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万見
- PDB-4ck4: Ovine beta-Lactoglobulin at Atomic Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ck4
タイトルOvine beta-Lactoglobulin at Atomic Resolution
要素BETA_LACTOGLOBULIN-1/B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OVINE-LACTOGLOBULIN / HIGH RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / AMMONIUM ION / Beta-lactoglobulin-1/B
類似検索 - 構成要素
生物種OVIS ARIES (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Kontopidis, G. / Nordle, A. / Sawyer, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Ovine Beta-Lactoglobulin at Atomic Resolution
著者: Kontopidis, G. / Nordle Gilliver, A. / Sawyer, L.
履歴
登録2013年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32015年5月27日Group: Atomic model / Other
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA_LACTOGLOBULIN-1/B
B: BETA_LACTOGLOBULIN-1/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,26329
ポリマ－36,3942
非ポリマー86927
水8,575476
1
A: BETA_LACTOGLOBULIN-1/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,61414
ポリマ－18,1971
非ポリマー41713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA_LACTOGLOBULIN-1/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,64915
ポリマ－18,1971
非ポリマー45214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.148, 49.031, 49.053
Angle α, β, γ (deg.)69.75, 69.08, 77.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA_LACTOGLOBULIN-1/B / BETA-LACTOGLOBULIN- A AND B VARIANTOF BETA-LG


分子量: 18197.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NATURAL VARIANTS A AND B IN RATIO 60-40 / 由来: (天然) OVIS ARIES (ヒツジ) / Variant: B AND C IN 50 PERCENT RATIO / 組織: MILK / 参照: UniProt: P67976

-
非ポリマー , 6種, 503分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細NATURAL VARIANTS B RESIDUE 20 HIS AND A RESIDUE 20 TYR ARE PRESENT IN CRYSTAL STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 2.0M AMMONIUM SULPHATE, PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.932
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→15 Å / Num. obs: 116059 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.23 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GXA

1gxa


解像度: 1.12→14.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.108 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THE N-TERMINAL RESIDUE 1-4 OF CHAIN A IS A MOBILE REGION WHICH HAS BEEN DIFFICULT TO MODEL SATISFACTORILY THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THE N-TERMINAL RESIDUE 1-4 OF CHAIN A IS A MOBILE REGION WHICH HAS BEEN DIFFICULT TO MODEL SATISFACTORILY THE REGION 61-65 IS A MOBILE LOOP WHICH HAS BEEN DIFFICULT TO MODEL SATISFACTORILY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16942 5364 5 %RANDOM
Rwork0.13926 ---
obs0.14078 101671 92.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å2-0.09 Å20.92 Å2
2--0.65 Å20.48 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→14.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 47 476 3065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022863
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.92623897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.47836703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3495365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77726.719128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63115600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.06157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3320.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.67535726
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.91853
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.21456167
LS精密化 シェル解像度: 1.12→1.149 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 373 -
Rwork0.18 7274 -
obs--89.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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