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万見
- PDB-4cox: CYCLOOXYGENASE-2 (PROSTAGLANDIN SYNTHASE-2) COMPLEXED WITH A NON-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cox
タイトルCYCLOOXYGENASE-2 (PROSTAGLANDIN SYNTHASE-2) COMPLEXED WITH A NON-SELECTIVE INHIBITOR, INDOMETHACIN
要素CYCLOOXYGENASE-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / DIOXYGENASE / CYCLOOXYGENASE / NONSTEROIDAL ANTIINFLAMMATORY DRUGS / INFLAMMATION / ARTHRITIS / PROSTAGLANDIN / PROSTAGLANDIN SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / cellular response to fluid shear stress / prostaglandin secretion / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / decidualization / nuclear outer membrane / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / INDOMETHACIN / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kurumbail, R. / Stallings, W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structural basis for selective inhibition of cyclooxygenase-2 by anti-inflammatory agents.
著者: Kurumbail, R.G. / Stevens, A.M. / Gierse, J.K. / McDonald, J.J. / Stegeman, R.A. / Pak, J.Y. / Gildehaus, D. / Miyashiro, J.M. / Penning, T.D. / Seibert, K. / Isakson, P.C. / Stallings, W.C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Erratum. Structural Basis for Selective Inhibition of Cyclooxygenase-2 by Anti-Inflammatory Agents
著者: Kurumbail, R.G. / Stevens, A.M. / Gierse, J.K. / Mcdonald, J.J. / Stegeman, R.A. / Pak, J.Y. / Gildehaus, D. / Miyashiro, J.M. / Penning, T.D. / Seibert, K. / Isakson, P.C. / Stallings, W.C.
履歴
登録1996年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLOOXYGENASE-2
B: CYCLOOXYGENASE-2
C: CYCLOOXYGENASE-2
D: CYCLOOXYGENASE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,82624
ポリマ－269,2754
非ポリマー6,55220
水00
1
A: CYCLOOXYGENASE-2
B: CYCLOOXYGENASE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,91312
ポリマ－134,6372
非ポリマー3,27610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10550 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area40730 Å2
手法PISA
2
C: CYCLOOXYGENASE-2
D: CYCLOOXYGENASE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,91312
ポリマ－134,6372
非ポリマー3,27610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area40660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.800, 133.600, 118.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9993, 0.0282, -0.0252), (0.0247, -0.0169, -0.9996), (-0.0287, -0.9995, 0.0162)94.1752, 30.433, 32.5154
2given(-0.9984, -0.0475, 0.0298), (0.0486, -0.9981, 0.0371), (0.028, 0.0385, 0.9989)85.0936, 64.5702, 56.8523
3given(0.9964, -0.0493, 0.0688), (-0.07, -0.0233, 0.9973), (-0.0475, -0.9985, -0.0267)-9.7272, 39.8557, 92.8502

-
要素

#1: タンパク質
CYCLOOXYGENASE-2 / PROSTAGLANDIN SYNTHASE-2


分子量: 67318.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: DERMAL / Cell: FIBROBLAST / 細胞株: CULTURED SF21 / 細胞内の位置: ENDOPLASMIC RETICULUM / 細胞株 (発現宿主): CULTURED SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組織 (発現宿主): OVARIAN TISSUE
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-IMN / INDOMETHACIN


分子量: 357.788 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClNO4 / コメント: 薬剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: PGHS-1 DIMER WAS USED AS THE SEARCH MODEL.
結晶化pH: 8
詳細: 20 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM NACL, 0.6% BETA- OCTYLGLUCOSIDE, 10 MG/ML PROTEIN, 1MM INHIBITOR MIXED WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20-34% MONOMETHYL PEG 550, 10-240 MGCL2, 50 MM EPPS ...詳細: 20 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM NACL, 0.6% BETA- OCTYLGLUCOSIDE, 10 MG/ML PROTEIN, 1MM INHIBITOR MIXED WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20-34% MONOMETHYL PEG 550, 10-240 MGCL2, 50 MM EPPS PH 8.0 IN THE RATIO OF 1:1
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.6 %inhibitor1drop
220-34 %mPEG5501reservoir
3240 mM1reservoirMgCl2
450 mMEPPS1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 / 詳細: SUPPER MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 50058 / % possible obs: 77.9 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 67.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 1145408
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PROSTAGLANDIN SYNTHASE-1, PDB ENTRY 1PRH

1prh


解像度: 2.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 4166 6.87 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 41254 68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17892 0 440 0 18332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAINEDX-RAY DIFFRACTION1300
22X-RAY DIFFRACTION1300
33X-RAY DIFFRACTION1300
44X-RAY DIFFRACTION1300
55X-RAY DIFFRACTION1300
66X-RAY DIFFRACTION2200
77X-RAY DIFFRACTION550
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 362 4.8 %
Rwork0.264 3185 -
obs--47.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM_ENGH.PROTOP_ENGH.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X_MOD.HEMETOPH19X_MOD.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.INDOMETHACINTOP.INDOMETHACIN
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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