PDB-4cuq: Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-2 N09594

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cuq

タイトル

Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-2 N09594

要素

BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Bradley, A.R. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Baz2B in Complex with Fragment-2 N09594
著者: R Bradley, A. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.

履歴

登録	2014年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cuq.cif.gz	64.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cuq.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cuq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cuq_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cuq_full_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示
XML形式データ	4cuq_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	4cuq_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cuq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cup 4cur 4cus 4cut 4cuu
類似構造データ	4cur-1 4xup-4 4cup-1 7kag-1 6ono-1 4p2m-2 5tb5-2 5hxy-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.760, 96.500, 57.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B / HWALP4 / BAZ2B 分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMODOMAIN, RESIDUES 1858-1972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-5K3 / 4-[(3S)-3-hydroxy-3-methoxypropyl]phenol 分子量: 182.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.39 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.4 / 詳細: 33% PEG SMEAR LOW, 0.1M MES PH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→28.85 Å / Num. obs: 13598 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.11→2.16 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.11→17.866 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	680	5 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1699	13558	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→17.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	926	0	13	127	1066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	1301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.352	367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	140
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	166

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.2726	0.3115	135	0.2358	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2726-2.5008	0.2472	146	0.1937	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5008-2.8614	0.218	135	0.1682	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8614-3.6002	0.2387	148	0.176	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6002-17.8668	0.1936	116	0.1449	2692	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7915	-1.207	-0.8738	6.1072	-0.3387	0.916	0.0675	-0.5312	-0.6199	-0.7227	0.2364	0.1581	0.0407	-0.4733	0.1875	0.2759	-0.2244	-0.1721	0.5734	0.1774	0.6058	51.501	16.8037	15.9869
2	4.0919	-3.2613	-0.809	3.4659	1.7884	1.6673	-1.4707	0.1136	-1.5329	-0.0179	-1.2513	0.3912	0.5118	0.7252	-0.1278	0.5653	0.2436	0.0027	0.7132	0.1501	0.8316	37.1076	12.5364	21.5441
3	7.9337	-2.0179	-3.3149	3.1027	1.8337	2.9589	-0.4069	0.1837	-1.3647	0.4849	-0.3896	0.9933	0.7573	-0.2588	0.3325	0.4469	0.0108	-0.0277	0.3394	-0.0796	0.7474	25.6469	15.6271	22.744
4	3.9595	0.4607	-4.5342	4.4758	2.8177	8.7121	-0.4276	-1.0219	-2.1111	0.6795	0.0163	1.162	1.3938	0.0733	0.2328	0.4051	-0.0158	0.0009	0.3228	0.151	0.6316	19.3697	18.7482	28.4654
5	8.5363	-2.5799	-0.3373	6.4694	1.2418	4.159	-0.1344	-0.7908	-0.6845	1.1784	0.3571	0.5319	0.7476	-0.9154	0.3032	0.4234	0.0448	0.0418	0.4475	0.1081	0.4728	14.1353	23.8581	32.5588
6	6.291	-2.2645	-0.9111	3.3929	0.4288	1.8552	-0.2101	-0.4488	-0.352	0.2877	0.3397	0.592	-0.4802	-0.4277	0.0412	0.3952	0.0181	0.0371	0.3126	0.0418	0.356	12.6849	31.6581	29.6436
7	4.5795	-4.1801	-0.9746	4.3852	-0.3209	2.8795	1.0254	0.1896	0.0085	-0.3357	-0.855	0.8599	-0.6812	0.0769	-0.2439	0.499	0.0773	-0.0895	0.3546	0.02	0.5335	10.991	42.8768	21.2076
8	8.3617	-0.6857	-2.1193	6.1425	-0.3889	2.661	0.4171	0.6543	0.5585	-0.5601	-0.3045	0.0035	-0.4726	-0.175	-0.3259	0.5163	-0.0128	0.0624	0.298	0.0011	0.3892	16.9389	46.5889	23.6632
9	7.0758	-2.4316	-1.097	2.199	3.2162	6.6478	0.4445	0.1864	0.8714	-0.3897	0.3719	-1.6162	0.0322	0.4877	-0.3127	0.421	-0.0357	0.0865	0.3636	-0.033	0.5197	23.4829	42.2504	22.5782
10	5.9513	-1.1038	-2.1866	4.5854	-1.7548	1.8949	0.1296	0.4157	-0.2842	-0.473	-0.3055	0.2936	-0.3736	0.1037	0.0468	0.3578	0.0309	-0.0227	0.3399	-0.0581	0.3003	17.9581	30.3909	22.624
11	5.9601	-1.2138	-0.9989	5.0023	1.079	1.0627	0.4272	1.3206	-0.7994	-0.4156	-0.5187	1.0714	0.349	-0.5774	0.1636	0.3763	0.0431	-0.1084	0.4398	-0.1354	0.4211	19.8732	24.7273	18.3175
12	6.5575	-1.8912	-0.4191	4.2236	1.1878	3.8822	0.3349	0.2127	-0.0926	-0.7472	-0.5364	0.2333	0.2382	0.6269	0.1568	0.4887	0.0412	-0.0718	0.5051	-0.1091	0.3631	25.1117	24.0154	14.9724
13	4.8175	0.1196	2.4324	0.1631	0.0637	1.2395	0.0608	0.5293	-0.6078	0.9462	-0.2756	-0.3799	0.2905	0.9081	0.0905	0.433	0.0147	0.0033	0.5066	-0.0368	0.3983	30.747	23.9219	22.419
14	4.2484	-2.5892	-0.7088	4.3141	0.0432	1.823	-0.2782	0.1053	0.3254	0.0208	0.1605	-0.2175	-0.4399	0.1166	0.0041	0.3604	-0.0104	-0.0227	0.3366	-0.0217	0.2674	26.5031	30.7092	26.4352
15	5.4769	-2.8377	-2.0987	6.4104	0.3675	0.8769	-0.2577	-0.7099	0.5977	0.5402	0.2915	-0.4504	0.0218	0.2646	-0.1731	0.3945	-0.0477	-0.0358	0.3888	-0.0392	0.3782	23.2757	37.6544	31.6226
16	5.538	-0.7944	-1.8576	2.9981	-0.5854	1.5195	-0.3426	-1.1284	0.4028	1.6875	1.2768	-0.4078	-0.6239	-0.22	-0.0873	0.6587	0.087	-0.0205	0.4844	-0.1123	0.3336	18.7465	43.1789	36.5096
17	2.0907	-1.2108	-2.1598	4.8731	1.9339	2.3634	-0.1829	-1.5578	0.3682	1.9952	0.1351	0.6598	-0.8638	-0.3648	-0.0425	0.8294	0.2006	-0.016	0.5873	-0.0835	0.3777	14.9567	38.0141	40.0767
18	4.083	-3.9141	-2.6684	4.8151	0.7782	4.5684	-0.8313	-0.662	-0.3048	1.4167	0.6573	0.0684	-0.805	0.5784	0.0167	0.5124	0.0908	-0.0269	0.5036	0.001	0.3	20.921	31.0705	36.8802
19	6.9474	-2.0432	-0.8653	4.4869	-1.9839	3.1255	-0.6866	-1.6729	-1.0197	0.8735	0.1296	-0.1154	1.0438	1.0671	0.0806	0.4975	0.1379	0.0142	0.481	0.1153	0.3429	24.8316	23.8045	35.9396
20	1.0971	2.3796	1.2409	5.6226	0.7146	2.0095	-0.8141	-0.7874	-1.7368	1.6859	0.9206	-0.7379	0.9401	2.5541	0.502	0.5852	0.2761	0.0769	0.3807	0.1862	0.4785	29.3904	18.1468	32.35

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1856:1861)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1862:1867)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 1868:1874)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 1875:1879)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 1880:1884)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 1885:1892)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 1893:1897)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 1898:1903)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 1904:1908)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 1909:1913)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 1914:1918)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 1919:1924)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 1925:1929)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 1930:1936)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 1937:1942)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 1943:1946)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 1947:1952)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 1953:1958)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 1959:1963)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 1964:1970)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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