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Yorodumi- PDB-4col: Crystal structure of the anaerobic ribonucleotide reductase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4col | ||||||
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Title | Crystal structure of the anaerobic ribonucleotide reductase from Thermotoga maritima with dATP bound in the specificity site | ||||||
Components | ANAEROBIC RIBONUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATE REDUCTASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / RADICAL CHEMISTRY / ALLOSTERIC REGULATION / ANAEROBIC ENZYME | ||||||
Function / homology | Function and homology information anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase complex / ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin) activity / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / DNA replication / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | THERMOTOGA MARITIMA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Aurelius, O. / Johansson, R. / Bagenholm, V. / Beck, T. / Balhuizen, A. / Lundin, D. / Sjoberg, B.M. / Mulliez, E. / Logan, D.T. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: The Crystal Structure of Thermotoga Maritima Class III Ribonucleotide Reductase Lacks a Radical Cysteine Pre-Positioned in the Active Site. Authors: Aurelius, O. / Johansson, R. / Bagenholm, V. / Beck, T. / Balhuizen, A. / Lundin, D. / Sjoberg, B.M. / Mulliez, E. / Logan, D.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4col.cif.gz | 510.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4col.ent.gz | 417 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4col.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4col_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4col_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4col_validation.xml.gz | 43.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4col_validation.cif.gz | 62.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4col ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4col | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4coiSC 4cojC 4comC 4conC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.6762, -0.01091, -0.7366), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 75674.383 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) THERMOTOGA MARITIMA (bacteria) / Strain: MSB8 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): CODONPLUS-RIL References: UniProt: Q9WYL6, ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin) |
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-Non-polymers , 5 types, 362 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: A NATIVE CRYSTAL (20 MG/ML, 12% [W/V] PEG3000, 100 MM MES PH 5.9, 5 MM DTT) SOAKED WITH 0.5 MM DATP, 10 MM MGCL2 AND 20% (V/V) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 18, 2013 Details: TOROIDAL MIRROR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSING |
Radiation | Monochromator: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→29.1 Å / Num. obs: 82717 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.08 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4COI Resolution: 1.96→29.136 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→29.136 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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