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万見
- PDB-4cs0: Direct visualisation of strain-induced protein post-translational... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cs0
タイトルDirect visualisation of strain-induced protein post-translational modification
要素
  • ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE
  • PANZ
キーワードLYASE / COENZYME A / RADIATION DAMAGE / PANTOTHENATE
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / acetyl-CoA binding / pantothenate biosynthetic process / zymogen activation / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / protein autoprocessing / protein processing / cytosol
類似検索 - 分子機能
PanD regulatory factor PanZ / PanZ, acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain, PanZ / Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. ...PanD regulatory factor PanZ / PanZ, acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain, PanZ / Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / THIOCYANATE ION / Aspartate 1-decarboxylase / PanD regulatory factor
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Monteiro, D.C.F. / Patel, V. / Bartlett, C.P. / Grant, T.D. / Nozaki, S. / Gowdy, J.A. / Snell, E.H. / Niki, H. / Pearson, A.R. / Webb, M.E.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Structure of the Pand/Panz Protein Complex Reveals Negative Feedback Regulation of Pantothenate Biosynthesis by Coenzyme A.
著者: Monteiro, D.C. / Patel, V. / Bartlett, C.P. / Nozaki, S. / Grant, T.D. / Gowdy, J.A. / Thompson, G.S. / Kalverda, A.P. / Snell, E.H. / Niki, H. / Pearson, A.R. / Webb, M.E.
履歴
登録2014年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE
B: PANZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4115
ポリマ－31,5192
非ポリマー8923
水1,11762
1
A: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE
B: PANZ
ヘテロ分子

A: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE
B: PANZ
ヘテロ分子

A: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE
B: PANZ
ヘテロ分子

A: ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE
B: PANZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,64320
ポリマ－126,0758
非ポリマー3,56812
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area20170 Å2
ΔGint-72.8 kcal/mol
Surface area48450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.270, 86.270, 80.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2022-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE / ASPARTATE ALPHA-DECARBOXYLASE


分子量: 15779.900 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PRSETA-ADC(T57V) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): MG1655 PAND-PANZ-(DE3) / 参照: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase
#2: タンパク質 PANZ


分子量: 15738.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET28A-PANZ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): MG1655 PAND-PANZ-(DE3) / 参照: UniProt: P37613

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非ポリマー , 4種, 65分子

#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細HEXAHIS-TAGGED ADC. POINT MUTATION S25A. C-TERMINAL HEXAHIS-TAGGED PANZ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月3日 / 詳細: VARIMAX OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.7 Å / Num. obs: 17250 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AZD

4azd


解像度: 2.1→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 2.912 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE BIOLOGICALLY RELEVANT HETEROOCTAMER IS FORMED BY APPLICATION OF THE CRYSTALLOGRAPHIC 4-FOLD SYMMETRY AXIS TO THE ASYMMETRIC UNIT CELL ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE BIOLOGICALLY RELEVANT HETEROOCTAMER IS FORMED BY APPLICATION OF THE CRYSTALLOGRAPHIC 4-FOLD SYMMETRY AXIS TO THE ASYMMETRIC UNIT CELL CONTENTS. EACH ASU CONTAINS ONE ADC PROTOMER AND ONE PANZ PROTOMER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23688 871 5.1 %RANDOM
Rwork0.17209 ---
obs0.17523 16351 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5 Å20 Å20 Å2
2---4.5 Å20 Å2
3---8.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 55 62 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0941.9682864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913.0014612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3995258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76923.168101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28715358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1491522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6162.4171022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5932.4121019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0233.6121273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3362.7931091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 64 -
Rwork0.245 1238 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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