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- PDB-4cpc: Crystal structure of human synaptonemal complex protein SYCP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cpc
タイトルCrystal structure of human synaptonemal complex protein SYCP3
要素SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
キーワードCELL CYCLE / MEIOSIS / HOMOLOGOUS RECOMBINATION / CHROMOSOME STRUCTURE / COILED-COIL / FOUR- HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / synaptonemal complex / lateral element / male meiosis I / spermatid development / chromosome, centromeric region / Meiotic synapsis / meiotic cell cycle / cell division / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
XLR/SYCP3/FAM9 domain / : / Cor1/Xlr/Xmr conserved region
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptonemal complex protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Syrjanen, J.L. / Pellegrini, L. / Davies, O.R.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A molecular model for the role of SYCP3 in meiotic chromosome organisation.
著者: Syrjanen, J.L. / Pellegrini, L. / Davies, O.R.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
B: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
C: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
D: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
E: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
F: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
G: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
H: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,1918
ポリマ－159,1918
非ポリマー00
水9,494527
1
E: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
F: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
G: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
H: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5964
ポリマ－79,5964
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25030 Å2
ΔGint-199.1 kcal/mol
Surface area35350 Å2
手法PISA
2
A: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
B: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
C: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3
D: SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5964
ポリマ－79,5964
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25090 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area34800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.140, 92.381, 103.367
Angle α, β, γ (deg.)66.53, 82.32, 76.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9999, -0.007858, 0.009198), (-0.007635, -0.9997, -0.02401), (0.009384, 0.02393, -0.9997)
ベクター: 24.8, 211.8, 123.3)

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要素

#1: タンパク質
SYNAPTONEMAL COMPLEX PROTEIN 3 / SCP-3


分子量: 19898.879 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 66-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 DERIVATIVE / 参照: UniProt: Q8IZU3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
解説: DATA WERE MERGED FROM DATA-SETS COLLECTED AT THREE POINTS ALONG A SINGLE CRYSTAL.
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 100 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 13.0% (W/V) PEG3350; THEN SOAKED IN 20% GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.9074
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→47.36 Å / Num. obs: 66412 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 35.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.24→2.29 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 38.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
BUSTER-TNT位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SAD SOLUTION OF THE IODIDE DERVIATIVE STRUCTURE

解像度: 2.24→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8497 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8194 / SU R Cruickshank DPI: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.291 / SU Rfree Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.211
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 3301 4.97 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1968 66411 85.26 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.017 Å2-4.6158 Å2-4.3874 Å2
2---40.8688 Å2-14.2862 Å2
3---30.8518 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9810 0 0 527 10337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019998HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0313308HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4082SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes417HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1305HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9998HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1270SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11541SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 102 5.42 %
Rwork0.2447 1781 -
all0.246 1883 -
obs--85.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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