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- PDB-4cs9: Crystal structure of the asymmetric human metapneumovirus M2-1 te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cs9
タイトルCrystal structure of the asymmetric human metapneumovirus M2-1 tetramer bound to adenosine monophosphate
要素(M2-1) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / ANTITERMINATOR / TRANSCRIPTION ELONGATION / RNA-BINDING / MODULAR PROTEIN / ASYMMETRIC TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of viral transcription / virion component / host cell cytoplasm / nucleotide binding / host cell nucleus / structural molecule activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus matrix protein 2 (M2), zinc-binding domain / Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Protein M2-1
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Leyrat, C. / Renner, M. / Harlos, K. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Drastic Changes in Conformational Dynamics of the Antiterminator M2-1 Regulate Transcription Efficiency in Pneumovirinae.
著者: Leyrat, C. / Renner, M. / Harlos, K. / Huiskonen, J.T. / Grimes, J.M.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M2-1
B: M2-1
C: M2-1
E: M2-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,38912
ポリマ－85,7384
非ポリマー1,6518
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15350 Å2
ΔGint-61.5 kcal/mol
Surface area31840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.050, 93.610, 85.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 M2-1


分子量: 21434.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / 株: NL1-00 (A1) / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q8QN58
#2: タンパク質 M2-1


分子量: 21435.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / 株: NL1-00 (A1) / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q8QN58
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 28 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.100 M BIS-TRIS PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→49.8 Å / Num. obs: 51659 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 42.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CS8

4cs8


解像度: 2.01→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9538 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9425 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
詳細: THE RIBOSE AND PHOSPHATE OF AMP4 WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 2626 5.09 %RANDOM
Rwork0.1864 ---
obs0.1875 51637 98.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2178 Å20 Å27.6182 Å2
2---2.6941 Å20 Å2
3---0.4763 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5258 0 96 438 5792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015435HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.967326HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2023SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes152HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes816HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5435HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion696SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance16HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle16HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6520SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 176 5.42 %
Rwork0.2435 3071 -
all0.2452 3247 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05420.1771-0.04180.3222-0.30120.59260.0048-0.0091-0.0044-0.02010.0122-0.01340.03570.0018-0.017-0.0165-0.0287-0.00050.00390.0232-0.023984.41080.0022181.8558
20.4203-0.25820.32540-0.3010.64060.0057-0.03860.0292-0.02340.01010.0113-0.0055-0.004-0.01580.0536-0.0422-0.0008-0.03080.0129-0.0292104.60491.3463218.9408
30.0063-0.1779-0.0810.32110.03020.9861-0.00760.0779-0.01090.08120.0035-0.0388-0.030.01740.0041-0.0703-0.0605-0.00440.0485-0.0390.0007101.155311.174177.841
40.5438-0.01880.46380.1183-0.49270.77350.01750.0458-0.05060.049-0.0202-0.02670.0005-0.04620.00270.0231-0.0431-0.0606-0.02850.0177-0.023188.16460.3464201.6364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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