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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cob | ||||||
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タイトル | Crystal structure kynurenine formamidase from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | KYNURENINE FORMAMIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / AEROBIC TRYPTOPHAN DEGRADATION VIA ANTHRANILATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arylformamidase / formamidase activity / arylformamidase activity / anthranilate metabolic process / tryptophan catabolic process to kynurenine / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å | ||||||
データ登録者 | Diaz-Saez, L. / Srikannathasan, V. / Zoltner, M. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014 タイトル: Structure of Bacterial Kynurenine Formamidase Reveals a Crowded Binuclear-Zinc Catalytic Site Primed to Generate a Potent Nucleophile. 著者: Diaz-Saez, L. / Srikannathasan, V. / Zoltner, M. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cob.cif.gz | 98.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cob.ent.gz | 75.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cob.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cob | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23358.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9I234, arylformamidase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 20 % (W/V) PEG [POLY(ETHYLENE GLYCOL)] 4000, AND 10 % (V/V) 2-PROPANOL. 293 K. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→28.9 Å / Num. obs: 27365 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1R61 解像度: 2.37→97.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.732 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.986 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.37→97.62 Å
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拘束条件 |
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