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- PDB-4cmm: Structure of human CD47 in complex with human Signal Regulatory P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cmm
タイトルStructure of human CD47 in complex with human Signal Regulatory Protein (SIRP) alpha v1
要素
  • LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
  • TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAIRED RECEPTOR / IMMUNOLOGICAL / INHIBITORY
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of interleukin-1 beta production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity ...cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of interleukin-1 beta production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / protein antigen binding / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of phagocytosis / protein phosphatase inhibitor activity / thrombospondin receptor activity / negative regulation of interleukin-6 production / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / protein tyrosine kinase binding / positive regulation of phagocytosis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of T cell activation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SH3 domain binding / cellular response to type II interferon / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell migration / regulation of gene expression / angiogenesis / protein phosphatase binding / cell adhesion / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1 / Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Hatherley, D. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Barclay, A.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Polymorphisms in the Human Inhibitory Signal-Regulatory Protein Alpha Do not Affect Binding to its Ligand Cd47.
著者: Hatherley, D. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Barclay, A.N.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1
B: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4786
ポリマ－28,5932
非ポリマー8854
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint11.5 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.390, 32.470, 69.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.06, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE SUBSTRATE 1 / SHP SUBSTRATE 1 / SHPS-1 / BRAIN IG-LIKE MOLECULE WITH TYROSINE-BASED ACTIVATION MOTIFS / BIT / ...SHP SUBSTRATE 1 / SHPS-1 / BRAIN IG-LIKE MOLECULE WITH TYROSINE-BASED ACTIVATION MOTIFS / BIT / CD172 ANTIGEN-LIKE FAMILY MEMBER A / INHIBITORY RECEPTOR SHPS-1 / MACROPHAGE FUSION RECEPTOR / MYD-1 ANTIGEN / SIGNAL-REGULATORY PROTEIN ALPHA-1 / SIRP-ALPHA-1 / SIGNAL-REGULATORY PROTEIN ALPHA-2 / SIRP-ALPHA-2 / SIGNAL-REGULATORY PROTEIN ALPHA-3 / SIRP-ALPHA-3 / P84 / SIGNAL REGULATORY PROTEIN SIRP ALPHA V1


分子量: 14074.832 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 31-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: P78324
#2: 抗体 LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47 / ANTIGENIC SURFACE DETERMINANT PROTEIN OA3 / INTEGRIN-ASSOCIATED PROTEIN / IAP / PROTEIN MER6


分子量: 14518.302 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 19-136 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q08722
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CONTAINS C-TERMINAL HIS-TAG CONTAINS A C-TERMINAL HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 6000 0.1M TRIS PH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器日付: 2010年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→34.62 Å / Num. obs: 21067 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSXIA2データ削減
XSCALEXIA2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JJS

2jjs


解像度: 1.92→34.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9247 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9146 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 1081 5.13 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.1945 21066 98.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6268 Å20 Å27.7967 Å2
2---14.2183 Å20 Å2
3---1.5916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→34.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 56 174 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111955HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.212659HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d696SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes288HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1955HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion277SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2276SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2.01 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 137 5.11 %
Rwork0.2309 2543 -
all0.2322 2680 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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