PDB-4cv2: Crystal structure of E. coli FabI in complex with NADH and CG400549

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cv2

タイトル

Crystal structure of E. coli FabI in complex with NADH and CG400549

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / ECFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / biotin biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tareilus, M. / Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Rational Design of Broad Spectrum Antibacterial Activity Based on a Clinically Relevant Enoyl-Acyl Carrier Protein (Acp) Reductase Inhibitor.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Lu, Y. / Liu, L. / Pan, P. / Hirschbeck, M.W. / Tareilus, M. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Cummings, J.E. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Walker, S.G. ...

履歴

登録	2014年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cv2.cif.gz	199.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cv2.ent.gz	161 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cv2_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cv2_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4cv2_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	4cv2_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/4cv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/4cv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bkuC 4cuzC 4cv0C 4cv1C 4cv3C 1qsgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cg2-1 4cv3-1 4d46-1 4i5g-1 5ifl-4 2p91-d 2ehd-2 4nqz-3 3tfo-d 4m87-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.108, 80.108, 320.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2202- HOH
2	1	B-2137- HOH

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 28964.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C6EFU4, UniProt: A0A140NA83*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-PT6 / 1-(3-amino-2-methylbenzyl)-4-[2-(thiophen-2-yl)ethoxy]pyridin-2(1H)-one 分子量: 340.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₂O₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 10.5 / 詳細: 0.2 M NH4AC, 0.1 M CAPS PH 10.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.1 Å / Num. obs: 56987 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QSG

1qsg

解像度: 1.8→69.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.391 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DUE TO VERY WEAK ELECTRON DENSITY, THE LOOP REGION 193-210 WAS NOT MODELED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20704	2892	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17472	-	-	-
obs	0.17639	53952	98.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0.17 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→69.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3515	0	136	355	4006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.601	1.963	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.207	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.789	24.183	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.845	15	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.895	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.35	1.5	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.975	2	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.318	3	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.868	4.5	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	222	-
R_work	0.244	3785	-
obs	-	-	96.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7039	-0.0522	0.3627	0.2098	0.008	0.2693	0.0176	-0.0102	0.0276	0.0182	0.0372	-0.0631	0.009	0.1044	-0.0549	0.017	0.0085	-0.0082	0.1539	-0.0941	0.0656	-18.4283	30.0034	-13.8542
2	0.6244	-0.077	-0.0698	0.5763	0.1805	0.3489	0.0005	-0.0047	0.0375	-0.0156	0.0217	0.0045	0.0222	0.0485	-0.0222	0.0206	0.0351	-0.0223	0.1065	-0.0577	0.035	-31.9047	29.2701	-20.7184
3	14.7793	6.1301	1.4564	4.6662	1.1625	1.3596	0.1418	-1.0653	-0.165	0.1874	-0.2885	0.0556	0.1968	-0.0817	0.1466	0.102	0.0437	-0.0263	0.1508	-0.0152	0.0599	-33.2832	10.0548	-12.4414
4	0.7029	-0.4994	-0.1371	0.6853	0.3553	0.902	0.0492	0.048	-0.0688	0.0469	0.0003	0.0047	0.0495	0.0237	-0.0495	0.0428	0.0504	-0.0392	0.1154	-0.0706	0.0489	-30.0477	17.3804	-22.9308
5	1.5265	-0.0948	0.361	1.2459	0.4514	1.4766	-0.0746	-0.0578	0.2913	-0.1281	-0.1486	0.112	-0.2902	-0.2017	0.2232	0.0965	0.0942	-0.0878	0.1044	-0.0936	0.1227	-55.7896	54.1638	-17.0373
6	0.8435	-0.2373	-0.0719	0.4332	0.2979	0.3073	0.002	-0.0026	0.113	-0.0778	-0.0418	0.007	-0.0922	-0.0439	0.0398	0.0418	0.033	-0.0251	0.0764	-0.0496	0.0495	-42.1222	41.5832	-19.4867
7	1.7259	-0.1504	0.0705	1.2592	1.2161	1.3616	-0.0003	0.0914	0.1425	-0.2381	-0.051	0.0128	-0.1906	-0.0534	0.0513	0.0867	0.047	-0.0404	0.0689	-0.054	0.0715	-53.1698	36.7853	-32.1356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	148 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	212 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	224 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	88 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	211 - 257

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関連情報:EMDBヘッダ

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