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万見
- PDB-4cmh: Crystal structure of CD38 with a novel CD38-targeting antibody SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cmh
タイトルCrystal structure of CD38 with a novel CD38-targeting antibody SAR650984
要素
  • ADP-RIBOSYL CYCLASE 1
  • HEAVY CHAIN OF SAR650984-FAB FRAGMENT
  • LIGHT CHAIN OF SAR650984-FAB FRAGMENT
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / MULTIPLE MYELOMA
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / transferase activity / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold ...ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Deckert, J. / Wetzel, M.C. / Park, P.U. / Bartle, L.M. / Skaletskaya, A. / Goldmacher, V. / Vallee, F. / ZhouLiu, Q. / Ferrari, P. / Pouzieux, S. ...Deckert, J. / Wetzel, M.C. / Park, P.U. / Bartle, L.M. / Skaletskaya, A. / Goldmacher, V. / Vallee, F. / ZhouLiu, Q. / Ferrari, P. / Pouzieux, S. / Lahoute, C. / Dumontet, C. / Plesa, A. / Chiron, M. / Lejeune, P. / Chittenden, T. / Blanc, V.
引用ジャーナル: Clin. Cancer Res. / 年: 2014
タイトル: SAR650984, a novel humanized CD38-targeting antibody, demonstrates potent antitumor activity in models of multiple myeloma and other CD38+ hematologic malignancies.
著者: Deckert, J. / Wetzel, M.C. / Bartle, L.M. / Skaletskaya, A. / Goldmacher, V.S. / Vallee, F. / Zhou-Liu, Q. / Ferrari, P. / Pouzieux, S. / Lahoute, C. / Dumontet, C. / Plesa, A. / Chiron, M. / ...著者: Deckert, J. / Wetzel, M.C. / Bartle, L.M. / Skaletskaya, A. / Goldmacher, V.S. / Vallee, F. / Zhou-Liu, Q. / Ferrari, P. / Pouzieux, S. / Lahoute, C. / Dumontet, C. / Plesa, A. / Chiron, M. / Lejeune, P. / Chittenden, T. / Park, P.U. / Blanc, V.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity.src_method
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYL CYCLASE 1
B: HEAVY CHAIN OF SAR650984-FAB FRAGMENT
C: LIGHT CHAIN OF SAR650984-FAB FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2333
ポリマ－78,2333
非ポリマー00
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-27.4 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.619, 111.492, 147.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-RIBOSYL CYCLASE 1 / CYCLIC ADP-RIBOSE HYDROLASE 1 / CADPR HYDROLASE 1 / T10 / CD38 / ACYL-RIBOSE CYCLASE 1


分子量: 29676.660 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 45-300 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 抗体 HEAVY CHAIN OF SAR650984-FAB FRAGMENT


分子量: 25042.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体 LIGHT CHAIN OF SAR650984-FAB FRAGMENT


分子量: 23513.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: PEG 400 44%, MES 50MM PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→26.21 Å / Num. obs: 109141 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→26.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9624 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9577 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.074
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 5462 5 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
obs0.1889 109141 99.46 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0827 Å20 Å20 Å2
2--0.1203 Å20 Å2
3---0.9624 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→26.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5206 0 0 590 5796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015464HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.077455HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1862SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes806HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5464HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion718SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6742SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 414 5.16 %
Rwork0.228 7607 -
all0.2286 8021 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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