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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cnj | ||||||
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タイトル | L-Aminoacetone oxidase from Streptococcus oligofermentans belongs to a new 3-domain family of bacterial flavoproteins | ||||||
![]() | L-AMINO ACID OXIDASE | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Molla, G. / Nardini, M. / Motta, P. / D'Arrigo, P. / Bolognesi, M. / Pollegioni, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Aminoacetone Oxidase from Streptococcus Oligofermentas Belongs to a New Three-Domain Family of Bacterial Flavoproteins. 著者: Molla, G. / Nardini, M. / Motta, P. / D'Arrigo, P. / Panzeri, W. / Pollegioni, L. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 307.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42734.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 6.5 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M NA-CACODYLATE OR MES (PH 6.5), AND 0.2 M NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.7→64.68 Å / Num. obs: 68683 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2GQF 解像度: 2.7→49.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.878 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.553 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.081 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.14 Å
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拘束条件 |
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