Å20 Å2
3----60.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→75.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6052 0 0 8 6060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0196242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7591.9388498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6993.00212916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7595748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.96223.418316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70215954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3381546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2177.7983010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2177.7983009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.41611.6973752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.0697.7723232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A148570.08
12D148570.08
21B51860.06
22E51860.06
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 92 -
Rwork0.44 1582 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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