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- PDB-4ctf: The limits of structural plasticity in a picornavirus capsid reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ctf
タイトルThe limits of structural plasticity in a picornavirus capsid revealed by a massively expanded equine rhinitis A virus particle
要素
  • (P1) x 2
  • EQUINE RHINITIS A VIRUS
  • VP1
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS / CAPSID STRUCTURE / CAPSID EXPANSION / UNCOATING
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17 Å
データ登録者Bakker, S.E. / Groppelli, E. / Pearson, A.R. / Stockley, P.G. / Rowlands, D.J. / Ranson, N.A.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Limits of structural plasticity in a picornavirus capsid revealed by a massively expanded equine rhinitis A virus particle.
著者: Saskia E Bakker / Elisabetta Groppelli / Arwen R Pearson / Peter G Stockley / David J Rowlands / Neil A Ranson /
要旨: The Picornaviridae family of small, nonenveloped viruses includes major pathogens of humans and animals. They have positive-sense, single-stranded RNA genomes, and the mechanism(s) by which these ...The Picornaviridae family of small, nonenveloped viruses includes major pathogens of humans and animals. They have positive-sense, single-stranded RNA genomes, and the mechanism(s) by which these genomes are introduced into cells to initiate infection remains poorly understood. The structures of presumed uncoating intermediate particles of several picornaviruses show limited expansion and some increased porosity compared to the mature virions. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of native equine rhinitis A virus (ERAV), together with the structure of a massively expanded ERAV particle, each at ∼17-Å resolution. The expanded structure has large pores on the particle 3-fold axes and has lost the RNA genome and the capsid protein VP4. The expanded structure thus illustrates both the limits of structural plasticity in such capsids and a plausible route by which genomic RNA might exit.
IMPORTANCE: Picornaviruses are important animal and human pathogens that protect their genomic RNAs within a protective protein capsid. Upon infection, this genomic RNA must be able to leave the ...IMPORTANCE: Picornaviruses are important animal and human pathogens that protect their genomic RNAs within a protective protein capsid. Upon infection, this genomic RNA must be able to leave the capsid to initiate a new round of infection. We describe here the structure of a unique, massively expanded state of equine rhinitis A virus that provides insight into how this exit might occur.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Other
置き換え2014年12月10日ID: 4CWG, 4CWH, 4CWI, 4CWJ, 4CWK, 4CWL / 詳細: supersedes the associated split entries
改定 1.22014年12月10日Group: Other
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2389
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2389
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: VP1
A1: VP1
A2: VP1
A3: VP1
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A5: VP1
A6: VP1
A7: VP1
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A9: VP1
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BG: VP1
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BI: VP1
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Fr: P1
Fs: P1
Ft: P1
Fu: P1
Fv: P1
Fw: P1
Fx: P1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,102,611240
ポリマ－5,102,611240
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
VP1 / EQUINE RHINITIS A VIRUS


分子量: 27296.846 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OHIO HELA CELLS
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
参照: UniProt: A2TJ51
#2: タンパク質 ...
EQUINE RHINITIS A VIRUS


分子量: 25297.660 Da / 分子数: 60 / Fragment: RESIDUES 81-310 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
参照: UniProt: Q91B42
#3: タンパク質 ...
P1


分子量: 24338.451 Da / 分子数: 60 / Fragment: RESIDUES 311-536 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
参照: UniProt: Q91B37
#4: タンパク質 ...
P1


分子量: 8110.563 Da / 分子数: 60 / Fragment: RESIDUES 1-80 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
参照: UniProt: Q91B42, UniProt: B9VV85*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EQUINE RHINITIS A VIRUS / タイプ: VIRUS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 87209 X / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 15 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 25
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING, EACH PARTICLE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 17 Å / 粒子像の数: 260 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.71 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.71 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2WFF

2wff


Accession code: 2WFF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数98379 0 0 0 98379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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