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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cm4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor and inhibitor | ||||||
要素 | (PTERIDINE REDUCTASE ...プテリジンレダクターゼ) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PTR1 / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (ブルーストリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Antiparasitic Pyrrolopyrimidines Targeting Pteridine Reductase 1. 著者: Khalaf, A.I. / Huggan, J.K. / Suckling, C.J. / Gibson, C.L. / Stewart, K. / Giordani, F. / Barrett, M.P. / Wong, P.E. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cm4.cif.gz | 215.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cm4.ent.gz | 179.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cm4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cm4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4cl8C 4cldC 4cleC 4clhC 4cloC 4clrC 4clxC 4cm1C 4cm3C 4cm5C 4cm6C 4cm7C 4cm8C 4cm9C 4cmaC 4cmbC 4cmcC 4cmeC 4cmgC 4cmiC 4cmjC 4cmkC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-PTERIDINE REDUCTASE ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30685.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (ブルーストリパノソーマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, プテリジンレダクターゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (ブルーストリパノソーマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, プテリジンレダクターゼ |
-非ポリマー , 5種, 729分子
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-4NR / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | S-OXY CYSTEINE (CSX): CYSTEINE 168 MODIFIED TO S-OXY CYSTEINE IN CHAIN A |
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配列の詳細 | SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: RESERVOIR CONTAINED 1.7-2.7 M SODIUM ACETATE, 20-50 MM SODIUM CITRATE PH 4.5-5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→19.76 Å / Num. obs: 83224 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 77.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.81→19.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.2 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES WITH INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY WERE NOT MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.061 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→19.3 Å
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拘束条件 |
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