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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ckn
タイトルStructure of an N-terminal fragment of Leishmania SAS-6 containing parts of its coiled coil domain, F257E mutant
要素SAS-6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BASAL BODY / CENTRIOLE / CARTWHEEL / TRYPANOSOMATIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole replication / centriole / ciliary basal body / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAS-6, C-terminal coiled coil / : / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal domain / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者van Breugel, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure of the SAS-6 cartwheel hub from Leishmania major.
著者: van Breugel, M. / Wilcken, R. / McLaughlin, S.H. / Rutherford, T.J. / Johnson, C.M.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAS-6
B: SAS-6
C: SAS-6
D: SAS-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6734
ポリマ－99,6734
非ポリマー00
水00
1
A: SAS-6
B: SAS-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8362
ポリマ－49,8362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-25.6 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
2
C: SAS-6
D: SAS-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8362
ポリマ－49,8362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.855, 81.253, 133.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21B
12C
22D
13C
23A
14B
24D
15B
25A
16D
26A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALACC130 - 31336 - 219
21GLUGLUALAALABB130 - 31336 - 219
12PROPROASNASNCC131 - 31537 - 221
22PROPROASNASNDD131 - 31537 - 221
13PROPROALAALACC131 - 31337 - 219
23PROPROALAALAAA131 - 31337 - 219
14PROPROALAALABB131 - 31437 - 220
24PROPROALAALADD131 - 31437 - 220
15PROPROALAALABB131 - 31437 - 220
25PROPROALAALAAA131 - 31437 - 220
16PROPROALAALADD131 - 31437 - 220
26PROPROALAALAAA131 - 31437 - 220

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.4152, -0.776, 0.4748), (-0.8267, 0.1041, -0.5529), (0.3796, -0.6221, -0.6847)-36.12, -7.008, 36.66
2given(-0.1199, -0.6629, 0.7391), (-0.65, -0.5103, -0.5631), (0.7504, -0.5479, -0.3697)-67.11, -83.93, 7.846
3given(0.8237, -0.5083, -0.2511), (0.5662, 0.7605, 0.3178), (0.02943, -0.404, 0.9143)-28.05, -76.77, -31.71

-
要素

#1: タンパク質
SAS-6


分子量: 24918.141 Da / 分子数: 4
断片: N-TERMINAL DOMAIN AND PARTS OF THE COILED COIL DOMAIN, RESIDUES 97-320
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET28 DERIVATIVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: E9AFQ5
配列の詳細THE CRYSTALLISED CONSTRUCT CONTAINS THE F257E MUTATION TO WEAKEN DIMERISATION OF THE N-TERMINAL DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.85 / 詳細: 100 MM NACITRATE PH 5.85, 21% (W/V) PEG-3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.91 Å / Num. obs: 25904 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0047精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CKM

4ckm


解像度: 2.9→133.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 22.834 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.376 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25597 1279 5 %RANDOM
Rwork0.23673 ---
obs0.23775 24090 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.22 Å20 Å2-4.49 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---4.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→133.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5653 0 0 0 5653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9767802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.172312704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6525702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50423.298285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63415977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2151556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.25227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4290.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4779.1242835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4749.1222834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.41813.6693528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5659.5162924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.56214.1164274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C101330.11
12B101330.11
21C91090.15
22D91090.15
31C98240.13
32A98240.13
41B89670.15
42D89670.15
51B98260.13
52A98260.13
61D88770.16
62A88770.16
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 66 -
Rwork0.409 1510 -
obs--83.47 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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